Làm cách nào để có được nhiều dòng trong một ô mật độ đơn lẻ, với thang đo được sửa?

Question

thể trùng lặp:
How to overlay density plots in R?

Gần đây tôi đã bắt đầu làm việc với các tập dữ liệu microarray và đang cố gắng để có được bàn tay của tôi trên R. Tôi muốn thực hiện một số lô ra khỏi dữ liệu kết quả của tôi, nhưng tuy nhiên tôi bị mắc kẹt sau đây.

tôi có các dữ liệu sau (myData),

cpg samp1 samp2 samp3 
cpg1 0.43 0.32 0.21 
cpg2 0.43 0.22 1.00 
cpg3 0.11 0.99 0.78 
cpg4 0.65 0.32 0.12 
cpg5 0.11 0.43 0.89 

Và tôi muốn có được một âm mưu mật độ cho điều này,

tôi đã làm như sau,

plot (density(MyData$samp1), col="red") 
lines (density(MyData$samp2), col="green") 
lines (density(MyData$samp3), col="blue") 

Nhưng làm điều này không cung cấp cho tôi các ô chính xác, bởi vì không phải tất cả các đường cong mẫu đều phù hợp với giới hạn lô. Tôi đã cố gắng tìm kiếm câu trả lời, nhưng thành thật mà nói tôi vẫn không thể làm được điều này. Bạn có thể giúp tôi biết làm cách nào để đặt tỷ lệ của mình cho những điều trên không? Hoặc những gì tôi nên làm thêm vào mã trên, để tất cả các đường cong nằm trong phạm vi ?? Tôi đã có nhiều mẫu, vì vậy tôi cần một cái gì đó mà cũng có thể tự động gán một đường cong màu sắc khác nhau cho mỗi mẫu của tôi, sau khi mở rộng nó đúng.

Thanks in advance ..

Answer 1

bạn sẽ cần phải thay đổi các giới hạn trục của cốt truyện gốc để phù hợp với tất cả mọi thứ trong này không được thực hiện cho bạn tự động khi thêm dòng khác nhau:.

ví dụ

plot (density(MyData$samp1), col="red",ylim=c(0,3.5),xlim=c(-1,2)) 
lines (density(MyData$samp2), col="green") 
lines (density(MyData$samp3), col="blue") 

Answer 2

Bạn cũng có thể tạo ra các giới hạn của x và y trục tự động:

ranges <- apply(MyData, 2, 
      function(x) { dens <- density(x); c(range(dens$x), range(dens$y)) }) 

plot(density(MyData$samp1), col="red", 
     xlim = range(ranges[1:2, ]), ylim = range(ranges[3:4, ])) 
lines(density(MyData$samp2), col="green") 
lines(density(MyData$samp3), col="blue") 

Answer 3

Sử dụng gói lattice (Tôi chắc chắn một Ví dụ: ggplot2 không xa), bạn có thể sử dụng hàm densityplot:

library(lattice) 
densityplot(~ samp1 + samp2 + samp3, data = myData, auto.key = TRUE) 

Hoặc sử dụng gói reshape2 để có được dữ liệu của bạn vào một hình thức cao trước âm mưu:

library(reshape2) 

myDataM<-melt(myData) 

densityplot(~ value, groups = variable, data = myDataM, auto.key = TRUE)