Sự cố với phân tích dữ liệu xuất bản từ PubMed với Entrez

Question

Tôi đang cố gắng sử dụng Entrez để nhập dữ liệu xuất bản vào cơ sở dữ liệu. Phần tìm kiếm hoạt động tốt, nhưng khi tôi cố gắng phân tích:

from Bio import Entrez 

def create_publication(pmid): 

    handle = Entrez.efetch("pubmed", id=pmid, retmode="xml") 
    records = Entrez.parse(handle) 
    item_data = records.next() 
    handle.close() 

... Tôi nhận được lỗi sau:

File "/venv/lib/python2.7/site-packages/Bio/Entrez/Parser.py", line 296, in parse raise ValueError("The XML file does not represent a list. Please use Entrez.read instead of Entrez.parse") ValueError: The XML file does not represent a list. Please use Entrez.read instead of Entrez.parse

Mã này đã từng làm việc cho đến khi cách đây vài ngày. Bất kỳ ý tưởng gì có thể xảy ra ở đây?

Ngoài ra, nhìn vào mã nguồn (http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Entrez-pysrc.html) và cố gắng làm theo tấm gương niêm yết, cung cấp cho các lỗi tương tự:

from Bio import Entrez 
Entrez.email = "Your.Name.Here@example.org" 
handle = Entrez.efetch("pubmed", id="19304878,14630660", retmode="xml")  
records = Entrez.parse(handle) 
for record in records: 
    print(record['MedlineCitation']['Article']['ArticleTitle']) 
handle.close() 

Answer 1

Vấn đề, như tài liệu trong ý kiến ​​khác và GitHub Issue, được gây ra bởi một sự thay đổi có chủ ý của NCBI Entrez Utilities Developers. Như tài liệu trong vấn đề này bằng Jhird, bạn có thể thay đổi mã của bạn như sau:

from Bio import Entrez 
Entrez.email = "Your.Name.Here@example.org" 
handle = Entrez.efetch("pubmed", id="19304878,14630660", retmode="xml") 

records = Entrez.read(handle)  # Difference here 
records = records['PubmedArticle'] # New line here 

for record in records: 
    print(record['MedlineCitation']['Article']['ArticleTitle']) 
handle.close()