2014-11-17 37 views
8

Tôi có một khung dữ liệu 200 cột chứa 150 gen (hàng) trong mỗi cột.đếm số lần xuất hiện trong data.frame trong r

Tôi muốn đếm số lần xuất hiện số cho mỗi gen trong khung dữ liệu toàn

mydat <- 

    V1  V2  V3  V4  V5  V6  V7  V8 
1 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 
2 MAML2 MAML2 MAML2  MAML2 MAML2 MAML2  MAML2 MAML2 
3 BMPR2 EIF5A WRAP53 WRAP53 EIF5A EIF5A  EIF5A EIF5A 
4 EIF5A BMPR2 EIF5A  EIF5A ADAMTSL3 BMPR2  WRAP53 BMPR2 
5 EIF5AL1 WRAP53 ADAMTSL3 BMPR2 BMPR2 WRAP53 BMPR2 EIF5AL1 
6 WRAP53 EIF5AL1 BMPR2  ADAMTSL3 WRAP53 EIF5AL1 EIF5AL1 WRAP53 
7 TBC1D5 ADAMTSL3 EIF5AL1 EIF5AL1 EIF5AL1 ADAMTSL3 ADAMTSL3 C1QTNF7 
8 ADAMTSL3 C1QTNF7 C1QTNF7 C1QTNF7 FHL1  YAP1  AURKB ADAMTSL3 
9 C1QTNF7 FHL1  RGS7BP LIFR  C1QTNF7 TMEM43 C1QTNF7 LIFR 
10 AURKB RGS5  AURKB  FAM198B AURKB C1QTNF7 PSMB6 PDGFD 

Vì vậy, tôi muốn đầu ra được một cái gì đó như thế này:

occurences 
TGFBR2: 8 
MALM2 : 8 
FHL1: 3 

vv Nhưng tôi muốn đếm mọi gen trong khung dữ liệu.

Làm cách nào để thực hiện việc này?

+0

quấn mã gợi ý bởi @CathG và @Sven bởi 'as.data.frame (...)', bạn sẽ nhận được một khung dữ liệu đẹp. – KFB

Trả lời

14

thử

occurences<-table(unlist(mydat)) 

(tôi được giao kết quả, do đó bạn không nhận được một màn hình đầy đủ của tên gen và do đó điều xảy ra của mỗi gen có thể được truy cập bởi occurences["genename"])

6
table(unlist(mydat)) 

sẽ thực hiện thủ thuật.

ADAMTSL3 AURKB BMPR2 C1QTNF7 EIF5A EIF5AL1 MAML2 TBC1D5 
     8  4  8  8  8  8  8  1 
    TGFBR2 WRAP53  FHL1  RGS5 RGS7BP FAM198B  LIFR TMEM43 
     8  8  2  1  1  1  2  1 
    YAP1 PSMB6 PDGFD 
     1  1  1 
+0

@kimmie Đó là loại kỳ lạ. Bạn có hai câu trả lời sử dụng cùng một mã, nhưng bạn đã chấp nhận một câu trả lời cho đôi khi và sau đó thay đổi thành một câu trả lời khác. Thật không may, những người được đăng đầu tiên không rõ ràng ở đây ... – akrun

+1

Câu trả lời của CathG đã giải thích bằng văn bản, và do đó là cấp trên. –

Các vấn đề liên quan