2010-09-16 41 views
10

Tôi đã bắt đầu cố gắng sử dụng Statet và Texlipse để tạo ra các báo cáo SWEAVE. Khi bắt đầu R console trong StatET plug-in cho Eclipse (OS X 10.6.4), tôi nhận được thông báo:Làm thế nào để cài đặt 'rj' trong plugin StatET cho Eclipse?

[INFO] The R package 'rj' is not available, R-StatET tools cannot be initialized. 

Thông tin về http://www.walware.de/goto/statet trạng thái:

"Gói chỉ hoạt động trong các mặc định R Console (RJ) trong Statet. Do đó bạn phải cài đặt và cập nhật nó bằng dòng lệnh ":

R CMD INSTALL --no-test-load rj_*.tar.gz 

Điều này có ý nghĩa gì?

Trong Eclipse dưới "Cài đặt phần mềm mới" và trang web

WalWare - http://download.walware.de/eclipse-3.6 

nó khẳng định rằng

RJ Core Library 0.5.0.b201008271600sw 

đã được cài đặt.

Bất kỳ hướng dẫn hữu ích nào được biết ơn.

Trả lời

3

Có vẻ như bạn cần phải cài đặt các thư viện RJ mà có thể được tải về từ trang web StatET đây: http://download.walware.de/rj/rj_0.5.0-5.tar.gz (nhiều phiên bản gần đây của RJ thể được tìm thấy tại http://www.walware.de/it/downloads/rj.mframe)

Nếu bạn lưu tập tin đó trên desktop của bạn, sau đó bạn có thể tải nó vào R bằng lệnh họ đã cung cấp R CMD INSTALL --no-test-load rj_*.tar.gz sau khi điều hướng đến màn hình nền của bạn hoặc bất cứ nơi nào bạn đã lưu tệp thư viện. Ngoài ra, bạn CÓ THỂ có thể sử dụng giao diện GUI và chọn Install packages from local ZIP files dưới Packages trong R, mặc dù tôi chưa sử dụng R trên máy Mac để bố cục có thể hơi khác.

+0

Cảm ơn. Nhận xét của bạn đã cho tôi một cú huých đi đúng hướng. Tôi đã được ngu ngốc, lệnh chỉ đơn giản là chạy trong Terminal R CMD INSTALL --no-test-load rj _ *. Tar.gz * cài đặt vào thư viện '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library' * cài đặt * nguồn * gói 'rj' ... ** R ** inst ** chuẩn bị gói để tải lười ** help Không tìm thấy trang người đàn ông nào trong gói 'rj' *** chỉ mục trợ giúp cài đặt ** chỉ mục gói xây dựng ... * DONE (rj) – user441706

+0

@ user441706 - vui vì bạn đã đi đúng hướng, tôi nên đã đề cập rằng lệnh cần được chạy từ cửa sổ đầu cuối trên máy Mac hoặc trong Linux hoặc từ dấu nhắc DOS trên máy Windows. Chúc may mắn! – Chase

+0

OK - tất cả đều hoạt động và tôi 'SWEAVEd' tài liệu đầu tiên của tôi trong Eclipse! Người ta nghĩ rằng không hoàn toàn đi vào kế hoạch là đọc một tệp csv:> df <-read.csv (tệp.choose(), header = T) Lỗi trong tệp.choose(): lựa chọn tệp bị hủy nhưng nếu tôi chuyển tệp vào không gian làm việc thì: df <-read.csv ("/ Users/mfar_1/Documents/workspace/MF2/test.csv") Sẽ chọn không hoạt động trong Eclipse? – user441706

0

Tôi muốn đưa ra nhận xét nhưng tôi thiếu danh tiếng cần thiết. Đối với Windows, thủ tục là như nhau. Không có tệp zip. Sử dụng tar.gz. Đã làm cho tôi. Lệnh, hoạt động từ cùng thư mục với tệp đã tải xuống:

$ G: \ R-2.12.0 \ bin \ i386 \ R.exe CMD CÀI ĐẶT - no-test-load rj _ *. Tar.gz

+0

có, bạn có quyền trong đó bạn có thể sử dụng tarball từ dòng lệnh, nhưng tôi không nghĩ rằng R GUI trong Windows nhận ra tarballs khi cài đặt từ một thư mục địa phương? – Chase

6

[rant] Tôi cũng thiếu danh tiếng để đặt câu trả lời của tôi ở nơi nó thuộc về. Và không có nút nào cho thấy điều này. Chỉ cần một màn hình lớn đầy hư không mong muốn nhấp vào. Phát hiện tiêu cực hút. Nó hút trong Eclipse và nó hút ở đây, quá. [/ rant]

Tôi đang tìm rj bực mình trong Ubuntu. Trên hệ thống của tôi, với mỗi bản nâng cấp Ubuntu chính với phiên bản R mới, tôi phải thực hiện lại quy trình này một lần nữa.

