filled.contour trong R 3.0.x ném lỗi

Question

Tôi có một chức năng tùy chỉnh để vẽ đường bao đầy mà chủ yếu dựa trên công việc Carey McGilliard và Bridget Ferris (http://wiki.cbr.washington.edu/qerm/sites/qerm/images/1/16/Filled.contour3.R) và http://wiki.cbr.washington.edu/qerm/index.php/R/Contour_Plots.

các filled.contour3 chức năng chạy một cách hoàn hảo trong R 2.15.3 nhưng ném một lỗi trong R 3.0.x

Error in .Internal(filledcontour(as.double(x), as.double(y), z, as.double(levels), : 
    there is no .Internal function 'filledcontour' 

Ông có thể vui lòng giúp tôi với một giải pháp hoặc một workarround vì vậy mà tôi có thể sử dụng chức năng filled.contour3() trong R 3.0.x. * Rất nhiều công việc của tôi phụ thuộc vào chức năng này và tôi đang sử dụng LInux để thay đổi các phiên bản R không dễ dàng trên các máy sản xuất. Sẽ được hạnh phúc để cung cấp tiền thưởng. *

Để sao chép các lỗi xin nguồn đầu tiên sau

filled.contour3 <- 
    function (x = seq(0, 1, length.out = nrow(z)), 
         y = seq(0, 1, length.out = ncol(z)), z, xlim = range(x, finite = TRUE), 
         ylim = range(y, finite = TRUE), zlim = range(z, finite = TRUE), 
         levels = pretty(zlim, nlevels), nlevels = 20, color.palette = cm.colors, 
         col = color.palette(length(levels) - 1), plot.title, plot.axes, 
         key.title, key.axes, asp = NA, xaxs = "i", yaxs = "i", las = 1, 
         axes = TRUE, frame.plot = axes,mar, ...) 
    { 
     # modification by Ian Taylor of the filled.contour function 
     # to remove the key and facilitate overplotting with contour() 
     # further modified by Carey McGilliard and Bridget Ferris 
     # to allow multiple plots on one page 

     if (missing(z)) { 
      if (!missing(x)) { 
       if (is.list(x)) { 
        z <- x$z 
        y <- x$y 
        x <- x$x 
       } 
       else { 
        z <- x 
        x <- seq.int(0, 1, length.out = nrow(z)) 
       } 
      } 
      else stop("no 'z' matrix specified") 
     } 
     else if (is.list(x)) { 
      y <- x$y 
      x <- x$x 
     } 
     if (any(diff(x) <= 0) || any(diff(y) <= 0)) 
      stop("increasing 'x' and 'y' values expected") 
     # mar.orig <- (par.orig <- par(c("mar", "las", "mfrow")))$mar 
     # on.exit(par(par.orig)) 
     # w <- (3 + mar.orig[2]) * par("csi") * 2.54 
     # par(las = las) 
     # mar <- mar.orig 
     plot.new() 
     # par(mar=mar) 
     plot.window(xlim, ylim, "", xaxs = xaxs, yaxs = yaxs, asp = asp) 
     if (!is.matrix(z) || nrow(z) <= 1 || ncol(z) <= 1) 
      stop("no proper 'z' matrix specified") 
     if (!is.double(z)) 
      storage.mode(z) <- "double" 
     .Internal(filledcontour(as.double(x), as.double(y), z, as.double(levels), 
                 col = col)) 
     if (missing(plot.axes)) { 
      if (axes) { 
       title(main = "", xlab = "", ylab = "") 
       Axis(x, side = 1) 
       Axis(y, side = 2) 
      } 
     } 
     else plot.axes 
     if (frame.plot) 
      box() 
     if (missing(plot.title)) 
      title(...) 
     else plot.title 
     invisible() 
    } 


