bộ dữ liệu tài liệu với roxygen2

Question

Tôi đang cố gắng ghi lại một số bộ dữ liệu trong một gói R bằng cách sử dụng roxygen2. Xét chỉ là một trong những:

• Tôi có mypkg/data/CpG.human.GRCh37.RDa
• trong đó có một đối tượng gọi CpG.human.GRCh37

• và một tập tin gọi là: mypkg/R/cpg-data.R, trong đó có:

  #' @name CpG.human.GRCh37 
  #' @title CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19 
  #' @description This data set list the genomic locations of human CpG islands, 
  #' with coordinates based on the GRCh37/hg19 genome build. 
  #' @docType data 
  #' @usage CpG.human.GRCh37 
  #' @format a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island. 
  #' @source UCSC Table Browser 
  #' @author Mark Cowley, 2012-03-05 
  #' @export 
  NULL 
  

Khi tôi roxygenize, mục này được tạo mypkg/man/CpG.human.GRCh37.Rd, có chứa:

\docType{data} 
    \name{CpG.human.GRCh37} 
    \alias{CpG.human.GRCh37} 
    \title{CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19} 
    \format{a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island.} 
    \source{ 
     UCSC Table Browser 
    } 
    \description{ 
     This data set list the genomic locations of human CpG 
     islands, with coordinates based on the GRCh37/hg19 
     genome build. 
    } 
    \author{ 
     Mark Cowley, 2012-03-05 
    } 
    \usage{CpG.human.GRCh37} 
    \keyword{datasets} 

và export(CpG.human.GRCh37) được thêm tệp NAMESPACE.

nhưng khi tôi R CMD CHECK tôi nhận được:

... 
** testing if installed package can be loaded 
Error in namespaceExport(ns, exports) : 
    undefined exports: CpG.human.GRCh37 
Error: loading failed 
... 

Nowhere có tôi nói với R nơi để tìm thấy dữ liệu này, mặc dù tôi sẽ giả định rằng mypkg/data/<name>.RDa sẽ là một đoán đầu tiên tốt. Bất kỳ gợi ý nào cũng sẽ tuyệt vời.

Nếu Hadley đang xem, tôi nhận thấy rằng phần \ usage không được tạo và chỉ thị @usage bị bỏ qua.

Tôi đang sử dụng roxygen-2.2.2, vào R 2.13.1

Answer 1

này đòi hỏi 2 sửa:

1. Như đã giải thích trong Writing R extensions 1.1.5, Data in packages, lưu các đối tượng như .rda thay của .RDa
2. remove @export từ Roxygen