cốt truyện 3D hấp dẫn trong R

Question

Tôi viết một đề nghị và cần một cái gì đó âm mưu 3D như thế này:

nhưng tốt nhất là nên hấp dẫn hơn. Tôi cần kích thước của mỗi điểm để phản ánh sự phong phú của các loài và một phác thảo của khối lượng được tạo ra bằng cách kết nối các điểm.

dữ liệu mẫu:

input<-data.frame(
label=c("sp1","sp2","sp3","sp4"), 
trait_x=c(6,6,6,1), 
trait_y=c(7,7,7,1), 
trait_z=c(8,8,8,1), 
point_size=c(6,7,8,1) 
) 
input 
    label trait_x trait_y trait_z point_size 
1 sp1  6  7  8  6 
2 sp2  6  7  8  7 
3 sp3  6  7  8  8 
4 sp4  1  1  1  1 

Bất kỳ gợi ý về cách làm cho một đồ thị như vậy hấp dẫn hơn (có lẽ bao gồm gridlines Tôi không muốn bất kỳ con số trên các trục tuy nhiên?)

Tôi đã chơi xung quanh với scatterplot3d, nhưng nó không vẽ tất cả các điểm của tôi và cá nhân tôi thấy rằng các khối lập phương có một cái nhìn xa lạ với nó ... như nó không phải là hoàn toàn chính xác ...

library(scatterplot3d) 
x<-input$trait_x 
y<-input$trait_y 
z<-input$trait_z 
scatterplot3d(x,y,z,xlim=c(0,10),ylim=c(0,10),zlim=c(0,10)) 

Answer 1

Điều này sẽ giúp bạn bắt đầu sử dụng gói rgl. Lưu ý: Khi đọc lại, tôi thấy tôi đang sử dụng các hợp âm xyz của bạn hơi khác so với bạn, nhưng khái niệm thì giống nhau.

input<-data.frame(# I adjusted the values for better appearance in demo 
label=c("sp1","sp2","sp3","sp4"), 
trait_x=c(6,7,11,1), 
trait_y=c(10,7,9,1), 
trait_z=c(4,7,6,1), 
point_size=c(6,7,8,1) 
) 
names(input) <- c("name", "x", "y", "z", "radius") 
input$radius <- input$radius*0.2 

require("rgl") 

spheres3d(input[,2:4], radius = input[,5], col = c("red", "green", "blue", "orange"), alpha = 0.5) 
axes3d(box = TRUE) 
title3d(xlab = "x_trait", ylab = "y_trait", zlab = "z_trait") 
text3d(input[1,2:4], texts = "species X") 
# next line is clunky but you can do it more elegantly 
segs <- rbind(input[1:2,2:4], input[2:3,2:4], input[3:4,2:4], input[c(4,1),2:4]) 
segments3d(segs) 

Bây giờ bạn có thể xoay sơ đồ của bạn một cách tương tác và sau đó sử dụng rgl.snapshot để có được một bản in (sử dụng antialias luận trong spheres3d sẽ cải thiện sơ đồ).