filled.legend <- 
    function (x = seq(0, 1, length.out = nrow(z)), y = seq(0, 1, 
                               length.out = ncol(z)), z, xlim = range(x, finite = TRUE), 
         ylim = range(y, finite = TRUE), zlim = range(z, finite = TRUE), 
         levels = pretty(zlim, nlevels), nlevels = 20, color.palette = cm.colors, 
         col = color.palette(length(levels) - 1), plot.title, plot.axes, 
         key.title, key.axes, asp = NA, xaxs = "i", yaxs = "i", las = 1, 
         axes = TRUE, frame.plot = axes, ...) 
    { 
     # modification of filled.contour by Carey McGilliard and Bridget Ferris 
     # designed to just plot the legend 
     if (missing(z)) { 
      if (!missing(x)) { 
       if (is.list(x)) { 
        z <- x$z 
        y <- x$y 
        x <- x$x 
       } 
       else { 
        z <- x 
        x <- seq.int(0, 1, length.out = nrow(z)) 
       } 
      } 
      else stop("no 'z' matrix specified") 
     } 
     else if (is.list(x)) { 
      y <- x$y 
      x <- x$x 
     } 
     if (any(diff(x) <= 0) || any(diff(y) <= 0)) 
      stop("increasing 'x' and 'y' values expected") 
     # mar.orig <- (par.orig <- par(c("mar", "las", "mfrow")))$mar 
     # on.exit(par(par.orig)) 
     # w <- (3 + mar.orig[2L]) * par("csi") * 2.54 
     #layout(matrix(c(2, 1), ncol = 2L), widths = c(1, lcm(w))) 
     # par(las = las) 
     # mar <- mar.orig 
     # mar[4L] <- mar[2L] 
     # mar[2L] <- 1 
     # par(mar = mar) 
     # plot.new() 
     plot.window(xlim = c(0, 1), ylim = range(levels), xaxs = "i", 
           yaxs = "i") 
     rect(0, levels[-length(levels)], 1, levels[-1L], col = col) 
     if (missing(key.axes)) { 
      if (axes) 
       axis(4) 
     } 
     else key.axes 
     box() 
    } 
# 
# if (!missing(key.title)) 
#  key.title 
# mar <- mar.orig 
# mar[4L] <- 1 
# par(mar = mar) 
# plot.new() 
# plot.window(xlim, ylim, "", xaxs = xaxs, yaxs = yaxs, asp = asp) 
# if (!is.matrix(z) || nrow(z) <= 1L || ncol(z) <= 1L) 
#  stop("no proper 'z' matrix specified") 
# if (!is.double(z)) 
#  storage.mode(z) <- "double" 
# .Internal(filledcontour(as.double(x), as.double(y), z, as.double(levels), 
#  col = col)) 
# if (missing(plot.axes)) { 
#  if (axes) { 
#   title(main = "", xlab = "", ylab = "") 
#   Axis(x, side = 1) 
#   Axis(y, side = 2) 
#  } 
# } 
# else plot.axes 
# if (frame.plot) 
#  box() 
# if (missing(plot.title)) 
#  title(...) 
# else plot.title 
# invisible() 
#} 

và sau đó chạy

#Example Four Panel Contour Plot with One Legend 
#Author: Carey R McGilliard 
#September 2010 

#This code uses a modified version of filled.contour called filled.contour3 (created by Carey McGilliard, Ian Taylor, and Bridget Ferris) 
#to make an example figure of four contour plots sharing a legend (to the right). 
#The example demonstrates how to use various color schemes for the contour plots and legend, but the user will want to 
#pick one color scheme for all four plots such that the legend matches the plots. 
#Changing the x- and y-axis values will change the placement of text added to the figure using the text() function and adjustments will be necessary 


#Source the following functions (change the paths as necessary) 
#source("./print.letterTrevor.R") 

#gplots has the function colorpanel, which is handy for making gray-scale contour plots 
library(gplots) 

#------------------------------------------------------ 
#Generate some fake data 
x = rep(c(10,11,12),length = 9) 
y = rep(c(1,2,3),each = 3) 
z = rnorm(n=9,mean = 0,sd = 1) 


xcoords = unique(x) 
ycoords = unique(y) 
surface.matrix = matrix(z,nrow=length(xcoords),ncol=length(ycoords),byrow=T) 
#------------------------------------------------------ 

#plot.new() is necessary if using the modified versions of filled.contour 
plot.new() 

#I am organizing where the plots appear on the page using the "plt" argument in "par()" 
par(new = "TRUE",    
     plt = c(0.1,0.4,0.60,0.95), # using plt instead of mfcol (compare 
     # coordinates in other plots) 
     las = 1,      # orientation of axis labels 
     cex.axis = 1,     # size of axis annotation 
     tck = -0.02)     # major tick size and direction, < 0 means outside 

#Top left plot: 
# 
# the filled contour - coloured areas 
filled.contour3(xcoords, 
           ycoords, 
           surface.matrix, 
           color=terrain.colors, 
           xlab = "",  # suppress x-axis annotation 
           ylab = "",  # suppress y-axis annotation 
           xlim = c(min(xcoords),max(xcoords)), 
           ylim = c(min(ycoords),max(ycoords)), 
           zlim = c(min(surface.matrix),max(surface.matrix)) 
) 
# the contour part - draw iso-lines 
contour(xcoords, 
       ycoords, 
       surface.matrix, 
       color=terrain.colors, 
       xlab = "", 
       ylab = "", 
       xlim = c(min(xcoords),max(xcoords)), 
       ylim = c(min(ycoords),max(ycoords)), 
       zlim = c(min(surface.matrix),max(surface.matrix)), 
       add=TRUE,     # add the contour plot to filled-contour, 
       #thus making an overlay 
       col = grey(0.4)   # color of overlay-lines 
) 
# 
# An annotation inside first plot 
#The xpd=NA allows for writing outside the plot limits, but still using the the x and y axes to place the text 
par(xpd = NA) 
text(x=11,y=1.5,"x",cex = 1.5,font = 2) 
print.letter(text = "(a)") 

