các ô kiểu 'circos' với matplotlib?

Question

Có ai biết nếu có cách nào để tạo các ô circos-style với gói matplotlib python hoặc bất kỳ thư viện python nào khác không? Chúng không cần phải đẹp như ví dụ.

Answer 1

Theo như tôi biết, không có chức năng trực tiếp cho việc này. Nếu tôi tạo chức năng này, tôi sẽ sử dụng polar plots làm điểm bắt đầu, sau đó tôi sẽ tạo một transformation để chuyển đổi vị trí dữ liệu dọc trục tròn sang tọa độ cực.

Answer 2

Ý tưởng của Yann thật tuyệt vời. Và hơn thế nữa, các vòng xuyến được phát triển bởi Perl với GD và các mô đun khác, sau đó xuất SVG (hoặc png). Python cũng có thể làm điều này nếu bạn muốn tạo bánh xe mới :)

Như tôi biết nếu bạn muốn circos hình ảnh phong cách (style hình tròn) bằng cách matplotlib, bạn nên viết mã python liệu trực tiếp:

1. học cơ bản SVG ngữ pháp
2. sử dụng python để tạo ra bố cục cơ bản
3. thiết kế yếu tố hình ảnh của bạn
4. tính toán và chuyển dữ liệu của bạn phối; bạn nên suy nghĩ nó trong các tọa độ cực (tôi đã làm những điều tương tự nhưng không có nguồn mở.)
5. xuất các phần tử của bạn.

Nếu bạn thích, tham gia nhóm google circos để thảo luận: http://groups.google.com/group/circos-data-visualization

Answer 3

Dường như Biopython của mô-đun GenomeDiagram có chức năng tương tự, mặc dù nó được thiết kế cho âm mưu dữ liệu về gen, nhưng không phải bất kỳ dữ liệu, như trong circos, và đầu ra sẽ không được tốt đẹp.