làm thế nào để ngăn chặn cảnh báo khi vẽ bằng ggplot

Question

Khi truyền các giá trị bị thiếu cho ggplot, nó rất tốt và cảnh báo chúng ta rằng chúng có mặt. Điều này có thể chấp nhận được trong một phiên tương tác, nhưng khi viết báo cáo, bạn không có đầu ra lộn xộn với các cảnh báo, đặc biệt là nếu có nhiều báo cáo. Ví dụ dưới đây có một nhãn bị thiếu, trong đó tạo ra một cảnh báo.

library(ggplot2) 
library(reshape2) 
mydf <- data.frame(
    species = sample(c("A", "B"), 100, replace = TRUE), 
    lvl = factor(sample(1:3, 100, replace = TRUE)) 
) 
labs <- melt(with(mydf, table(species, lvl))) 
names(labs) <- c("species", "lvl", "value") 
labs[3, "value"] <- NA 
ggplot(mydf, aes(x = species)) + 
    stat_bin() + 
    geom_text(data = labs, aes(x = species, y = value, label = value, vjust = -0.5)) + 
    facet_wrap(~ lvl) 

Nếu chúng ta quấn suppressWarnings xung quanh biểu hiện cuối cùng, chúng ta có được một bản tóm tắt của bao nhiêu cảnh báo ở đó. Vì lợi ích của lập luận, chúng ta hãy nói rằng điều này là không thể chấp nhận được (nhưng thực sự rất trung thực và chính xác). Làm thế nào để (hoàn toàn) ngăn chặn các cảnh báo khi in một đối tượng ggplot2?

Answer 1

Một nhắm mục tiêu hơn cốt truyện-by- cách tiếp cận cốt truyện sẽ là thêm na.rm=TRUE vào cuộc gọi âm mưu của bạn. Ví dụ:

ggplot(mydf, aes(x = species)) + 
     stat_bin() + 
     geom_text(data = labs, aes(x = species, y = value, 
           label = value, vjust = -0.5), na.rm=TRUE) + 
     facet_wrap(~ lvl) 

Answer 2

Bạn cần phải suppressWarnings() quanh print() cuộc gọi, không phải là sự sáng tạo của đối tượng ggplot():

R> suppressWarnings(print(
+ ggplot(mydf, aes(x = species)) + 
+ stat_bin() + 
+ geom_text(data = labs, aes(x = species, y = value, 
+        label = value, vjust = -0.5)) + 
+ facet_wrap(~ lvl))) 
R> 

Nó có thể được dễ dàng hơn để gán những âm mưu cuối cùng để một đối tượng và sau đó print().

plt <- ggplot(mydf, aes(x = species)) + 
    stat_bin() + 
    geom_text(data = labs, aes(x = species, y = value, 
           label = value, vjust = -0.5)) + 
    facet_wrap(~ lvl) 


R> suppressWarnings(print(plt)) 
R> 

Lý do hành vi là cảnh báo chỉ được tạo khi lô được vẽ thực sự, không phải khi đối tượng biểu diễn cốt truyện được tạo. R sẽ in tự động trong quá trình sử dụng tương tác, vì vậy trong khi

R> suppressWarnings(plt) 
Warning message: 
Removed 1 rows containing missing values (geom_text). 

không hoạt động bởi vì, trên thực tế, bạn đang gọi print(suppressWarnings(plt)), trong khi

R> suppressWarnings(print(plt)) 
R> 

không làm việc vì suppressWarnings() có thể chụp các cảnh báo phát sinh từ việc Gọi print().

Answer 3

Trong câu hỏi của bạn, bạn đề cập đến viết báo cáo, vì vậy nó có thể là tốt hơn để thiết lập mức độ cảnh báo toàn cầu:

options(warn=-1) 

mặc định là:

options(warn=0)