Cài đặt môi trường "python khoa học": OS X 10.7 + Numpy + Scipy + Matplotlib

Question

Thay vào đó, tôi có thể làm gì để các mục này hoạt động cùng nhau? Tôi có nên chuyển tất cả mọi thứ đến cửa sổ 7 (tôi không thích, nhưng nếu đó là cách đáng tin cậy duy nhất.)

Được rồi, vậy đây là những gì đã xảy ra: Tôi muốn cài đặt sần/scipy lên mac, chạy 10,7. Thật không may, ver1.6 chỉ hỗ trợ lên python 2.6. Tôi đi và cài đặt python 2.6, Nhưng python 2.6 không hoạt động; biểu tượng ứng dụng bị trả lại và tự động thoát. (Điều này lạ khi nhìn lại, bởi vì tôi đã nghe python 2.7 và những con tàu có vón cục với mac; nhưng khi tôi thử sử dụng mã mẫu từ trang web gumpy thì nó không thành công.)

Bây giờ trong một liên kết thực sự, vì vậy cuối cùng tôi tìm thấy điều này: http://stronginference.com/scipy-superpack/ Mà bằng cách nào đó cài đặt sumpy 2.0, Scipy (0.11), Matplotlib (1.2), iPython (0.12), Pandas (0.5.1) cũng như PyMC (2.2 alpha).

Dường như nó hoạt động, Numpy đã làm việc với một số mã ví dụ mà chúng đã cung cấp trên trăn 2.7. Nhưng khi tôi đang làm việc về các vấn đề thực hành, tôi thấy rằng matplotlib không hoạt động nữa. Trình khởi chạy python (tôi nghĩ .... đó là biểu tượng ứng dụng của trình khởi chạy python, nhưng chỉ nói "python" cho tên) bị trả lại trong khay ứng dụng và cuối cùng bị đóng băng. Tôi đã lo lắng nó có thể là bởi vì tôi đã có matplotlib 1.1 cài đặt trước, vì vậy tôi làm theo hướng dẫn để làm sạch gỡ bỏ cài đặt matplotlib tiếp theo cài đặt với scipy-superpack.

Vẫn không giống như trước. Bây giờ tôi đã thực hiện một cài đặt sạch của matplotlib 1.1 với hy vọng rằng nó hoạt động. Và khi tôi "nhập khẩu pylab" nó ném lên một tấn thông báo lỗi.

Mọi lời khuyên sẽ được đánh giá cao.

Answer 1

Đây là siêu cũ nhưng nó cao lên trên Google, vì vậy tôi chỉ muốn kêu vang trong với Anaconda--

https://www.continuum.io/downloads

Chỉ cần một trình cài đặt đồ họa mà bạn chạy để cài đặt nó như bất cứ điều gì khác, không gây rối với .bashrc hoặc bất cứ thứ gì. Tôi có thể có sklearn, về cơ bản mọi thứ bạn muốn với Python - cộng với nó không yêu cầu quyền truy cập root/Windows UAC, điều này có thể quan trọng trong một số môi trường công ty/chính phủ bị khóa chặt. Làm việc cho Mac và Windows, không bao giờ thử nó với Linux.

Answer 2

Nếu bạn đã sẵn sàng để làm theo một cách tiếp cận dài hạn, tôi sẽ khuyên bạn đi qua quản lý gói MacPorts: họ có tất cả các phần mềm này được đóng gói, và nó chỉ hoạt động. Tôi đã làm theo cách tiếp cận này thành công với Mac OS X Lion.

Về cơ bản, trước tiên bạn cài đặt trình quản lý gói MacPorts, sau đó install programs như được giải thích trên trang web của họ: sudo port install python27 py27-numpy py27-scipy py27-matplotlib py27-ipython.

Một ưu điểm của phương pháp MacPorts là bạn đừng chạm vào Mac OS X của phần mềm gốc: chương trình của họ được lưu trữ trong /opt/local/ (cùng với một số chương trình trong /Applications/MacPorts/, như Gimp hoặc Nhàn rỗi của Python). Thủ tục cài đặt nên đặt /opt/local/ ở phía trước đường dẫn của bạn, để bạn tự động sử dụng các chương trình của MacPort thay vì các chương trình được cài đặt theo mặc định trên Mac.

Một ưu điểm khác là MacPorts tự động tải xuống bất kỳ chương trình bổ sung cần thiết nào (phụ thuộc) cho bạn.

Their packages khá up-to-date, và có rất nhiều trong số họ (12k +, tại thời điểm viết bài này). Vì vậy, với tuyến đường MacPorts, bạn sẽ có quyền truy cập vào nhiều chương trình bổ sung.

Lưu ý phụ: Tôi có kinh nghiệm lâu năm với người quản lý gói khác cho Mac OS X: Fink. Tôi thấy MacPorts đơn giản hơn, mạnh mẽ hơn và cập nhật hơn. Vì vậy, tôi chân thành đề nghị nó.

PS: Tôi tin rằng bạn cũng phải tạo ra một mới python MacPorts lệnh với sudo port select python python27, và làm tương tự cho IPython: sudo port select ipython ipython27. Các lệnh này có hiệu lực xác định phiên bản nào của Python và IPython sẽ được gọi khi bạn sử dụng các lệnh python và ipython trong trình bao.

PPS bởi JD dài: Tôi cố gắng làm theo các hướng dẫn trên 16 Tháng năm 2012, và có thể vì các phiên bản, hoặc có thể vì idiosyncrasies trên máy Mac của tôi, tôi đã phải cũng chạy sudo port install py27-tornado py27-zmq để có được một đầy đủ chức năng ipython/máy tính xách tay stack làm việc.