Một lần tôi cố gắng sử dụng ký tự dấu ngã (~) trong tên đường dẫn trong một số trường cấu hình Eclipse. Điều này không thành công.

Cấu hình hiện tại của tôi như sau. Trong tệp ~/.Renviron của tôi:

R_LIBS_USER=~/etc/R/amd64/2.11 

Khi rJava hoạt động, có một thư mục rJava tại đây. Chỉ vì vậy tôi không lái xe bản thân mình điên rồ, trong ~/etc/R/README tôi đặt một lưu ý rằng cấu hình R hiện tại của tôi được điều khiển bởi ~ /.Renviron

Bằng cách nào đó tại một thời điểm tôi đã kết thúc với những vấn đề cho phép nơi

R CMD javareconf 

đã thất bại. Một lần trong thất vọng tôi ngu ngốc chạy này dưới sudo để làm việc xung quanh vấn đề này, và kết thúc với các vấn đề cho phép trên các tập tin được tạo ra. Ngốc nghếch! Sửa chữa chính xác là làm cho tất cả các tệp trong /etc/R có thể đọc được trên thế giới. Có lẽ javareconf chỉ quan trọng nếu bạn lộn xộn với Java mặc định của bạn. Trước đây, tôi đã chạy JRE của Sun. Kể từ 10.10 tôi đang chạy icedtea6 và nó có vẻ là làm việc OK. Một lần nó chỉ là thứ để làm cho cấu hình của tôi hoạt động trở lại.

Khi tôi có quyền Java ràng buộc, từ dòng lệnh R:

install.packages("rJava") 

Tôi đã có vấn đề cho phép tập tin chạy này trong quá khứ. Tôi nghĩ rằng nó đã được cố định bằng cách làm cho tất cả các tệp trong /etc/R có thể đọc được trên thế giới.

Sau đây là một chẩn đoán hữu ích để xem nếu điều này làm việc, từ bên trong bất kỳ R console:

> system.file("jri",package="rJava") 
[1] "/home/allan/etc/R/amd64/2.11/rJava/jri" 

Nếu nó không nhìn ngay dưới Eclipse, đó cũng là một số khởi động gỡ lỗi sẵn, mặc dù phải mất mãi mãi trước khi tôi nhận thấy điều này trong các tài liệu tại Statet.

Tôi đã tạo cấu hình chạy R Console cho R 2.11 debug Trong tab JRE, thêm -Dde.walware.rj.verbose=true. Trong tab Chung, nhấp vào Allocate additional Error Log Consoles.

Các tùy chọn cấu hình chính như sau. Tab chính, Launch Type: RJ. R_Config tab, bạn cần phải chọn một cài đặt cấu hình R, hoặc tạo/chỉnh sửa một nếu bạn không có một mà làm việc. Tôi là Name=R, Location=/usr/lib64/R Trong tab Môi trường, tôi có R_LIBS_USER=/home/USER/etc/R/amd64/2.11 theo cách tôi thiết lập mọi thứ ở trên. Không sử dụng ký tự dấu ngã (~) ở đây!

Nếu bạn kết thúc việc mucking về vấn đề này nhiều như tôi đã làm, bạn sẽ giết chết rất nhiều bàn giao tiếp đã chết. Trong tab chính, tôi đã thêm tùy chọn chương trình --no-save. Tôi không nghĩ rằng điều này làm bất cứ điều gì, vì tôi không thể kết thúc giao diện điều khiển của tôi bằng cách nhấn CTRL-D. Trong tab R_Console, tôi đã thêm đoạn R sau:

q <- function(save = "no", status = 0, runLast = TRUE){ 
.Internal(quit(save, status, runLast)) 
#<environment: namespace:base> 
} 

này được thoát khỏi những phiền toái "tiết kiệm không gian làm việc" nhắc khi giết chết một R console với hình vuông màu đỏ (là tượng trưng?) Không gian làm việc hiện tại của tôi cũng bao gồm một dự án C, vì vậy bàn điều khiển R của tôi liên tục xuất hiện bên dưới một bảng điều khiển C-Build trống. Gây phiền nhiễu như tất cả các địa ngục! Chưa giải quyết được điều đó, nhưng tôi đã phát hiện ra rằng từ bên trong một cửa sổ mã Statet, việc nhấn phím CTRL-R C kéo bảng điều khiển R lên đầu.

