Tôi có biểu đồ mà tôi đã tạo bằng igraph. Tôi muốn trải ra các nút. Cách duy nhất tôi đã tìm thấy cho đến nay để làm điều này là để quy mô bố trí và buộc các lệnh cốt truyện để không rescale.tăng khoảng cách giữa các nút igraph
png("kmeansColouredNetwork.png", width=1200,height = 1000)
col=c("yellow", "saddlebrown", "brown1","chartreuse2", "chocolate1","darkorange" ,"deepskyblue1", "hotpink1","plum2")
for(i in 1:9){
V(graph)$cluster[which(V(graph)$name %in% kmeans[,i])]<-col[i]
}
V(graph)$color=V(graph)$cluster
coords <- layout.fruchterman.reingold(graph)*0.5
plot(graph, layout = coords, vertex.label=NA, rescale=FALSE, vertex.size=degree(graph)*.25,vertex.color=V(graph)$cluster)
labels = paste("cluster:", 1:length(colours))
legend("left",legend=labels, col=col, pch=16, title="K means clustered subgroups")
dev.off()
Nếu tôi không rescale, các nút kết nối cao trung lại với nhau và tôi nhận được một đồ thị như thế này, nơi các mô hình trong cơ thể của đồ thị là không thể phân biệt: 
On Mặt khác, nếu tôi yêu cầu lệnh cốt truyện không được giải cứu, thì tôi nhận được điều này: 
nơi các mẫu này rõ ràng, nhưng một nửa đồ thị bị loại bỏ. Nó không phải là vấn đề kích thước cốt truyện như thể tôi tăng kích thước của png, nó vẫn tập trung đồ thị ra khỏi cạnh của cốt truyện.
Nó không phải là vấn đề của bố trí - Tôi đã thử fruchterman.reingold, layout_nicely, reingold.tilford, layout.circle, bố cục ngẫu nhiên, điều tương tự cũng xảy ra.
Dường như đã từng là biến để đặt yếu tố đẩy giữa các nút, nhưng dường như không được chấp nhận.
Làm cách nào để trải rộng các nút của biểu đồ ra hoặc rescale và recenter cốt truyện?
Tôi đã gặp sự cố tương tự với igraph. Tôi đã làm việc xung quanh nó bằng cách làm cho tất cả các đỉnh, cạnh và đầu mũi tên tương đối nhỏ hơn, lưu biểu đồ dưới dạng pdf và phóng to trên khu vực mà tôi quan tâm. Bạn cũng có thể sử dụng các màu mờ cho các nút (ví dụ: 'vertex.color =" # 0000FF25 "'), giúp xem qua phần thừa. Tôi hy vọng có một giải pháp sạch hơn mặc dù! –
Có thể trùng lặp của [igraph axes xlim ylim plot không chính xác] (http://stackoverflow.com/questions/11272349/igraph-axes-xlim-ylim-plot-incorrectly) – Phiter