Làm thế nào để cài đặt đồ thị-công cụ cho Anaconda Python 3.5 trên linux-64?

Question

Tôi đang cố gắng cài đặt công cụ đồ họa cho Anaconda Python 3.5 trên Ubuntu 14.04 (x64), nhưng hóa ra đó là một mẹo thực sự.

tôi đã cố gắng this approach, nhưng chạy vào các vấn đề:

The following specifications were found to be in conflict: 
    - graph-tool 
Use "conda info <package>" to see the dependencies for each package. 

Đào thông qua sự phụ thuộc dẫn đến một ngõ cụt tại gobject-mẫn

 

Vì vậy, tôi cố gắng tiếp cận khác:

Được cài đặt tăng cường với conda, sau đó cố gắng ./configure, tạo và cài đặt công cụ đồ thị ... có một cơn xa như ./configure:

=========================== 
Using python version: 3.5.2 
=========================== 
checking for boostlib >= 1.54.0... yes 
checking whether the Boost::Python library is available... yes 
checking whether boost_python is the correct library... no 
checking whether boost_python-py27 is the correct library... no 
checking whether boost_python-py27 is the correct library... (cached) no 
checking whether boost_python-py27 is the correct library... (cached) no 
checking whether boost_python-py35 is the correct library... yes 
checking whether the Boost::IOStreams library is available... yes 
configure: error: Could not link against boost_python-py35 ! 

Tôi biết đây là một cái gì đó về biến môi trường cho các lệnh ./configure và conda cài đặt libboost đến chỗ lạ Anaconda, tôi chỉ không biết phải làm gì, và tôi Google-fu đang làm tôi thất bại. Vì vậy, đây là một kết thúc chết.

Có ai đã từng cài đặt công cụ đồ thị gần đây trong linux-64 không? Đó là một VM tươi chạy trong VMWare Workstation 10.0.7

Answer 1

Đối với những người gặp vấn đề tương tự, hãy thử thay đổi thứ tự của các kênh truyền hình conda đầu tiên với:

$ conda cấu hình --add kênh ostrokach

$ conda cấu hình --add kênh mặc định

$ conda cấu hình kênh --add conda-giả mạo

sau đó:

$ conda cài đặt đồ thị-công cụ

Answer 2

Cài đặt đồ thị-công cụ 2,26 cho Anaconda Python 3.5, Ubuntu 14.04.

Lưu ý: khi tôi viết điều này, bản cài đặt kênh ostrokach của công cụ đồ thị chỉ ở phiên bản 2.18.

Đây là tệp docker tôi sử dụng để cài đặt công cụ đồ thị 2.26. Có khả năng một cách sạch hơn, nhưng cho đến nay đây là điều duy nhất tôi đã xoay sở để cùng nhau thực sự hoạt động. LƯU Ý: Nếu bạn không quen với các tệp docker và bạn chỉ muốn thực hiện cài đặt từ thiết bị đầu cuối, hãy bỏ qua dòng đầu tiên (bắt đầu bằng FROM), bỏ qua mọi lần xuất hiện của từ RUN và những gì bạn ' trái với là một loạt các lệnh để thực hiện trong một thiết bị đầu cuối.

FROM [your 14.04 base image] 

RUN conda upgrade -y conda 
RUN conda upgrade -y matplotlib 

RUN \ 
add-apt-repository -y ppa:ubuntu-toolchain-r/test && \ 
apt-get update -y && \ 
apt-get install -y gcc-5 g++-5 && \ 
update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-5 60 --slave /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-5 

RUN wget https://github.com/CGAL/cgal/archive/releases/CGAL-4.10.2.tar.gz && \ 
tar xzf CGAL-4.10.2.tar.gz && \ 
cd cgal-releases-CGAL-4.10.2/ && \ 
cmake . && \ 
make && \ 
make install 

RUN cd /tmp && \ 
# note: master branch of repo appears relatively stable, has not been updated since 2016 
git clone https://github.com/sparsehash/sparsehash.git && \ 
cd sparsehash && \ 
./configure && \ 
make && \ 
make install 

