Downgrade R phiên bản và gói R Bioconductor

Question

Xin chào tất cả mọi người Tôi hiện đang chạy R 3.0.2 trên máy chủ debian với Bioconductor v2.13. Câu hỏi của tôi rất đơn giản mặc dù tìm kiếm qua internet đã không cung cấp cho tôi câu trả lời rõ ràng:

Làm cách nào để hạ cấp từ R 3.0.2. tới R 2-15?

Xem xét tôi giữ R 3.0.2 làm cách nào để hạ cấp Bioconductor thành v2.12?

Cảm ơn bạn trước,

Answer 1

Nói chung, Bioconductor được thiết kế để làm việc với các phiên bản cụ thể của R, vì vậy không có bảo đảm liên quan đến sử dụng phiên bản cũ của Bioconductor (hoặc bất kỳ gói R) với các phiên bản mới hơn của R. Tốt hơn là đặt câu hỏi về các gói Bioconductor trên Bioconductor mailing list. Có lẽ những gì bạn đang nói là có một số vấn đề với cài đặt Bioconductor hiện tại của bạn, và những gì bạn thực sự muốn làm tốt hơn là sửa chữa vấn đề.

Kiểm tra LibPath của installed.packages() và so sánh với đầu ra của .libPaths(). Tôi có

> head(installed.packages()[,"LibPath"], 1) 
                affy 
"/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0" 
> .libPaths() 
[1] "/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0" 
[2] "/home/mtmorgan/bin/R-3-0-branch/library" 

Tin vui! Tất cả các gói Bioc của tôi đều nằm trong một thư viện cụ thể. sau đó tôi có thể sắp xếp (xem ?.libPaths) để bắt đầu R với .libPaths trỏ đến một vị trí mới cho Bioc 2.12 gói, ví dụ:

R_LIBS_USER="/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0-2.12" R 

sau đó cài đặt một cách rõ ràng phiên bản của BiocInstaller gói Tôi muốn sử dụng, ví dụ như,

install.packages("BiocInstaller", 
    repos="http://bioconductor.org/packages/2.12/bioc") 

và library(BiocInstaller); biocLite() như bình thường.

Nếu gói Bioconductor của tôi đã được cài đặt trong thư mục chính R, sau đó tôi muốn remove.packages() thay vì thiết lập .libPaths() hoặc tôi muốn chạy BiocInstaller::biocValid() và làm theo hướng dẫn để hoàn nguyên gói "quá mới".