Vẽ nhiều đường cong Bootstrap trong R

Question

Tôi đang tự hỏi làm thế nào để vẽ những đường cong nhiều bootstrap trong R. Các mã của tôi là như

dat2 <- read.delim("bone.data", sep ="\t", header= TRUE) 
y <- dat2[,4] 
x <- dat2[,2] 
plot(x,y,xlab="age",ylab="BMD",col=ifelse(dat2[,3]=="female","red","blue")) 

Bội Curves Bootstrap được như hình 8.2 dưới trái một trong cuốn sách này . ESL

Và dữ liệu có tên Mật độ xương khoáng có thể nhận được từ trang web này: data

Các liên kết trực tiếp đến tập tin hạnh phúc: here

Answer 1

Bạn có thể vẽ một đường cong spline sử dụng smooth.spline và lines:

plot.spline = function(x, y, ...) { 
    s = smooth.spline(x, y, cv=TRUE) 
    lines(predict(s), ...) 
} 

Vì vậy, để thực hiện bootstrapping, theo các hướng dẫn trong cuốn sách, bạn lấy mẫu hàng ngẫu nhiên từ dữ liệu với thay thế, và gọi plot.spline trên các dữ liệu resampled:

bootstrap.curves = function(dat, nboot, ...) { 
    for (i in 1:nboot) { 
     subdata = dat[sample(NROW(dat), replace=TRUE), ] 
     plot.spline(subdata$age, subdata$spnbmd, ...) 
    } 
} 

Bạn do đó có thể sử dụng chức năng này để chạy lô riêng biệt cho nam và nữ:

bootstrap.curves(dat2[dat2$gender == "female", ], 10, col="red") 
bootstrap.curves(dat2[dat2$gender == "male", ], 10, col="blue") 

End kết quả:

Lưu ý: Mã này sẽ tạo ra một số lượng cảnh báo (không lỗi) mà hình như:

1: In smooth.spline(x, y, cv = TRUE) : 
    crossvalidation with non-unique 'x' values seems doubtful 

Điều này là do các resampling bootstrap. smooth.spline sử dụng xác thực chéo để quyết định số bậc tự do để cung cấp cho một spline, nhưng nó không muốn làm như vậy với các giá trị trùng lặp x (vì sẽ luôn có hiệu quả với khả năng lấy lại bootstrap). Bạn có thể giải quyết vấn đề này bằng cách chọn số độ tự do của riêng bạn, nhưng điều này có lẽ là tốt cho mục đích này.