Tôi đã được yêu cầu làm việc về hiển thị cấu trúc protein, giống như RasMol, nơi người dùng sẽ mở tệp pdb để lấy cấu trúc protein.Trực quan cấu trúc protein
Tôi có thể tạo cấu trúc protein từ tệp pdb như thế nào?
Tôi muốn viết bằng Python và trực quan hóa cấu trúc nên tôi đang sử dụng OpenGL hoặc VTK? có bất kỳ mô-đun khác có thể giúp tôi về vấn đề này?
Bạn nên thử pymol có giao diện python.
Here bạn có một hướng dẫn người mới bắt đầu như thế nào để kịch bản PyMOL để tương tác với các quan điểm
Là một sinh viên bạn có thể nhận PyMOL với miễn phí từ trang web pymols. Ngoài ra, Gohlke cung cấp trình cài đặt cho các cửa sổ 32 và 64 bit và trăn 2.6-2.7.
cho phép tôi được xây dựng và chỉ ra rằng đó là một giải pháp hoàn chỉnh sử dụng python để kịch bản ứng dụng pymol và không có gì khác. cũng vậy, vì anh ấy không ghi danh vào đại học, anh ta sẽ phải trả 20.000 đô la hoặc bao nhiêu tiền để sử dụng pymol. – marinara
PyMOL là một chương trình mã nguồn mở. Bạn có thể biên dịch phiên bản của riêng bạn từ mã nguồn và nó không tốn tiền. Linux cài đặt: http://www.pymolwiki.org/index.php/Linux_Install cài đặt Windows là một chút khó khăn, nhưng doable: http://www.pymolwiki.org/index.php/Windows_Install của nó mã nguồn có sẵn dưới dạng python hoặc C/C++. Bạn sẽ thực sự hưởng lợi từ nó nếu bạn muốn bắt đầu thực hiện của riêng bạn. – HongboZhu
@HongboZhu Ngay, nhưng trong trường hợp cửa sổ, không khó để bắt đầu với pymol: như tôi đã chỉ ra, bạn có thể nhận được (miễn phí) các trình cài đặt nhị phân của Windows từ kho lưu trữ của Gohlke. Có vẻ như marinara không nhận thấy bản chỉnh sửa của tôi và không sửa chữa/xóa bình luận của anh ấy – joaquin
Tôi nghĩ rằng Pymol không còn miễn phí nữa vì nó phải được mua từ Schrödinger. Hai chương trình miễn phí: - JMol (xấu !! không sử dụng trừ khi bạn không có lựa chọn nào khác) - PyMol (nếu bạn đang học) - Yasara - Discovery studio (Accelrys) - RasMol (Không duy trì lâu hơn) - VMD (chương trình tốt nhất để trực quan hóa quỹ đạo). Rất mạnh mẽ nhưng tôi chưa bao giờ sử dụng nó.
Tôi không biết liệu bạn có thể thực hiện kịch bản trong tất cả chúng hay không.
Tôi làm việc rất nhiều với PyMol và tôi đã thực hiện một số thao tác. Giới hạn duy nhất là bạn có thể sử dụng nó làm người xem nhưng không có gì khác. Ví dụ: bạn không thể nhận được thông tin bằng cách nhấp vào nguyên tử.
chúc may mắn
Bạn có thể lấy nguồn từ sourceforge (http://sourceforge.net/projects/pymol/files/pymol/1.4.1/). Nếu bạn muốn trình cài đặt nhị phân, bạn có thể lấy chúng từ trang web Golhke như tôi đã chỉ ra trong bài đăng của tôi – joaquin
Vẫn còn phiên bản miễn phí của pymol. http://sourceforge.net/projects/pymol/ Pymol là hoàn toàn có khả năng làm bất cứ điều gì, nó chỉ có thể mất một số khám phá/thử nghiệm nghiêm túc để tìm ra để làm cho điều đó xảy ra. – Ryanmt
Chimera http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ là một trình xem khác. Tôi nghĩ rằng giấy phép của nó linh hoạt hơn pymol.
Bạn đang viết của riêng mình? Tôi nghĩ hầu hết các câu trả lời này đều hướng bạn đến những người xem đã triển khai. May mắn thay, tôi tưởng tượng nó sẽ mất rất nhiều công việc.
Không phải mã nguồn RasMol có sẵn không? – PhiS
Tại sao bạn muốn triển khai một trình hiển thị khác? Nó là một bài tập CG? Hoặc, loại tính năng nào bạn nghĩ là/đang thiếu trong các chương trình hiện có (PyMOL, Chimera, Jmol, ...)? Bạn có thể hỏi trong danh sách gửi thư tương ứng cho các tính năng bị thiếu không? – HongboZhu