Như tiêu đề của bài viết này cho biết, khi tôi cố gắng để chạy mã và dữ liệu mà làm việc tốt trong WinBUGS từ R sử dụng BRugsFit (với coda=T), tôi nhận được các lỗi này:OpenBUGS không hội tụ vào mô hình hội tụ trong WinBUGS. Giới hạn chính xác?
Error in glm.fit(x = structure(c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, :
NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1)
In addition: Warning messages:
1: glm.fit: algorithm did not converge
2: glm.fit: algorithm did not converge
3: glm.fit: algorithm did not converge
4: glm.fit: algorithm did not converge
5: step size truncated due to divergence
Khi tôi làm tail() trên đối tượng coda, tôi nhận được cùng một số hơn và hơn. Mặt khác, khi tôi chạy WinBUGS, lưu coda, và tải nó vào R, tôi nhận được một số biến thể ngẫu nhiên như tôi mong đợi, và không có cảnh báo về hội tụ.
Đây là mô hình của tôi (nó sử dụng 'thủ thuật' để tìm người đăng ký cho các tham số của phân phối Logistic-Makeham).
model {
for(i in 1:n){
ones[i]<-1;
# here I pre-calculate two quantities that occur several times
# in the PDF, to save a little processing time
expbx[i] <- exp(b*x[i]); expbx1[i]<- 1/(1+sd*(expbx[i]-1));
# below is the actual PDF
p[i]<-(c+a*expbx[i]*expbx1[i])*exp(-c*x[i])*pow(expbx1[i],1/s);
# the ones trick
ones[i]~dbern(p[i]);
}
b~dunif(0,1); d~dexp(1); c~dexp(1); s.raw~dflat();
# a (lambda) parametrized this way because it comes out more accurate
# s forced to be > 0
a<-b*d; s<-abs(s.raw);
# NOT a standard deviation, just s times d, to save processing time
sd<-s*d;
# I save all the parameters I'm interested in to one vector, for convenient
# viewing of them all in the same window.
out[1]<-a; out[2]<-b; out[3]<-c; out[4]<-s; out[5]<-d;
}
Dưới đây là một ví dụ điển hình của dữ liệu của tôi:
list(n= 148 ,x=c(1246,1175,1048,1169,1043,802,543,719,1296,817,1122,542,839,443,1536,700,834,232,596,1096,1118,957,974,1031,1149,1044,1108,
519,677,569,952,1243,970,1736,1262,1026,979,1543,1029,761,533,540,511,1150,1589,1169,1029,1248,1572,638,731,525,968,1467,1596,1077,712,1603,1
203,991,37,1775,893,993,913,1487,1186,1381,977,1247,857,786,615,733,1206,1059,1508,569,1205,754,886,1099,843,599,780,1294,1603,1242,883,1320,
507,1097,1193,218,1362,1181,1118,453,1291,972,787,1061,1097,1100,1117,1174,596,1305,1071,940,919,999,1209,1043,1161,1016,1025,750,423,732,
1389,907,1184,1275,944,1209,1073,1098,1348,976,817,557,211,961,880,1039,1287,736,1400,1757,1355,977,198,689,853,1251,767,768))
... và điển hình trong tệp (tôi sử dụng 4 dây chuyền, mỏng 20, Burnin 2000, 20000 lần lặp)
list(d=0.001738,b=0.0009672,c=0.002451,s.raw=0.001511)
list(d=0.006217,b=0.005596,c=0.00777,s.raw=0.007019)
list(d=1.504E-05,b=4.825E-06,c=2.172E-07,s.raw=6.104E-05)
list(d=0.3011,b=0.03552,c=0.1274,s.raw=0.2549)
OpenBUGS có đơn giản là làm tròn số chữ số ít hơn đáng kể so với WinBUGS không, và nếu có, có lẽ có một cài đặt mà tôi có thể thay đổi để làm cho nó ngừng hoạt động?
+1, chỉ dành cho danh mục câu hỏi. Tôi rất vui khi thấy ai đó đang áp dụng BUGS. – duffymo
Bạn đã thử JAGS chưa? Nói chung, đối với các vấn đề thậm chí hơi phức tạp, các mẫu lấy mẫu hộp đen giống như BUGS có thể rất nhạy cảm ... –
Tôi sẵn sàng dùng thử. Liệu nó có quá thư giãn không? WinBUGS có một số tự tương đối khủng khiếp mà không có tính năng đó. Ngoài ra, là nhân rộng các chức năng nhiều chuỗi của WinBUGS trong JAGS đơn giản như làm nhiều JAGS chạy và sau đó kết hợp chúng thành một coda bằng tay? – f1r3br4nd