RUN apt-get update 
RUN apt-get install -y build-essential g++ python-dev autotools-dev libicu-dev build-essential libbz2-dev libboost-all-dev 
RUN apt-get install -y autogen autoconf libtool shtool 

# install boost 
RUN cd /tmp && \ 
wget https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.66.0/source/boost_1_66_0.tar.gz && \ 
tar xzvf boost_1_66_0.tar.gz && \ 
cd boost_1_66_0 && \ 
sudo ./bootstrap.sh --prefix=/usr/local && \ 
sudo ./b2 && \ 
sudo ./b2 install 

# install newer cairo 
RUN cd /tmp && \ 
wget https://cairographics.org/releases/cairo-1.14.12.tar.xz && \ 
tar xf cairo-1.14.12.tar.xz && \ 
cd cairo-1.14.12 && \ 
./configure && \ 
make && \ 
sudo make install 

RUN cd /tmp && \ 
wget https://download.gnome.org/sources/libsigc++/2.99/libsigc++-2.99.10.tar.xz && \ 
tar xf libsigc++-2.99.10.tar.xz && \ 
cd libsigc++-2.99.10 && \ 
./configure && \ 
make && \ 
sudo make install && \ 
sudo cp ./sigc++config.h /usr/local/include/sigc++-3.0/sigc++config.h 

RUN cd /tmp && \ 
wget https://www.cairographics.org/releases/cairomm-1.15.5.tar.gz && \ 
tar xf cairomm-1.15.5.tar.gz && \ 
cd cairomm-1.15.5 && \ 
./configure && \ 
make && \ 
sudo make install && \ 
sudo cp ./cairommconfig.h /usr/local/include/cairomm-1.16/cairomm/cairommconfig.h 

RUN conda install -y -c conda-forge boost pycairo 
RUN conda install -y -c numba numba=0.36.2 

RUN conda install -y -c libboost py-boost && \ 
conda update -y cffi dbus expat pycairo pandas scipy numpy harfbuzz setuptools boost 

RUN apt-get install -y apt-file dbus libdbus-1-dev && \ 
apt-file update 

RUN apt-get install -y graphviz 
RUN conda install -y -c conda-forge python-graphviz 

RUN sudo apt-get install -y valgrind 

RUN apt-get install -y libcgal-dev libcairomm-1.0 libcairomm-1.0-dev libcairo2-dev python-cairo-dev 

RUN conda install -y -c conda-forge pygobject 
RUN conda install -y -c ostrokach gtk 

RUN cd /tmp && \ 
wget https://git.skewed.de/count0/graph-tool/repository/release-2.26/archive.tar.bz2 && \ 
bunzip2 archive.tar.bz2 && \ 
tar -xf archive.tar && \ 
cd graph-tool-release-2.26-b89e6b4e8c5dba675997d6f245b301292a5f3c59 && \ 
# Fix problematic parts of the graph-tool configure.ac file 
sed -i 's/PKG_INSTALLDIR/#PKG_INSTALLDIR/' ./configure.ac && \ 
sed -i 's/AM_PATH_PYTHON(\[2\.7\])/AM_PATH_PYTHON(\[3\.5\])/' ./configure.ac && \ 
sed -i 's/\${PYTHON}/\/usr\/local\/anaconda3\/bin\/python/' ./configure.ac && \ 
sed -i '$a ACLOCAL_AMFLAGS = -I m4' ./Makefile.am && \ 
sudo ./autogen.sh && \ 
sudo ./configure CPPFLAGS="-I/usr/local/include -I/usr/local/anaconda3/pkgs/pycairo-1.15.4-py35h1b9232e_1/include -I/usr/local/include/cairo -I/usr/local/include/sigc++-3.0 -I/usr/include/freetype2" \ 
    LDFLAGS="-L/usr/local/include -L/usr/local/lib/cairo -L/usr/local/include/sigc++-3.0 -L/usr/include/freetype2" \ 
    PYTHON="/usr/local/anaconda3/bin/python" \ 
    PYTHON_VERSION=3.5 \ 
sudo make && \ 
sudo make install 

Cảnh báo: make Công cụ đồ thị có thể mất vài giờ và yêu cầu> 7 GB ram.