Có ai có kinh nghiệm thành công khi đọc tệp nhị phân Matlab .mat trong Python không?Đọc các tệp .mat trong Python
(I have seen that scipy đã bị cáo buộc hỗ trợ cho việc đọc .mat file, nhưng tôi không thành công với nó. Tôi đã cài đặt scipy phiên bản 0.7.0, và tôi không thể tìm ra phương pháp loadmat())
Tôi ngớ ngẩn quá. Quên để nhập io ...
import scipy.io
mat = scipy.io.loadmat('file.mat')
Cả scipy.io.savemat, cũng không scipy.io.loadmat làm việc cho mảng matlab --v7.3. Nhưng phần tốt là các tập tin MATLAB - v7.3 là bộ dữ liệu hdf5. Vì vậy, họ có thể được đọc bằng cách sử dụng một số công cụ, bao gồm cả gumpy.
Đối với trăn, bạn sẽ cần phần mở rộng h5py, yêu cầu HDF5 trên hệ thống của bạn.
import numpy as np
import h5py
f = h5py.File('somefile.mat','r')
data = f.get('data/variable1')
data = np.array(data) # For converting to numpy array
Điều này làm việc tốt, nếu bạn sử dụng cờ '-v7.3' trong Matlab khi lưu dữ liệu của bạn. Sử dụng 'save' mặc định (ít nhất là trong Matlab R2014b) sẽ dẫn đến một tệp không thể đọc được bằng kỹ thuật trên. Nếu bạn sử dụng cờ '-v7.3', dữ liệu số có thể được đọc tốt. – chipaudette
Vâng, đó là những gì tôi đã nói trong bài viết của tôi. Bạn cần phải sử dụng -v7.3 trong khi lưu trong Matlab. Bạn nên làm điều đó dù sao vì nó sử dụng một định dạng tốt hơn/được hỗ trợ/chuẩn hóa hơn. – vikrantt
Bạn có thể giải thích mối quan hệ giữa _f_ và _data_ trong ví dụ của bạn không? Làm thế nào tôi có thể di chuyển _f_ đến một mảng numpy? – heracho
Ngoài ra còn có MATLAB Engine for Python bởi MathWorks. Nếu bạn có Matlab, điều này có thể đáng xem xét (tôi đã không thử nó bản thân mình nhưng nó có nhiều chức năng hơn là chỉ đọc các tập tin Matlab). Tuy nhiên, tôi không biết nếu nó được phép phân phối nó cho người dùng khác (có lẽ không có vấn đề nếu những người có Matlab, nếu không có lẽ NumPy là đúng cách để đi?).
Ngoài ra, nếu bạn muốn tự mình làm tất cả những điều cơ bản, MathWorks provides (nếu liên kết thay đổi, hãy thử google cho matfile_format.pdf hoặc tiêu đề MAT-FILE Format) tài liệu chi tiết về cấu trúc của định dạng tệp. Nó không phức tạp như tôi nghĩ nhưng rõ ràng, đây không phải là cách dễ nhất để đi. Nó cũng phụ thuộc vào, có bao nhiêu tính năng của .mat -files bạn muốn hỗ trợ.
Tôi đã viết một tập lệnh Python "nhỏ" (khoảng 700 dòng) có thể đọc một số số cơ bản .mat -files. Tôi không phải là một chuyên gia về Python cũng không phải là người mới bắt đầu và tôi mất khoảng hai ngày để viết nó (sử dụng tài liệu MathWorks được liên kết ở trên). Tôi đã học được rất nhiều thứ mới và nó khá thú vị (phần lớn thời gian). Như tôi đã viết kịch bản Python tại nơi làm việc, tôi sợ tôi không thể xuất bản nó ... Nhưng tôi có thể đưa ra một vài lời khuyên ở đây:
.mat -file bạn muốn phân tíchmiCOMPRESSED, miMATRIX, mxDOUBLE hoặc miINT32).mat -files 'tối ưu để lưu các phần tử dữ liệu trong cấu trúc dữ liệu cây; mỗi nút có một lớp và subnodesĐó là một tài liệu điên rồ nào đó được cung cấp bởi mathworks. 40 trang giải thích định dạng, mà không đề cập rằng nó là một tập con của HDF5. – Daniel
là mã của bạn trên github ở bất cứ đâu? – ErroriSalvo
@ErroriSalvo Không, xin lỗi. Tôi đã làm điều này tại nơi làm việc, không phải lúc rảnh rỗi, vì vậy tôi không thể chia sẻ mã. Ngoài ra không bao giờ thực sự đánh bóng nó, là một bằng chứng-of-khái niệm. – mozzbozz
Có Matlab 2014b hoặc mới hơn được cài đặt, Matlab engine for Python có thể được sử dụng:
import matlab.engine
eng = matlab.engine.start_matlab()
content = eng.load("example.mat",nargout=1)
file hdf5 cũng có thể được xử lý bằng phương pháp PyTables. Câu hỏi thường gặp của họ có mục nhập so sánh với h5py: https://pytables.github.io/FAQ.html.PyTables cũng đi kèm với trình hiển thị tiện dụng ViTables: http://vitables.org/galleries/Screenshots/
Tôi đã hơi say nửa giờ ngay cả sau khi đọc câu trả lời. Hy vọng câu trả lời này giúp
Đầu tiên lưu các tập tin mat như
save('test.mat','-v7')
Sau đó bằng Python sử dụng loadmat thường
import scipy.io as sio
test = sio.loadmat('test.mat')
Đọc file
import scipy.io
mat = scipy.io.loadmat(file_name)
Insecting loại mat ble
print(type(mat))
#OUTPUT - <class 'dict'>
Các phím bên trong từ điển có biến matlab và giá trị là những đối tượng được gán cho các biến.
Hướng dẫn chính thức của SciPy.io: http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/tutorial/io.html –
scipy không hỗ trợ tệp mat v7.3 (xem ghi chú [tại đây] (http : //docs.scipy.org/doc/scipy-0.14.0/reference/generated/scipy.io.loadmat.html)). Xem [answer by vikrantt] (http://stackoverflow.com/a/19340117/674976) để biết giải pháp. Tuy nhiên, – texnic
, bạn có thể lưu các tệp mat như các phiên bản trước đó. xem: http://www.mathworks.com/help/matlab/import_export/mat-file-versions.html (tiêu đề: 'Lưu vào Phiên bản Tệp Phiên bản Không Định trước') – watsonic