Hiển thị tất cả các dòng trong đầu ra gói GenomicRange

Question

Tôi đang làm việc với gói GenomicRange R. Tôi có một tập tin đầu vào như thế này:

dvex108056 + 87 206 
dvex108056 + 87 226 
dvex108056 - 101 240 
dvex108056 - 104 240 
dvex108056 - 59 188 
dvex108056 - 68 197 
dvex108056 - 70 208 
dvex108056 - 75 211 
dvex108056 - 78 217 
dvex108056 - 79 218 
dvex108056 - 84 223 
dvex108056 - 85 220 
dvex108056 - 87 226 
dvex108056 - 88 226 
dvex108056 - 88 227 
dvex108056 - 91 210 
dvex108056 - 91 230 
dvex114041 - 6255 6383 
dvex144086 + 2557 2678 
dvex144086 + 2561 2678 
dvex144086 + 2562 2678 
dvex144086 + 2564 2678 
dvex144086 - 2549 2678 
dvex186339 + 971 1108 
dvex186339 + 971 1112 
dvex186339 + 972 1112 
dvex186339 + 979 1115 
dvex209845 - 428 553 
dvex209845 - 436 553 
dvex209845 - 445 553 
dvex238049 + 435 572 
dvex238049 + 435 575 
dvex238049 + 435 576 
dvex238049 - 400 541 
dvex490175 - 5 144 
dvex564118 - 476 604 
dvex567944 + 1 121 
dvex567944 + 1 124 
dvex567944 + 1 125 
dvex567944 + 1 129 
dvex567944 + 6 125 
dvex567944 - 1 130 
dvex567944 - 6 125 
dvex600495 - 706 844 
dvex619713 - 26 165 
dvex619713 - 28 167 
dvex619713 - 34 173 
dvex619713 - 49 185 
dvex667132 + 1 119 
dvex667132 + 1 99 
dvex667132 - 1 120 
dvex667132 - 1 121 
dvex685093 - 113 242 
dvex685093 - 127 243 
dvex685093 - 144 243 
dvex700401 - 1 120 
dvex700401 - 1 130 
dvex700401 - 1 132 
dvex758265 - 1 139 
dvex758265 - 15 154 
dvex758265 - 16 155 
dvex758265 - 21 160 
dvex758265 - 36 172 
dvex758265 - 4 140 
dvex758265 - 7 146 
dvex777870 + 100 200 
dvex777870 + 104 200 
dvex777870 + 80 200 
dvex777870 + 84 200 
dvex777870 + 85 200 
dvex777870 + 87 200 
dvex777870 + 90 200 
dvex777870 + 94 200 
dvex777870 - 72 200 
dvex792767 - 2083 2211 
dvex833399 - 434 545 
dvex833399 - 435 545 
dvex833399 - 437 545 

Khi tôi sử dụng Granges để giảm tất cả các dòng vào overlaping phối hợp với các mã:

> tabla <- read.table(file="~/Desktop/ncRNA/Data/Inputs/rRNAs/60/Infernal/test3.txt") 
> colnames(tabla) <- c('scal', 'strand', 'start', 'end') 
> all <- with(tabla, GRanges(scal, IRanges(start, end), strand)) 
> reduce(all) 

R tạo ra một đầu ra:

GRanges with 24 ranges and 0 metadata columns: 
    seqnames  ranges strand 
     <Rle> <IRanges> <Rle> 
    [1] dvex108056 [ 87, 226]  + 
    [2] dvex108056 [ 59, 240]  - 
    [3] dvex114041 [6255, 6383]  - 
    [4] dvex144086 [2557, 2678]  + 
    [5] dvex144086 [2549, 2678]  - 
    ...  ...   ... ... 
    [20] dvex758265 [ 1, 172]  - 
    [21] dvex777870 [ 80, 200]  + 
    [22] dvex777870 [ 72, 200]  - 
    [23] dvex792767 [2083, 2211]  - 
    [24] dvex833399 [ 434, 545]  - 
    --- 
    seqlengths: 
    dvex108056 dvex114041 dvex144086 ... dvex777870 dvex792767 dvex833399 
      NA   NA   NA ...   NA   NA   NA 

Tôi muốn in tất cả các đầu ra được tạo ra bởi GenomicRanges. Tránh dòng ... ... .... Có thể không? Tôi tin rằng đó là một cấu trúc data.frame, nhưng tôi không thể truy cập vào tất cả các bản ghi.

Xin cảm ơn trước.

Answer 1

Trong phiên bản hiện hành về ?GenomicRanges có hướng dẫn này

## The number of lines displayed in the 'show' method 
## are controlled with two global options. 
longGR <- c(gr[,"score"], gr2[,"score"], gr3) 
longGR 
options("showHeadLines"=7) 
options("showTailLines"=2) 
longGR 

## Revert to default values 
options("showHeadLines"=NULL) 
options("showTailLines"=NULL) 

ví dụ:

options(showTailLines=Inf) 

cung cấp cho bạn màn hình đầy đủ mọi thứ.

Answer 2

Hãy thử in nó như thế

write.table(YourData ,"Howyouwannanameit.tsv", quote=F, coln.names=T, row.names=F)

Tôi khá chắc chắn nó sẽ không có dòng .... Tôi nghĩ rằng đó chỉ là những gì R không khi cố gắng cho bạn thấy đầu tiên và cuối cùng hàng.

Answer 3

Chuyển đổi nó vào một data.frame và viết nó ra "theo cách thông thường": (. V 1.12.4)

red.all <- reduce(all) 
write.table(as.data.frame(red.all), ...)