"Non-zero trạng thái thoát" lỗi tải XML và RCurl R gói

Question

Tôi đang gặp vấn đề này:

> install.packages("RCurl") 
Installing package(s) into ‘/home/username/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.13’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
trying URL 'http://lib.stat.cmu.edu/R/CRAN/src/contrib/RCurl_1.95-3.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 868491 bytes (848 Kb) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 848 Kb 

* installing *source* package ‘RCurl’ ... 
checking for curl-config... no 
Cannot find curl-config 
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’ 
* removing ‘/home/username/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.13/RCurl’ 
Warning in install.packages : 
    installation of package 'RCurl' had non-zero exit status 

The downloaded packages are in 
    ‘/tmp/RtmpKyAgF8/downloaded_packages’ 

VÀ:

> install.packages("XML") 
Installing package(s) into ‘/home/username/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.13’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
trying URL 'http://lib.stat.cmu.edu/R/CRAN/src/contrib/XML_3.95-0.1.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 1724282 bytes (1.6 Mb) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 1.6 Mb 

* installing *source* package ‘XML’ ... 
checking for gcc... gcc 
checking for C compiler default output file name... a.out 
checking whether the C compiler works... yes 
checking whether we are cross compiling... no 
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o 
checking whether we are using the GNU C compiler... yes 
checking whether gcc accepts -g... yes 
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed 
checking how to run the C preprocessor... gcc -E 
No ability to remove finalizers on externalptr objects in this verison of R 
checking for sed... /bin/sed 
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config 
checking for xml2-config... no 
Cannot find xml2-config 
ERROR: configuration failed for package ‘XML’ 
* removing ‘/home/username/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.13/XML’ 
Warning in install.packages : 
    installation of package 'XML' had non-zero exit status 

The downloaded packages are in 
    ‘/tmp/RtmpKyAgF8/downloaded_packages’ 

Answer 1

Bạn cần phải phù hợp với phiên bản của RCurl và XML đến phiên bản R bạn đang sử dụng. Vì phiên bản R của bạn là một phiên bản chính đằng sau phiên bản hiện tại, nên không có lý do gì để nghĩ rằng phiên bản hiện tại của XML và Rcurl sẽ phù hợp. Bạn có thể thử cài đặt từ một phiên bản lưu trữ ot chúng. Tôi sẽ chọn một từ khoảng một năm rưỡi trước ..... hoặc chỉ cần cập nhật cài đặt R của bạn.

Có thể có một hạt nhân thông tin hữu ích trong liên kết đó từ @TylerRinker mặc dù phiên bản sai của hệ điều hành sai. Nếu bạn cắt URL và tìm kiếm thay thế tại: http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/2.13/ bạn sẽ có thể tìm ra phiên bản của các gói nguồn để sử dụng cho phiên bản R cũ của bạn trên redhat.

Answer 2

Tôi gặp sự cố tương tự khi cài đặt RCurl. Gói có những gì tôi cần gọi là libcurl-devel trên Amazon Linux và, theo số this post that answered my question, CentOS. Nó có thể được cài đặt với lệnh sudo yum install libcurl-devel. Nếu bạn đang sử dụng bản phân phối Debian, gói có thể có tên khác và sẽ được cài đặt bằng cách sử dụng apt.

Có thể có một giải pháp tương tự cho vấn đề về XML của bạn.

Answer 3

Running over CentOS 6.4, tôi vừa mới thành công theo các bước sau:

1. Install curl-devel và libxml với dòng lệnh Linux:

$ sudo yum install curl curl-devel 
$ sudo yum -y install libxml2 libxml2-devel 

2. Trên bảng điều khiển R, hãy khởi động lại phiên R và cài đặt gói RCurl và XML:

>> install.packages("RCurl") 
>> install.packages("XML") 

3. tải các thư viện:

>> library(RCurl) 
>> library(XML) 

Hy vọng điều này giúp bạn tiết kiệm một ngày!