Đọc một tập tin .vtk với python

Question

Tôi đã được cung cấp một tệp vtk định dạng cũ (tôi nghĩ rằng nó là một lưới không có cấu trúc) và tôi muốn đọc nó bằng python và xuất ra tệp .npy thay vì tôi biết làm thế nào để đối phó với điều đó.

Tệp là một bãi chứa từ ATHENA và do đó có mật độ, vận tốc, từ trường cùng với các tọa độ.

Tôi là một lập trình viên thủ tục, vì vậy tất cả các đối tượng này đều khó hiểu ...

Answer 1

Bạn đã thử sử dụng paraview chưa? (http://www.paraview.org/) Nó có thể cung cấp cho bạn một ý tưởng trực quan về những gì đang xảy ra đằng sau hậu trường và có thể xuất tệp theo một số cách khác nhau. Tôi sẽ đề nghị này như tôi không có một đầu mối những gì dữ liệu của bạn là như thế. http://www.vtk.org/Wiki/VTK/Examples/Python cũng có thể có một ví dụ có thể phù hợp với hóa đơn cho bạn. Cá nhân, tôi có một vở kịch với paraview và đi từ đó.

Answer 2

Dưới đây là một kịch bản mà đọc dữ liệu đa giác thành các mảng NumPy từ một tập tin VTK sử dụng VTK Python SDK:

import sys 

import numpy 
import vtk 

reader = vtk.vtkPolyDataReader() 
reader.SetFileName(sys.argv[1]) 
reader.Update() 

polydata = reader.GetOutput() 

for i in range(polydata.GetNumberOfCells()): 
    pts = polydata.GetCell(i).GetPoints()  
    np_pts = numpy.array([pts.GetPoint(i) for i in range(pts.GetNumberOfPoints())]) 
    print np_pts 

Answer 3

Dưới đây là giải pháp mà tôi đã đưa ra, lừa được bật ReadAllVectorsOn().

import numpy 
from vtk import vtkStructuredPointsReader 
from vtk.util import numpy_support as VN 

reader = vtkStructuredPointsReader() 
reader.SetFileName(filename) 
reader.ReadAllVectorsOn() 
reader.ReadAllScalarsOn() 
reader.Update() 

data = reader.GetOutput() 

dim = data.GetDimensions() 
vec = list(dim) 
vec = [i-1 for i in dim] 
vec.append(3) 

u = VN.vtk_to_numpy(data.GetCellData().GetArray('velocity')) 
b = VN.vtk_to_numpy(data.GetCellData().GetArray('cell_centered_B')) 

u = u.reshape(vec,order='F') 
b = b.reshape(vec,order='F') 

x = zeros(data.GetNumberOfPoints()) 
y = zeros(data.GetNumberOfPoints()) 
z = zeros(data.GetNumberOfPoints()) 

for i in range(data.GetNumberOfPoints()): 
     x[i],y[i],z[i] = data.GetPoint(i) 

x = x.reshape(dim,order='F') 
y = y.reshape(dim,order='F') 
z = z.reshape(dim,order='F') 

Answer 4

Nó nên được đề cập rằng trong phiên bản mới nhất của nó, là dự án yt http://yt-project.org/ bao gồm hỗ trợ cho ATHENA, có nghĩa là bằng mọi cách này là cách để phân tích các dữ liệu mô phỏng sử dụng python.

Answer 5

meshio (một dự án của tôi) biết định dạng VTK, vì vậy bạn có thể chỉ đơn giản là

pip install meshio 

và sau đó

import meshio 
points, cells, point_data, cell_data, field_data = meshio.read('file.vtk')