không thể tìm thấy chức năng bên trong foreach vòng lặp

Question

Tôi đang cố gắng sử dụng foreach để làm máy tính đa lõi trong R.

A <-function(....) { 
    foreach(i=1:10) %dopar% { 
    B() 
    } 
} 

sau đó tôi gọi hàm A trong giao diện điều khiển. Vấn đề là tôi đang gọi một hàm Posdef bên trong B được xác định trong tệp tập lệnh khác mà tôi nguồn. Tôi phải đặt Posdef vào danh sách đối số xuất của foreach: .export=c("Posdef"). Tuy nhiên, tôi nhận được lỗi sau:

Error in { : task 3 failed - "could not find function "Posdef"" 

Tại sao không thể tìm thấy hàm được xác định này?

Answer 1

Câu trả lời ngắn gọn là rằng đây là một lỗi trong backends song song như doSNOW , doParallel và doMPI, nhưng từ đó đã được sửa.

Câu trả lời hơi dài hơn là foreach chức năng xuất cho người lao động sử dụng môi trường "xuất" đặc biệt, chứ không phải môi trường toàn cầu. Điều đó được sử dụng để gây ra các vấn đề cho các hàm được tạo trong môi trường toàn cục, vì môi trường "xuất" không nằm trong phạm vi của chúng, mặc dù chúng đã được định nghĩa trong cùng một môi trường "xuất". Do đó, họ không thể thấy bất kỳ chức năng hoặc biến nào khác được xác định trong môi trường "xuất", chẳng hạn như "Posdef" trong trường hợp của bạn.

Các doSNOW, doParallel và doMPI các chương trình phụ trợ bây giờ thay đổi môi trường liên quan từ các chức năng được xuất qua ".export" và dường như đã giải quyết được các vấn đề này.

Answer 2

Vì vậy, tôi có thể tái sản xuất này, cho tò mò:

require(doSNOW) 
registerDoSNOW(makeCluster(5, type="SOCK")) 
getDoParWorkers() 
getDoParName() 
getDoParVersion() 

fib <- function(n) { 
    if (n <= 1) { return(1) } 
    return(fib(n-1) + fib(n-2)) 
} 

my.matrix <- matrix(runif(2500, 10, 50), nrow=50) 

calcLotsaFibs <- function() { 
    result <- foreach(row.num=1:nrow(my.matrix), .export=c("fib", "my.matrix")) %dopar% { 
    return(Vectorize(fib)(my.matrix[row.num,])) 
    } 
    return(result) 
} 

lotsa.fibs <- calcLotsaFibs() 

tôi đã có thể làm được việc này bằng cách đặt các chức năng trong tập tin khác và tải tập tin đó trong cơ thể của foreach. Bạn cũng có thể rõ ràng di chuyển định nghĩa hàm vào cơ thể của chính foreach.

[EDIT - Tôi trước đây gợi ý rằng có lẽ .export không hoạt động đúng với tên hàm, nhưng đã được sửa chữa dưới đây.]

Answer 3

nhanh sửa chữa cho vấn đề với foreach% dopar% là cài đặt lại những gói:

install.packages("doSNOW") 

install.packages("doParallel") 

install.packages("doMPI") 

Nó làm việc trong trường hợp của tôi.