Với cấu hình R 2.11 debug Tôi có thêm một bảng điều khiển có tiêu đề /usr/lib/jvm/java-6-openjdk/bin/java. Bạn sẽ phải bỏ qua bảng điều khiển thả xuống để tìm nó. Sau đây là một đoạn thích hợp của một khởi thành công: spoo

CONFIG: JR library path: 
    /home/allan/etc/R/amd64/2.11 
    /usr/local/lib64/R/site-library 
    /usr/lib64/R/library 
10-Dec-2010 7:56:47 AM org.rosuda.rj.JRClassLoader addClassPath 
FINE: Added '/home/allan/etc/R/amd64/2.11/rJava/java' to classpath of URL loader 

Rất nhiều hơn, sau đó cuối cùng:

10-Dec-2010 7:56:48 AM de.walware.rj.server.jriImpl.RosudaJRIServer start 
INFO: R engine started successfully. New Client-State: 'Connected'. 

vẻ tốt, phải không?Nhưng lo và nhìn trong bảng điều khiển R:

[INFO] The R package 'rj' is not available, R-StatET tools cannot be initialized. 

Bỏ qua tên khốn! Hóa ra rj của tôi đang hoạt động tốt. Không biết tại sao thông báo lỗi này vẫn tồn tại.

Mỗi lần xung quanh khối với vấn đề này, một số mảnh sỏi tuyệt vời mới kết thúc trong sneaker của tôi.

Tôi không biết liệu tôi có bao trả mọi thứ hay không, nhưng tôi đã viết đủ cho bây giờ. Có lẽ nếu có ý kiến ​​tôi sẽ trở lại và điền vào chỗ trống.

Lưu ý: tìm thấy một plugin Eclipse cho giao diện điều khiển chuyển mạch bằng bàn phím ở đây: Eclipse: Keyboard shortcut for switching between consoles?

+0

Sự khác nhau giữa rJava và rj là gì? – Stefan

1

Ở đây khá giống tôi đã và giải pháp tôi tìm thấy.

tôi ban đầu cài đặt Statet sử dụng được xây dựng trong công cụ Eclipse "Cài đặt phần mềm mới ...."

tôi có vẻ như nó tải Statet + rj và rằng quá trình cài đặt diễn ra tốt đẹp.

Sau lần cài đặt đầu tiên này, tôi đã cố gắng cài đặt lại cả hai gói. Eclipse từ chối đọc rằng chúng đã được cài đặt. Và, cả hai gói/chương trình đều được liệt kê trong cửa sổ Eclipse.

Tuy nhiên, bảng điều khiển R vẫn từ chối khởi chạy, hộp thoại đọc rằng tôi phải kiểm tra xem rj có khả dụng hay không và đường dẫn tệp đã chính xác chưa. Một điều kỳ lạ nữa là cửa sổ thám hiểm đã không thể định vị được rj trên đĩa của tôi.

???

Để giải quyết toàn bộ vấn đề của mình, tôi chỉ cần tải xuống rj từ http://www.walware.de/ và cài đặt gói này qua bảng điều khiển r và sử dụng lệnh install.packages() cơ bản.

Nó hiện hoạt động hoàn hảo.

Nhưng, tôi vẫn không hiểu tất cả mọi thứ ..... :-)

3

Sau khi cài đặt rj với trong R console sử dụng

install.packages(c("rj", "rj.gd"), repos="http://download.walware.de/rj-1.1") 

(Xem http://www.walware.de/?page=/it/statet/troubleshooting.mframe cho phiên bản rj đúng) ,

đừng quên cập nhật biến R_LIBS trong Eclipse (Windows -> Tuỳ chọn -> StatET -> Chạy/Gỡ lỗi -> Môi trường R -> Chỉnh sửa). Để tìm hiểu giá trị chỉ cần nhập trong bảng điều khiển R:

packageDescription("rj"). 

Trong cửa sổ 8, cài đặt này trả về C:/Users/Fibonacci.PYTHAGORAS/Documents/R/win-library/3.0/rj/Meta/package.rds. Giá trị của R_LIBS tôi được đặt thành

C:/Users/Fibonacci.PYTHAGORAS/Documents/R/win-library/3.0 

là đường dẫn nơi tất cả các thư viện được cài đặt.

Như đã nêu trong http://www.walware.de/?page=/it/statet/troubleshooting.mframe phiên bản mới hơn (Phiên bản> 0.5.5) không cần lệnh R CMD INSTALL etc....

+0

hoạt động hoàn hảo, cảm ơn! –

+0

Với RJ 2.1 và Java 9.01, tôi nhận được một ClassNotFoundException. Đồng thời xem https://stackoverflow.com/questions/48096198/classnotfoundexception-for-statet-eclipse-plugin-rj-compatibility-issue-with – Stefan

Các vấn đề liên quan