2010-03-03 74 views
7

Tôi đang tìm một gói python mà tôi có thể sử dụng để mô phỏng động lực phân tử trong các tình huống không cân bằng. Tôi cần một thiết lập có thể xử lý một số lượng khá lớn các phân tử theo một cách lý thuyết chủ yếu động học, và có thể xử lý có bề mặt rắn hiện diện. Liên quan đến các bề mặt, tôi sẽ cần để có thể tạo ra các hình dạng tùy ý và theo dõi áp suất và các biến khác do hành động phân tử. Ngoài ra, tôi có thể tự thêm các phần bề mặt nếu tôi có các phân tử có thể xử lý nó.Mô phỏng động lực học phân tử trong Python

Có ai biết bất kỳ gói nào có thể phù hợp không?

+0

Điều này là để mô hình dòng khí xung quanh bề mặt, không phải cho sinh học. Về cơ bản tìm kiếm va chạm đàn hồi ra khỏi các bề mặt khác nhau và các phân tử khác trong hệ thống để xem sự hiện diện của các bề mặt sẽ chảy ra sao. Không cân bằng vì các mặt khác nhau của các bề mặt ở các nhiệt độ, áp suất khác nhau, vv .. – Elliot

+0

Ngoài ra dòng chảy của bề mặt có thể di chuyển như thế nào nếu các khí cung cấp cho chúng đủ đá. – Elliot

Trả lời

4

Bạn đã xem SimPy chưa? SimPy là một gói Mô phỏng sự kiện rời rạc khá chung chung, nhưng có thể đáp ứng nhu cầu của bạn một cách khả thi.

Hơn thế nữa các Molecular Modelling ToolKit (MMTK) dường như chuyên biệt hơn ...

Tôi đã sử dụng cả, nhưng điều này thật thú vị. Python, như là một ngôn ngữ, dường như ở vị trí đặc quyền để sử dụng trong phần mềm mô phỏng, nhờ đó mọi người có thể viết chi tiết cụ thể về mô hình của họ trong khi dựa vào khuôn khổ cho tất cả các logic chung, chẳng hạn như lập biểu, trực quan, giám sát vv là như thế nào các bộ công cụ như vậy quy mô khi cho ăn với số lượng đại lý tương xứng với mô hình sinh học (BTW, làm thế nào "lớn" là?)

+0

số lượng tác nhân sinh học có xu hướng là hàng triệu người ở mức tốt nhất, nhưng các vấn đề kỹ thuật hóa học quy mô lớn có thể lớn hơn _much_. –

0

Tôi không biết nếu chương trình đó làm tất cả các tính năng bạn cần nhưng có avogadro trong kde chương trình, tôi nghĩ rằng nó có thể mở rộng và vì nó là mã nguồn mở, bạn có thể làm bất cứ điều gì với nó. http://www.kde-apps.org/content/show.php/Avogadro?content=59521

Nó thực sự tiên tiến và lập trình bởi một người bạn của tôi

2

Lampps và gromacs hai nổi tiếng mã động học phân tử. Những mã này đều có một số công cụ đóng gói dựa trên python, nhưng tôi không chắc chắn bao nhiêu chức năng trình bao bọc phơi bày. Họ có thể không cung cấp cho bạn đủ quyền kiểm soát mô phỏng.

Google cho "GromacsWrapper" hoặc google cho "lammps" và "pizza.py"

tài liệu kỹ thuật số và ASE là hai mã động học phân tử mà phơi bày rất nhiều chức năng, nhưng lần cuối cùng tôi nhìn, họ đều khá chuyên môn. Họ có thể không cho phép bạn sử dụng các tiềm năng lực mà bạn muốn

Google cho "tài liệu kỹ thuật số" và "Cornell" hoặc google cho "ase" và DTU

chú MJV: Bình thường MD-mã mất một thời gian từng bước một, và chúng di chuyển tất cả các hạt trong mỗi bước thời gian. Phần lớn thời gian là chi tiêu tính tổng lực trên mỗi nguyên tử. Điều này liên quan đến việc lặp qua danh sách các cặp nguyên tử lân cận. Tôi nghĩ ý tưởng tốt nhất là thực hiện tính toán lực và một vài điều cơ bản hơn trong C++ hoặc fortran và sau đó bọc chức năng đó vào python. (Nhưng có thể thấy thú vị khi thấy một người có thể nhận được bằng cách sử dụng ma trận nhiều lần)

0

Tôi là MMTK thứ hai, nhưng hãy xem VMD, phần mềm MD tốt nhất mà tôi biết. (ngoài Tk). Xem this để biết các ví dụ và hướng dẫn.

+0

VMD là nhiều hơn cho các hệ thống sinh học. Tôi đã làm rõ những gì tôi đang tìm kiếm một chút. – Elliot

+3

VMD là một gói trực quan, không phải là một gói mô phỏng. – JoshAdel

+1

@JoshAdel Nói đúng, VMD có giao diện cho NAMD (chịu trách nhiệm về MD), là phần mở rộng mặc định cho VMD. –

1

Một khung mô phỏng chung khác là của riêng tôi GarlicSim. Bạn có thể thử điều đó. Tôi có thể giúp bạn có được một simpack lên nếu bạn nghiêm túc về nó.

0

Tôi khuyên bạn nên sử dụng phần mềm động lực học phân tử để chạy mô phỏng MD như Gromac. Phần mềm này được tối ưu hóa cao cho mục đích cụ thể đó. Bạn cũng có thể chạy trên GPU và bạn sẽ có thể chạy các hệ thống lớn hơn trong thời gian ít hơn.

Sau đó, bạn chỉ chạy phân tích với gói python bằng cách sử dụng quỹ đạo được tạo.

mdtraj pmx

Các vấn đề liên quan