2017-06-21 19 views
7

Tôi đang cố gắng cài đặt lại gói mà trước đây tôi có thể cài đặt và sử dụng. Tôi đã xây dựng một gói của riêng mình sau khi máy tính của tôi bất ngờ khởi động lại và sau đó tôi bắt đầu gặp vấn đề khi tải gói rpgraph. Vì vậy, tôi quyết định gỡ bỏ cài đặt nó và cài đặt lại nó. Khi tôi đã làm như vậy tôi đã nhận lỗi sau:cài đặt gói phụ thuộc rjava Phân đoạn lỗi (lõi bị đổ)

library(devtools) 

library(rJava) 
install_github("Albluca/rpgraph") 


Downloading GitHub repo Albluca/[email protected] 
from URL https://api.github.com/repos/Albluca/rpgraph/zipball/master 
Installing rpgraph 
Running command /usr/lib/R/bin/R 
Arguments: 
CMD 
INSTALL 
/tmp/Rtmp5OrtLL/devtools505a703b3ccd/Albluca-rpgraph-de04f96 
--library=/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4 
--install-tests 

installing source package ‘rpgraph’ ... 
** R 
** data 
*** moving datasets to lazyload DB 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** installing vignettes 
** testing if installed package can be loaded 
Segmentation fault (core dumped) 
ERROR: loading failed 
removing ‘/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rpgraph’ 
Installation failed: run(bin, args = real_cmdargs,   stdout_line_callback = real_callback(stdout), stderr_line_callback =  real_callback(stderr), stdout_callback = real_block_callback,  stderr_callback = real_block_callback, echo_cmd = echo, echo = show,  spinner = spinner, error_on_status = fail_on_status, timeout = timeout) :  System command error` 

tôi đã cố gắng cài đặt lại Java và cran từ zero nhưng bằng cách nào đó có cái gì đó vẫn còn trong hệ thống của tôi mà tránh được gói được cài đặt. Ngoài ra, vì lỗi không phải là rất nhiều thông tin, tôi không có ý tưởng về cách thu hẹp nơi mà vấn đề là.

Cảm ơn bạn đã trợ giúp bạn có thể cung cấp.

+0

Tất cả những gì tôi có thể tư vấn ở đây là chơi với JDK, rJava và R để có mọi thứ tại chỗ. Nếu tôi sử dụng cái này: http://www.owsiak.org/?p=3671 và cài đặt như mô tả ở đây: https://github.com/Albluca/rpgraph nó hoạt động như mong đợi. – mko

+1

@gonzalipto, tôi đang gặp phải sự cố tương tự sau khi nâng cấp bản phân phối Ubuntu của mình. Tôi đã có một snapshop trước đó của máy ảo của tôi, và tôi đã quản lý để tái tạo vấn đề. Bạn có thể cho tôi biết nếu bạn đang chạy điều này trong Linux? Nếu vậy, đó là phiên bản hạt nhân hiện tại của bạn? – asuka

+0

Xem [câu hỏi liên quan] (https://stackoverflow.com/questions/44684612/rmongo-installation-fails-with-segmentation-fault-in-ubuntu), gợi ý rằng nó có thể liên quan đến hạt nhân Linux đã cài đặt – daroczig

Trả lời

1

Điều này có vẻ là một lỗi trong các phiên bản hạt nhân gần đây, cùng một vấn đề xảy ra với các thư viện R khác có liên quan đến Java và phần mềm khác.

Xem https://lists.ubuntu.com/archives/ubuntu-devel-discuss/2017-June/017507.htmlhttps://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/linux/+bug/1698919.

workaround này hiện các trick cho tôi:

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k -Xmx2g" 
+0

Liên kết tốt hơn: https://github.com/s-u/rJava/issues/110 –

+1

Tôi gặp phải sự cố tương tự khi cài đặt các thư viện sau: vanneuler và wordnet (cả hai tùy thuộc vào rjava). Tôi đã giải quyết với giải pháp được đề xuất, cảm ơn bạn đã chia sẻ. – rlar

3

tôi có kinh nghiệm cùng một vấn đề khi cài đặt các thư viện vanneulerwordnet và giải quyết vấn đề này bằng cách sử dụng giải pháp của Kenneth đề xuất. Trong trường hợp của tôi tùy chọn -Xss2560k là đủ để giải quyết:

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k"

Bên cạnh đó: thay vì chạy lệnh xuất khẩu từ nhà ga tùy chọn java có thể cài đặt trực tiếp từ phiên R với lệnh sau đây:

options(java.parameters = "-Xss2560k")

Các vấn đề liên quan