Python sqlalchemy: bảng không có khóa chính và giá trị trùng lặp?

Question

Tôi đang sử dụng cơ sở dữ liệu hiện có được thực hiện bởi một bên thứ ba với sqlalchemy. Tuy nhiên, tôi gặp rắc rối vì các bảng không có các khóa primar, và những gì tệ hơn, chúng có các phần tử trùng lặp cho mỗi hàng, vì vậy tôi không thể chọn một cột hiện có làm khóa chính. Các bảng có hai cột: cả hai đều có giá trị không phải là duy nhất.

Tôi cố gắng để con khỉ-vá bảng như mỗi http://www.blog.pythonlibrary.org/2010/09/10/sqlalchemy-connecting-to-pre-existing-databases/ nhưng dường như điều này không làm việc (xem dưới đây)

mã hiện tại của tôi là (MirnaTable là lớp ánh xạ của tôi, về cơ bản chỉ là một bộ xương với không có gì khác)

connection = create_engine("sqlite:///targets.sqlite") 
metadata = MetaData(bind=connection) 
db_table = Table("miranda", metadata, 
       Column("id", Integer, primary_key=True), 
       autoload=True) 
mapper(MirnaTable, db_table) 
Session = sessionmaker(connection) 
session = Session() 

Sau đó, tôi thử ví dụ ban hành

all_records = session.query(MirnaTable).all() 

Và tôi nhận

sqlalchemy.exc.OperationalError: (OperationalError) no such column: miranda.id 
u'SELECT miranda.gene_id AS miranda_gene_id, miranda."mature_miRNA" AS 
"miranda_mature_miRNA", miranda.id AS miranda_id \nFROM miranda'() 

Vì vậy, tất nhiên không tìm thấy cột id. Bất kỳ ý tưởng về những gì tôi đang làm sai? Cảm ơn trước.

EDIT: Theo yêu cầu, đây là một ví dụ từ bảng (lấy trực tiếp từ sqlite):

gene mature_miRNA 
---- ------------- 
80205 hsa-miR-200c 
80205 hsa-miR-200c 
9693 hsa-miR-200c 
9693 hsa-miR-200c 
9881 hsa-miR-200c 
9710 hsa-miR-200c 
9750 hsa-miR-200c 

Answer 1

Bạn đã hiểu sai bài đăng mà bạn đề cập đến. Bạn phải chọn một cột hiện tại và xác định cột đó là chính. Cũng có thể thiết lập khóa chính kết hợp bằng cách đặt tất cả chúng trong định nghĩa. Trong trường hợp của bạn, tôi nghĩ rằng một gen có một số microRNA trưởng thành, vì vậy khóa chính có thể bao gồm cặp (gene_id, mature_miRNA). Vì không có thêm các trường trong bảng, không cần có cờ autoload=True.

db_table = Table("miranda", metadata, 
       Column("gene_id", Integer, primary_key=True), 
       Column("mature_miRNA", Integer, primary_key=True)) 

Tôi không biết loại trường trong bảng của bạn, vì vậy hãy thay đổi chúng một cách thích hợp nếu chúng không phải là số nguyên.

Answer 2

Hãy chắc chắn rằng cột id tồn tại trước hết và sau đó rằng bạn đã thử cả hai trường hợp trên và dưới .

Nó cũng có thể thiết lập hai khóa chính cho bảng:

Column("id", Integer, primary_key=True), 
Column("secondColumn", Integer, primary_key=True) 

Tuy nhiên điều này có thể gây ra bản cập nhật bất thường nếu có hàng khác phù hợp với dòng này chính xác. Bạn có thể tái tạo bảng tốt nhất và chèn cột PK của riêng bạn

Answer 3

Thay đổi Column id để rowid cho cơ sở dữ liệu SQLite

gốc:

db_table = Table("miranda", metadata, 
       Column("id", Integer, primary_key=True), 
       autoload=True) 

sửa đổi:

db_table = Table("miranda", metadata, 
       Column("rowid", Integer, primary_key=True), 
       autoload=True)