tôi đang tìm kiếm trong wiki làm thế nào để chuyển đổi các thông tin sau về hạt, tọa độ Descartes + năng lượng:Vẽ một hình cầu màu từ tọa độ Descartes trong PyMOL
23,4 54,6 12,3 -123,5 54,5 23,1 9,45 -56,7 .... ...
để vẽ trong pymol có chứa cho mỗi nguyên tử một hình cầu bán kính R, căn giữa trên tọa độ của nó và với màu sắc, theo độ dốc cầu vồng.
Cảm ơn
Điều bạn đang vẽ thực sự có liên quan đến cấu trúc phân tử (tức là động lực để sử dụng PyMol) là gì?
Nếu bạn vẽ một số cấu trúc phân tử, tôi khuyên bạn nên xuất một tệp PDB tùy chỉnh với các tọa độ hình cầu (bạn có thể sử dụng trường B-factor trên mỗi dòng ATOM như một cách kiểm soát màu nguyên tử trong PyMol).
Nếu bạn không vẽ một cấu trúc phân tử, bạn nên sử dụng giao diện CGO của PyMol.
Từ các tài liệu PyMOL:
lĩnh vực CGO được tạo ra bởi lệnh SPHERE.
SPHERE, x, y, z, d
trong đó x, y, z là tọa độ của trung tâm cầu và d là đường kính của lĩnh vực. Lưu ý cách lệnh COLOR được sử dụng để đặt màu của hình cầu. Giống như LINES, bạn chỉ cần một lệnh COLOR khi màu của hình cầu tiếp theo sẽ được vẽ thay đổi.
Một ví dụ đơn giản:
from pymol.cgo import *
from pymol import cmd
spherelist = [
COLOR, 0.100, 1.000, 0.000,
SPHERE, 30.304, 30.407, 30.531,0.30,
COLOR, 1.000, 0.000, 0.000,
SPHERE, 30.250, 30.250, 30.250,0.20,
]
cmd.load_cgo(spherelist, 'segment', 1)