tạo biểu đồ cộng đồng trong igraph

Question

Tôi đã tìm kiếm câu trả lời cho câu hỏi này nhưng không thể tìm thấy bất kỳ đề cập nào, vì vậy tôi quyết định đăng ở đây. Tôi đang cố gắng xem liệu igraph hay bất kỳ gói nào cung cấp một cách đơn giản để tạo ra một "đồ thị cộng đồng" trong đó mỗi nút đại diện cho một cộng đồng trong mạng và các mối quan hệ đại diện cho mối quan hệ giữa các cộng đồng. Tôi có thể làm cho thuật toán phát hiện cộng đồng hoạt động tốt trong igraph, nhưng tôi không thể tìm cách thu gọn kết quả để chỉ hiển thị các kết nối giữa mỗi cộng đồng. Bất kỳ trợ giúp sẽ được đánh giá cao.

Answer 1

Bạn chỉ cần sử dụng chức năng contract.vertices(). Điều này hợp đồng nhóm các đỉnh thành một đỉnh duy nhất, về cơ bản giống như cách bạn muốn. Ví dụ.

library(igraph) 

## create example graph 
g1 <- graph.full(5) 
V(g1)$name <- 1:5  
g2 <- graph.full(5) 
V(g2)$name <- 6:10 
g3 <- graph.ring(5) 
V(g3)$name <- 11:15 
g <- g1 %du% g2 %du% g3 + edge('1', '6') + edge('1', '11') 

## Community structure 
fc <- fastgreedy.community(g) 

## Create community graph, edge weights are the number of edges 
cg <- contract.vertices(g, membership(fc)) 
E(cg)$weight <- 1 
cg2 <- simplify(cg, remove.loops=FALSE) 

## Plot the community graph 
plot(cg2, edge.label=E(cg2)$weight, margin=.5, layout=layout.circle)