Cách dừng R khi tạo tệp Rplots.pdf trống khi sử dụng ggsave và Rscript

Question

Tôi có một tập lệnh R để lưu một số ô bằng cách sử dụng ggsave. Khi tôi chạy tập lệnh từ dòng lệnh, nó không chỉ lưu các ô của tôi mà còn tiết kiệm một tệp Rplots.pdf trống. Làm cách nào để ngăn R tạo tệp không cần thiết này?

Dưới đây là một kịch bản ví dụ mà tái tạo các lỗi:

#!/usr/bin/env Rscript 

# Code that creates unnecessary Rplots.pdf file 
library(ggplot2) 
my.data <- data.frame(x = 1:10, y = 1:10) 
my.plot <- qplot(x, y, data = my.data) 
ggsave('example.png', my.plot) 

Tất cả những cách sau đây chạy kịch bản tạo ra các tập tin không cần thiết:

Rscript script.R 
Rscript --vanilla script.R 
chmod a+x script.R 
./script.R 

Ngoài ra, khi tôi nguồn mã từ bên trong một phiên tương tác, một cửa sổ R Graphics trống rỗng không cần thiết sẽ mở ra.

Hơn nữa, tôi không có những vấn đề nếu tôi sử dụng mã tiết hơn sau ở vị trí của ggsave:

#!/usr/bin/env Rscript 

# Code that does NOT create unnecessary Rplots.pdf file 
library(ggplot2) 
my.data <- data.frame(x = 1:10, y = 1:10) 
my.plot <- qplot(x, y, data = my.data) 
png(file = 'example.png') 
print(my.plot) 
dev.off() 

Dưới đây là thông tin phiên của tôi (đó là như nhau cho dù chạy Rscript hoặc tương tác):

R version 3.0.1 (2013-05-16) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8  LC_NUMERIC=C    
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8  LC_COLLATE=en_US.UTF-8  
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 
[7] LC_PAPER=C     LC_NAME=C     
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C    
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C  

attached base packages: 
[1] methods stats  graphics grDevices utils  datasets base  

other attached packages: 
[1] ggplot2_0.9.3.1 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] colorspace_1.2-2 dichromat_2.0-0 digest_0.6.3  grid_3.0.1   
[5] gtable_0.1.2  labeling_0.1  MASS_7.3-26  munsell_0.4  
[9] plyr_1.8   proto_0.3-10  RColorBrewer_1.0-5 reshape2_1.2.2  
[13] scales_0.2.3  stringr_0.6.2 

Answer 1

Nếu bạn nhìn vào giá trị mặc định cho các đối số chiều rộng và chiều cao trong ggsave, bạn sẽ thấy rằng họ là par("din")[1] và par("din")[2]. Nếu bạn chạy điều này trong giao diện điều khiển, bạn sẽ thấy rằng nó sẽ mở ra một cửa sổ đồ họa, nếu nó chưa được mở.

Loại ý nghĩa này, vì để có được chiều rộng/chiều cao của thiết bị tính bằng inch, bạn cần một thiết bị thực tế. Tôi cho rằng người ta có thể lập luận rằng par("din") sẽ trả về lỗi nếu không có thiết bị nào được mở, trong trường hợp Hadley chắc chắn sẽ viết ggsave khác nhau.

Thật vậy, từ ?par:

If the current device is the null device, par will open a new device before querying/setting parameters.

Do đó, quy định cụ thể có chiều rộng/chiều cao sẽ ngăn chặn các thiết bị giả mạo từ khai mạc.

Answer 2

Tôi cũng gặp sự cố này nhưng các giải pháp ở đây không giải quyết được. Tôi đã tạo ra cốt truyện của mình nhưng không lưu nó như trong một biến. ggsave sẽ lưu lại hình vẽ cuối cùng nên tôi không nghĩ là mình cần. Nếu bạn lưu cốt truyện trong một biến và sau đó làm ggsave (thậm chí không có chỉ định rõ những âm mưu, nó sẽ không tạo ra các tập tin Rplots.pdf

Ví dụ mã:.

thư viện (ggplot2) thư viện (xa xôi)

ff_lmer <- ggplot(ff, aes(x = thorax, y = longevity, color = activity)) + 
    geom_point() + 
    geom_smooth(method = lm, se = FALSE) 

ggsave("fig/ff_lmer.pdf", width = 5, height = 5) 

phiên Info"

phiên bản R 3.3.2 (2016/10/31) Hệ điều hành: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit) Chạy theo: MacOS Sierra 10.12.2

ggplot2_2.2.1.9000