Cách chính xác để trỏ tới các thư viện ATLAS/BLAS/LAPACK để xây dựng gọn gàng?

Question

Tôi đang xây dựng gọn gàng từ nguồn trên CentOS 6.5 mà không có quyền truy cập root (python -V = 2.7.6). Tôi có nguồn gumpy mới nhất từ ​​git. Tôi không thể cho cuộc sống của tôi nhận được numpy để thừa nhận libs atlas. Tôi có:

ls -1 /usr/lib64/atlas 

libatlas.so.3 
libatlas.so.3.0 
libcblas.so.3 
libcblas.so.3.0 
libclapack.so.3 
libclapack.so.3.0 
libf77blas.so.3 
libf77blas.so.3.0 
liblapack.so.3 
liblapack.so.3.0 
libptcblas.so.3 
libptcblas.so.3.0 
libptf77blas.so.3 
libptf77blas.so.3.0 

Tôi không biết bất cứ điều gì về cách những libs đã về, nhưng tôi chỉ có thể giả định rằng atlas xây dựng sẽ nhanh hơn bất kỳ BLAS/LAPACK tiêu chuẩn xây dựng tôi có thể thực hiện.

Cách chính xác để trỏ đến các thư viện này một cách chính xác là gì? Tôi có export ATLAS, BLAS, LAPACK=... thiết lập từng đường dẫn tương ứng không? hay để tôi sửa một tập tin site.cfg để chứa một cái gì đó như:

[default] 
library_dirs = /usr/lib64/atlas 

[atlas] 
library_dirs = /usr/lib64/atlas 
atlas_libs = lapack, cblas, f77blas, atlas 

tôi đã cố gắng chỉ là về mọi biến thể của các bên trên, và mỗi lần tôi chạy python setup.py config nó nói với tôi mỗi thư viện không thể được tìm thấy trong những con đường tôi chỉ định cũng như một loạt các đường dẫn tìm kiếm mặc định khác. Tôi đã dán kết quả chạy python setup.py config với số site.cfg như trên và không có biến môi trường nào được đặt ở đây: http://pastebin.com/EL9CfaR7. Bất kỳ trợ giúp được đánh giá cao.

Answer 1

Ok điều này khá đơn giản và về cơ bản tuân theo nguyên tắc cài đặt chính xác. Tôi cho rằng đây là một câu hỏi về số lượng sau khi chia sẻ libs hơn về numpy hoặc atlas. Dù sao, tôi chỉ phải tạo ra một số liên kết tượng trưng:

ln -s /usr/lib64/atlas/___.so.3.0 $HOME/local/lib/___.so 

Sau đó, loại bỏ tất cả configs trong site.cfg và cập nhật của tôi .bashrc:

export ATLAS=$HOME/local/lib/libatlas.so 
export BLAS=$HOME/local/lib/libptf77blas.so 
export LAPACK=$HOME/local/lib/liblapack.so 

Sau khi chạy python setup.py install, tôi tốt:

>>> import numpy.distutils.system_info as si 
>>> si.get_info('atlas') 
    ATLAS version 3.8.4 built by mockbuild on Wed Mar 21 01:43:44 GMT 2012: 
    UNAME : Linux c6b6.bsys.dev.centos.org 2.6.32-44.2.el6.x86_64 #1 SMP Wed Jul 21 12:48:32 EDT 2010 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux 
    INSTFLG : -1 0 -a 1 
    ARCHDEFS : -DATL_OS_Linux -DATL_ARCH_PII -DATL_CPUMHZ=2261 -DATL_SSE2 -DATL_SSE1 -DATL_USE64BITS -DATL_GAS_x8664 
    F2CDEFS : -DAdd_ -DF77_INTEGER=int -DStringSunStyle 
    CACHEEDGE: 163840 
    F77  : gfortran, version GNU Fortran (GCC) 4.4.6 20110731 (Red Hat 4.4.6-3) 
    F77FLAGS : -fomit-frame-pointer -mfpmath=387 -O2 -falign-loops=4 -g -Wa,--noexecstack -fPIC -m64 
    SMC  : gcc, version gcc (GCC) 4.4.6 20110731 (Red Hat 4.4.6-3) 
    SMCFLAGS : -fomit-frame-pointer -mfpmath=387 -O2 -falign-loops=4 -g -Wa,--noexecstack -fPIC -m64 
    SKC  : gcc, version gcc (GCC) 4.4.6 20110731 (Red Hat 4.4.6-3) 
    SKCFLAGS : -fomit-frame-pointer -mfpmath=387 -O2 -falign-loops=4 -g -Wa,--noexecstack -fPIC -m64 
{'libraries': ['lapack', 'f77blas', 'cblas', 'atlas'], 'library_dirs': ['~/local/lib'], 'define_macros': [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')], 'language': 'f77'}