###################################################################### 
# 
# 
#Top right plot: 
par(new = "TRUE", 
     plt = c(0.5,0.8,0.60,0.95), # defining window for second plot 
     las = 1, 
     cex.axis = 1) 
# 
filled.contour3(
    xcoords, 
    ycoords, 
    surface.matrix, 
    color=heat.colors, 
    xlab = "", 
    ylab = "", 
    xlim = c(min(xcoords),max(xcoords)), 
    ylim = c(min(ycoords),max(ycoords)), 
    zlim = c(-1,1) 
) 
# 
contour(
    xcoords, 
    ycoords, 
    surface.matrix, 
    xlab = "", 
    ylab = "", 
    xlim = c(min(xcoords),max(xcoords)), 
    ylim = c(min(ycoords),max(ycoords)), 
    zlim = c(-1,1), 
    add=TRUE 
) 
# 
#Alternatively, you could set z axis limits to depend 
#on the min and max values in surface.matrix. 
#filled.contour3(xcoords,ycoords,surface.matrix,color=heat.colors,xlab = "",ylab = "",xlim = c(min(xcoords),max(xcoords)),ylim = c(min(ycoords),max(ycoords)),zlim = c(min(surface.matrix),max(surface.matrix))) 
# 
# Add annotation 
text(x=11, 
     y=1.5, 
     "x", 
     cex = 1.5, 
     font = 2) 


###################################################################### 
# 
#Bottom left plot: 
par(new = "TRUE", 
     plt = c(0.1,0.4,0.15,0.5), 
     las = 1, 
     cex.axis = 1) 
# 
filled.contour3(xcoords, 
           ycoords, 
           surface.matrix, 
           col=colorpanel(11, "white", "grey10"), 
           nlevels=11, 
           xlab = "", 
           ylab = "", 
           xlim = c(min(xcoords),max(xcoords)), 
           ylim = c(min(ycoords),max(ycoords)), 
           zlim = c(-1,1)) 
# 
contour(xcoords, 
       ycoords, 
       surface.matrix, 
       xlab = "", 
       ylab = "", 
       xlim = c(min(xcoords),max(xcoords)), 
       ylim = c(min(ycoords),max(ycoords)), 
       zlim = c(-1,1), 
       add = TRUE) 
# 
text(x=11, 
     y=1.5, 
     "x", 
     cex = 1.5, 
     font = 2, 
     col = "white") 


###################################################################### 
# 
#Bottom right plot: 
par(new = "TRUE", 
     plt = c(0.5,0.8,0.15,0.5), 
     las = 1, 
     cex.axis = 1) 
# 
filled.contour3(
    xcoords, 
    ycoords, 
    surface.matrix, 
    color = terrain.colors, 
    xlab = "", 
    ylab = "", 
    xlim = c(min(xcoords),max(xcoords)), 
    ylim = c(min(ycoords),max(ycoords)), 
    zlim = c(-1,1) 
) 
# 
contour(
    xcoords, 
    ycoords, 
    surface.matrix, 
    xlab = "", 
    ylab = "", 
    xlim = c(min(xcoords),max(xcoords)), 
    ylim = c(min(ycoords),max(ycoords)), 
    zlim = c(-1,1), 
    add=TRUE 
) 

text(x=11, 
     y=1.5, 
     "hello", 
     cex = 1.5, 
     font = 2) 


# 
###################################################################### 
#Add a legend: 
par(new = "TRUE", 
     plt = c(0.85,0.9,0.25,0.85), # define plot region for legend 
     las = 1, 
     cex.axis = 1) 
# 
filled.legend(
    xcoords, 
    ycoords, 
    surface.matrix, 
    color = terrain.colors, 
    xlab = "", 
    ylab = "", 
    xlim = c(min(xintercepts),max(xintercepts)), 
    ylim = c(min(slopes),max(slopes)), 
    zlim = c(-1,1)) 

#Add some figure labels 
par(xpd=NA,cex = 1.3) 
text(x = -16.7,y = 0,"slope",srt = 90,cex = 1.3) 
text(x = -8,y = -1.62,expression(paste(italic(x),"-intercept",sep = "")),cex = 1.3) 

Answer 1

Điều này xảy ra nếu bạn sử dụng một API phi tiêu chuẩn. Bạn được phép làm điều đó, nhưng không thể mong đợi rằng nó được duy trì.

Thay đổi

.Internal(filledcontour(as.double(x), as.double(y), z, as.double(levels), 
                 col = col)) 

để

.filled.contour(as.double(x), as.double(y), z, as.double(levels), 
          col = col) 

Sự thay đổi đã được công bố với release notes:

Mã C đồ họa cơ sở cơ bản đã được chuyển sang đồ họa gói (và do đó không còn sử dụng các cuộc gọi .Internal() nữa.

Bạn đã bao giờ nghe nói về số "minimal reproducible example" (nhấn mạnh vào "tối thiểu") chưa?