Answer 3

Tùy chọn khác sẽ là EPD hoặc EPD Free. Hoặc sẽ cài đặt NumPy, SciPy, matplotlib, IPython, Traits và Chaco trên Window, OSX hoặc Linux. EPD là phiên bản bao gồm bồn rửa nhà bếp với hơn 90 thư viện cho khoa học và phân tích, và có sẵn trên cơ sở đăng ký (miễn phí cho các học giả). EPD Free miễn phí cho tất cả các mục đích thương mại, phân phối lại, v.v.

Answer 4

Dưới đây là một số tài nguyên tôi đã dựa vào để khắc phục sự cố cài đặt python trên Snow Leopard và Lion.

HyperJeff Blog

tôi lần đầu tiên sử dụng thông tin này cho Snow Leopard, sau đó một lần nữa cho Lion. Đây là hướng dẫn từng bước tuyệt vời và rất kỹ lưỡng để cài đặt NumPy, SciPY và Matplotlib 64 bit trên Mac OS X 10.6 (mặc dù nó có vẻ hữu ích như nhau đối với 10.7). Này "sống sót dẫn" có một vài điều xảy ra cho nó:

• nó là một bước-by-step dẫn mà làm cho rất ít các giả định, vì vậy cho dụ, bước đầu tiên là cấu hình .bash_profile của bạn với các biến môi trường thích hợp cho mục tiêu triển khai, gói đường dẫn cấu hình, cflags.

• nó thực sự cung cấp mã lệnh --Thư vỏ cá nhân để lấy/tải về, cấu hình, xây dựng và cài đặt tất cả ba gói và phụ thuộc của họ; ngoài ra, blog này bài viết cung cấp cho diffs của tất cả các tập tin cấu hình mà tác giả khuyến cáo để chỉnh sửa trước khi cài đặt

• nó được hiệu đính bởi cộng đồng --there có lẽ 100 hoặc lâu hơn bình luận cho bài viết gốc , gần như tất cả những gì tác giả đã phản hồi và trong một số trường hợp, sửa đổi văn bản của hướng dẫn ban đầu; ngoài ra, các ý kiến ​​ bao gồm một vài trường hợp cạnh.
  
  

Washington University Astrology Department

này bắt đầu với 10,3 (Panther) nhưng nó thực sự được cập nhật; họ chỉ không bận tâm sửa đổi tài liệu này trong trường hợp sửa đổi là một thay đổi tầm thường, ví dụ: từ 10,3 đến 10,7.

Tài nguyên này hữu ích vì nó được thảo luận chi tiết về vấn đề luôn xảy ra với tôi - NumPy và SciPy là ok, nhưng Matplotlib không thành công và không thành công vì libpng, libjpeg, et al.

---

Một số (theo kinh nghiệm) nguyên nhân có khả năng của một thất bại cài đặt của NumPy/scipy/Matplotlib (tất cả, không may dựa trên kinh nghiệm cá nhân):

libpng, freetype, zlib: tất cả Phụ thuộc Matplotlib. Một nguồn có thể có vấn đề, nhưng không phải nguồn duy nhất là do phiên bản Matplotlib trên 1.0 không biên dịch (bằng "mặc định") chống libpng phiên bản 1.5, nhưng đó là phiên bản mà nhà phát triển có khả năng có trên máy Mac của họ, bởi vì phiên bản đi kèm với X11 được xuất xưởng cùng với phiên bản 10.7 của XCode (phiên bản 4.0 - 4.2). Vấn đề này sang một bên, nó là một ý tưởng tốt để sử dụng XQuartz chứ không phải là Xll được cung cấp với XCode. Tương tự như vậy, trong quá khứ các X11 Apple cung cấp bao gồm một phiên bản bị hỏng của freetype

Matplotlib của cấu hình mặc định (v 2.3.12, nói riêng.): Cách đơn giản nhất để lựa chọn ra những giá trị mặc định là chỉnh sửa các tệp make.osx và setup.cfg.template, cả hai đều nằm trong thư mục cấp cao nhất nguồn Matplotlib. Các bài đăng trong blog HyperJeff (ở trên) và Supine Sublime rất hữu ích về các vấn đề này.

Apple Cung cấp Fast Fourier Transform Thư viện: Các vấn đề khác nhau ở đây; tôi tin rằng một trong những liên tục nhất là thiếu các ràng buộc Fortran trong phiên bản thư viện FFT được cung cấp cùng với Công cụ dành cho nhà phát triển Mac. Trong mọi trường hợp, không khó để có được phiên bản mới nhất của tiêu chuẩn vàng cho các thư viện FFT, FFTW và cài đặt nó từ nguồn.

Answer 5

Bạn cũng có thể thử gói cài đặt gọn gàng/scipy/matplotlib/... của mình bằng virtualenv. Một công thức từng bước để làm điều đó bằng cách sử dụng homebrew được mô tả here. Nó làm việc tốt cho tôi. Hy vọng điều đó sẽ hữu ích.

Answer 6

Installing Python, virtualenv, NumPy, SciPy, matplotlib and IPython on Lion or Mountain Lion hướng dẫn bạn qua các bước.

(Lưu ý, phiên bản hiện tại của hướng dẫn, tính đến năm 2013, bây giờ ở đây: Installing scientific Python on Mac OS X)

1. cài đặt Một sạch của Mac OS 10.7 Lion
2. Cài đặt Homebrew
3. Cài đặt Python (và pip)
4. Cài đặt virtualenv
5. Cài đặt NumPy, scipy và matplotlib
6. Cài đặt IPython và qtco nsole

với 3 trang văn bản rõ ràng, tường thuật.

(Ông cũng có một số nhận xét hài hước, liên kết tốt: I can chartjunk and so can you "... hướng dẫn sẽ thực sự phá hủy thông tin trong 25 bước".)