Tự mô tả định dạng tệp cho hình ảnh gigapixel?

Question

Trong hình ảnh y tế, dường như có hai cách để lưu trữ hình ảnh gigapixel khổng lồ:

1. Sử dụng nhiều hình ảnh JPEG (hoặc đóng gói thành file hoặc cá nhân) và nấu lên một số định dạng chỉ số kỳ lạ để mô tả những gì diễn ra ở đâu . Theo dõi một số siêu dữ liệu ở một số định dạng khác.

2. Sử dụng tính năng hỗ trợ nhiều hình ảnh và lát của TIFF để lưu trữ hình ảnh một cách rõ ràng dưới dạng một tệp và cung cấp các phiên bản được lấy mẫu xuống để thu phóng tốc độ. Sau đó, lạm dụng các thẻ TIFF khác nhau để lưu trữ siêu dữ liệu theo các cách không chuẩn. Ngoài ra, lưu trữ các ô có các ranh giới trùng lặp phải được dịch riêng lẻ sau này.

Trong cả hai trường hợp, người đọc phải hiểu định dạng đủ tốt để hiểu cách vẽ và đọc siêu dữ liệu.

Có cách nào tốt hơn để lưu trữ những hình ảnh này không? TIFF (hoặc BigTIFF) vẫn là định dạng phù hợp cho điều này? Có XMP giải quyết vấn đề siêu dữ liệu không?

Những vấn đề chính là:

• Lưu hình ảnh trong một cách mà cho phép truy cập ngẫu nhiên nhanh chóng (ốp lát)
• Lưu hình ảnh downsampled cho phóng to nhanh (kim tự tháp)
• Xử lý khi gạch được chồng chéo hoặc thưa thớt (máy quét thường hoạt động bằng cách di chuyển máy ảnh qua bản chiếu 2D và chỉ chụp ở nơi có hình ảnh)
• Lưu trữ siêu dữ liệu quan trọng, bao gồm hình ảnh được liên kết như nhãn và hình thu nhỏ
• Hỗ trợ lưu trữ mất dữ liệu

Loại định dạng (hy vọng không độc quyền) nào mà mọi người sử dụng để lưu trữ ảnh hoặc bản đồ trên không lớn? Những hình ảnh này có các thuộc tính tương tự.

Answer 1

Dường như bắt đầu với TIFF hoặc BigTIFF và xác định tập hợp con hữu ích của thẻ + siêu dữ liệu XMP có thể là cách để đi. FITS là không tốt vì nó là cơ bản cho dữ liệu lossless và không có một cơ chế siêu dữ liệu rất thích hợp.

Vấn đề với TIFF là vấn đề chỉ cho phép quá nhiều linh hoạt, nhưng một tập hợp con của TIFF phải được chấp nhận.

Giải pháp có thể rất tốt là http://ome-xml.org/ và http://ome-xml.org/wiki/OmeTiff.

Dường như DICOM bây giờ đã hỗ trợ: ftp://medical.nema.org/MEDICAL/Dicom/Final/sup145_ft.pdf

Answer 2

PNG có thể phù hợp với bạn. Nó có thể xử lý hình ảnh lớn, siêu dữ liệu, và định dạng PNG có thể có một số interlacing, vì vậy bạn có thể nhận được lên đến (xuống đến?) Một n/8 x n/8 downsampled hình ảnh khá dễ dàng.

Tôi không chắc liệu PNG có thể thực hiện truy cập ngẫu nhiên nhanh hay không. Nó được chunked, nhưng điều đó có thể không đủ.

Bạn có thể trình bày dữ liệu thưa thớt với kênh trong suốt.

Answer 3

Bạn có thể muốn FITS.

• kích thước Arbitrary
• 1--3 dữ liệu chiều
• Mở rộng tiêu đề
• Sử dụng rộng rãi trong thiên văn học và xác nhận bởi NASA và IAU

Answer 4

tôi là một nghiên cứu bệnh học (và hobbyist lập trình viên) vì vậy các trang trình bày ảo và bệnh học kỹ thuật số là mối quan tâm lớn của tôi. Bạn có thể quan tâm đến số OpenSlide project. Họ đã mô tả một số định dạng độc quyền từ các nhà cung cấp lớn (Aperio, BioImagene, v.v.).Hầu hết dường như bao gồm một kim tự tháp phóng to (quét ở các mục tiêu hiển vi khác nhau, tất nhiên), các tệp tiff lớn chứa nhiều tiffs hoặc hình ảnh nén (JPEG hoặc JPEG2000).

Answer 5

JPEG2000 thể là giá trị một cái nhìn, một số nỗ lực hấp dẫn từ các thư viện quốc gia trong không gian này.

Answer 6

Tiêu chuẩn ngành là DICOM Sup 145; nhận được các nhà cung cấp để áp dụng nó mặc dù đã được chậm chạp, nhưng phát minh ra một định dạng khác có lẽ sẽ không hữu ích.