Lỗi hạt nhân Jupyter R

Question

Tôi vừa mới cài đặt các thông tin cơ bản về R từ Anaconda (có R đã được cài đặt trên máy tính của tôi) để sử dụng R trong Jupyter.

Bây giờ, khi tôi mở một sổ ghi chép R mới trong Jupyter, sau vài giây (thậm chí không cần gõ gì cả) hạt nhân bị treo và cần được khởi động lại.

Các lỗi tôi nhận được trên thiết bị đầu cuối là

[I 12:30:36.297 NotebookApp] Kernel started: dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89 

IRkernel::main() Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so': /home/alberto/anaconda3/lib/R/library/rzmq/libs/../../../../libstdc++.so.6: version CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so) Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous> Execution halted [I 12:30:39.299 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5) IRkernel::main() Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so': /home/alberto/anaconda3/lib/R/library/rzmq/libs/../../../../libstdc++.so.6: version CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so) Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> Execution halted [I 12:30:42.309 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (2/5) IRkernel::main() Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so': /home/alberto/anaconda3/lib/R/library/rzmq/libs/../../../../libstdc++.so.6: version CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so) Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous> Execution halted [I 12:30:45.315 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (3/5) IRkernel::main() Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so': /home/alberto/anaconda3/lib/R/library/rzmq/libs/../../../../libstdc++.so.6: version CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so) Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> Execution halted [W 12:30:46.485 NotebookApp] Timeout waiting for kernel_info reply from dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89 [I 12:30:48.322 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (4/5) WARNING:root:kernel dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89 restarted IRkernel::main() Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so': /home/alberto/anaconda3/lib/R/library/rzmq/libs/../../../../libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so) Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> Execution halted [W 12:30:51.329 NotebookApp] KernelRestarter: restart failed [W 12:30:51.329 NotebookApp] Kernel dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89 died, removing from map. ERROR:root:kernel dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89 restarted failed! [W 12:30:51.361 NotebookApp] Kernel deleted before session

Tôi đoán nó có thể là một vấn đề với các thư viện chia sẻ nhưng tôi không thể tìm ra cách để giải quyết nó ...

Answer 1

(TEMP FIX CHỈ)

Xem thảo luận này: https://groups.google.com/a/continuum.io/forum/#!topic/conda/nqPfPGYP--g

tôi wa s có thể để có được hạt nhân của tôi chạy bằng cách sử dụng sửa chữa tạm thời đề nghị:

$ conda remove gcc libgcc

Answer 2

tôi đã cùng một vấn đề. Vấn đề có vẻ là hạt nhân R trong Jupyter đang xem xét một vị trí khác có phiên bản cũ hơn của ibstdC++.

Dưới bước làm việc cho tôi (đăng nhập bằng root, vì R và trăn đã được cài đặt như root):

cp -fv /usr/local/lib64/libstdc++* /lib64/ 
cd /lib64 
ln -sfT libstdc++.so.6.0.21 libstdc++.so.6 

Giải thích:

[root@SERVER ~]# strings /usr/local/lib64/libstdc++.so.6 | grep CXXABI_1.3 
CXXABI_1.3 
CXXABI_1.3.1 
CXXABI_1.3.2 
CXXABI_1.3.3 
CXXABI_1.3.4 
CXXABI_1.3.5 
CXXABI_1.3.6 
CXXABI_1.3.7 
CXXABI_1.3.8 
CXXABI_1.3.9 
CXXABI_1.3 
CXXABI_1.3.2 
CXXABI_1.3.6 
CXXABI_1.3.9 
CXXABI_1.3.1 
CXXABI_1.3.5 
CXXABI_1.3.8 
CXXABI_1.3.4 
CXXABI_1.3.7 
CXXABI_1.3.3 
[root@SERVER ~]# strings /lib64/libstdc++.so.6 | grep CXXABI_1.3 
CXXABI_1.3 
CXXABI_1.3.1 
CXXABI_1.3.2 
CXXABI_1.3.3 
CXXABI_1.3.4 
CXXABI_1.3.5 
CXXABI_1.3.6 
CXXABI_1.3.7 

Chúng ta có thể thấy rằng/lib64/libstdC++. điểm so.6 đến một phiên bản cũ hơn /usr/local/lib64/libstdc++.so.6

[root@SERVER ~]# ls /lib64/libstdc++.so.* -lrt 
-rwxr-xr-x 1 root root 830776 Mar 5 2015 /lib64/libstdc++.so.5.0.7 
lrwxrwxrwx 1 root root  18 Apr 29 2016 /lib64/libstdc++.so.5 -> libstdc++.so.5.0.7 
lrwxrwxrwx 1 root root  19 Jan 27 01:46 /lib64/libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.19 
-rwxr-xr-x 1 root root 11103508 Feb 3 21:41 /lib64/libstdc++.so.6.0.19 
-rwxr-xr-x 1 root root 11103508 Feb 3 21:41 /lib64/libstdc++.so.6.0.21 
-rw-r--r-- 1 root root  2397 Feb 3 21:41 /lib64/libstdc++.so.6.0.21-gdb.py 
[root@SERVER ~]# ls /usr/local/lib64/libstdc++* -lrt 
-rwxr-xr-x 1 root root  905 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++fs.la 
-rw-r--r-- 1 root root 10964026 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++fs.a 
-rwxr-xr-x 1 root root 11103508 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++.so.6.0.21 
lrwxrwxrwx 1 root root  19 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.21 
lrwxrwxrwx 1 root root  19 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++.so -> libstdc++.so.6.0.21 
-rwxr-xr-x 1 root root  965 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++.la 
-rw-r--r-- 1 root root 28847974 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++.a 

vì vậy, tôi sao chép tất cả libstd ++ fil es từ/usr/local/lib64 đến/lib64 và sau đó thay đổi liên kết mềm để trỏ đến phiên bản mới.