Cách xếp chồng nhiều đường cong mật độ vào một ô trong R

Question

Tôi có dữ liệu giống như this.

Và tôi dự định tạo nhiều đường cong mật độ thành một ô, trong đó mỗi đường cong tương ứng với ID duy nhất.

Tôi đã cố gắng sử dụng gói "sm", với mã này nhưng không thành công.

library(sm) 
dat <- read.table("mydat.txt"); 
plotfn <- ("~/Desktop/flowgram_superimposed.pdf"); 
pdf(plotfn); 

sm.density.compare(dat$V1,dat$V2, xlab = "Flow Signal") 
colfill <- c(2:10); 
legend(locator(1), levels(dat$V2), fill=colfill) 

dev.off(); 

Vui lòng cho biết cách làm đúng hoặc nếu có cách khác để thực hiện?

Tôi đang cố gắng để có được loại âm mưu này ở cuối. figure http://img524.imageshack.us/img524/2736/testl.png

Answer 1

Hãy thử sử dụng ggplot2:

dnow <- read.table("http://dpaste.com/88561/plain/") 
library(ggplot2) 
qplot(V1, colour=factor(V2), data=dnow, geom="density") 

Answer 2

Sử dụng đồ họa cơ bản trong một spaghetti mã thời trang:

plot.multi.dens <- function(s) 
{ 
junk.x = NULL 
junk.y = NULL 
for(i in 1:length(s)) 
{ 
junk.x = c(junk.x, density(s[[i]])$x) 
junk.y = c(junk.y, density(s[[i]])$y) 
} 
xr <- range(junk.x) 
yr <- range(junk.y) 
plot(density(s[[1]]), xlim = xr, ylim = yr, main = "") 
for(i in 1:length(s)) 
{ 
lines(density(s[[i]]), xlim = xr, ylim = yr, col = i) 
} 
} 
dnow <- read.table("http://dpaste.com/88561/plain/") 
library(sqldf) 
x <- unlist(sqldf("select V1 from dnow where V2==0")) 
y <- unlist(sqldf("select V1 from dnow where V2==1")) 
z <- unlist(sqldf("select V1 from dnow where V2==2")) 
plot.multi.dens(list(x,y,z)) 
library(Hmisc) 
le <- largest.empty(x,y,.1,.1) 
legend(le,legend=c("x","y","z"), col=(1:3), lwd=2, lty = 1) 

Answer 3

tôi thấy mình cần phải làm điều này rất nhiều khi nhìn vào dữ liệu microarray, vì vậy tôi được cuộn lên như một phần của thư viện mã tiện ích mà tôi giữ trên github: ARE.utils, cụ thể là chức năng plot.densities.

Nó sử dụng đồ họa cơ bản để bạn có thể lấy cảm hứng từ chức năng để tạo riêng của bạn, hoặc chỉ cần mang nó bán buôn (nhưng nó dựa trên một số các chức năng khác trong thư viện đó):

1. create.densities, mà chuyển đổi danh sách/ma trận/v.v. của dữ liệu thành danh sách mật độ; và
2. match.dim chức năng (chuyển đổi thứ nguyên "tên" thành trục số).

(Bạn có thể tùy chọn, cài đặt toàn bộ gói, nhưng tôi không hứa rằng các chức năng trong đó sẽ không thay đổi theo một số cách không tương thích ngược).

Không khó để viết chức năng như vậy của riêng bạn, nhưng chỉ cần đảm bảo rằng bạn có chức năng chọn phạm vi chính xác trên trục và nội dung. Dù sao, sau đó bạn sẽ sử dụng mã như sau:

library(ARE.utils) 
# Create a matrix dataset with separate observations in columns 
dat <- matrix(c(rnorm(100), rnorm(100, mean=3), 
       rnorm(100, mean=3, sd=2)), 
       ncol=3) 
# Plot them 
plot.densities(dat, along='cols') 

Điều đó sẽ tạo ba ô mật độ khác nhau trên cùng một trục với màu riêng của chúng.

Answer 4

Bạn cũng có thể giải quyết vấn đề này bằng gói mạng.

require(lattice) 
dnow <- read.table('http://dpaste.com/88561/plain/') 
densityplot(~V1, groups=V2, data=dnow)