Không thể cài đặt rJava trong R 3.0 trong Ubuntu 13.04

Question

Tôi không thể gọi gói rJava trong số R 3.0. Tôi nhận được thông báo sau

Error: package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install it 

Tôi nhận được thông báo lỗi khi tôi đã cố gắng để cài đặt lại rJava gói. Tôi đã cung cấp đầu ra của R CMD javareconf

Java interpreter : /usr/bin/java 
Java version  : 1.7.0_21 
Java home path : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre 
Java compiler : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/../bin/javac 
Java headers gen.: /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/../bin/javah 
Java archive tool: /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/../bin/jar 

trying to compile and link a JNI progam 
detected JNI cpp flags : 
detected JNI linker flags : 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -O2 -pipe -g -c conftest.c -o conftest.o 
conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory 
compilation terminated. 
make: *** [conftest.o] Error 1 
Unable to compile a JNI program 


Java library path: 
JNI cpp flags : 
JNI linker flags : 
Updating Java configuration in /usr/lib/R 
Done. 

Tôi đang sử dụng Ubuntu 13.04. Tôi cũng đã thử apt-get install r-cran-rjava không giúp giải quyết vấn đề. Về jni.h có một số giải pháp here. Nhưng, không chắc làm thế nào tôi có thể sử dụng giải pháp ở đây.

Answer 1

Tôi đã gặp sự cố tương tự. Giải pháp của tôi là để cài đặt các openjdk-7- * qua

sudo apt-get install openjdk-7-* 

Tiếp theo đó với

sudo R CMD javareconf 

và tôi lúc đó có thể cài đặt rJava trong R qua install.packages("rJava").

Trong khi có lẽ không phải là giải pháp thanh lịch nhất, nó dường như đã giải quyết được vấn đề của tôi với việc rJava hoạt động.

Answer 2

Đối với những người nhận được lỗi:

error: unable to load shared object '/some/dir/rJava/libs/rJava.so': libjvm.so: 
cannot open shared object file: No such file or directory 

tôi đã giải quyết được lỗi định vị thư viện trong hệ thống và liên kết chúng với /usr/lib:

$sudo updatedb 
$locate libjvm.so 
/usr/lib/debug/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so 
/usr/lib/debug/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/zero/libjvm.so 
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/jamvm/libjvm.so 
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so 
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/zero/libjvm.so 
$sudo ln -s /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so /usr/lib/ 

Answer 3

Cài đặt rJava từ gói phân phối như đề xuất trong this askUbuntu answer cũng hoạt động:

sudo apt-get install r-cran-rjava 

N OTE: đã thử từ hệ thống Debian.