pkgdown R gói build_site chức năng gây ra các gói phụ thuộc không thể được nạp

Question

Tôi đang sử dụng gói pkgdown để tạo trang hướng dẫn thanh lịch và tĩnh cho gói R (được gọi là RTCGA). Khi tôi chạy mã để tạo ra các tài liệu tĩnh như trang web của tôi sử dụng lệnh

> pkgdown::build_site() 
Initialising site ------------------------------------------------------------------------------------- 
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/jquery.sticky-kit.min.js' 
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/link.svg' 
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/pkgdown.css' 
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/pkgdown.js' 
Building home ----------------------------------------------------------------------------------------- 
Writing '/home/mkosinski/GitHub/RTCGA/docs/index.html' 
Building function reference --------------------------------------------------------------------------- 
Loading RTCGA 
Welcome to the RTCGA (version: 1.5.1). 
trying URL 'http://gdac.broadinstitute.org/runs/stddata__2015_11_01/data/ACC/20151101/gdac.broadinstitute.org_ACC.Merge_mirnaseq__illuminahiseq_mirnaseq__bcgsc_ca__Level_3__miR_gene_expression__data.Level_3.2015110100.0.0.tar.gz' 
Content type 'unknown' length 309876 bytes (302 KB) 
================================================== 
downloaded 302 KB 

Warning: Topics missing from index: RTCGA-package, theme_RTCGA 
Building articles ------------------------------------------------------------------------------------- 
Building article 'RTCGA_Workflow.html' 
Building article 'Web_Applications.html' 

Mã này được đánh giá trong thư mục gốc của dự án gói RTCGA và cung cấp thông tin rằng RTCGA đã được nạp và các tài liệu được tạo ra sau.

Nhưng tôi đã tìm thấy một lỗi trong các tài liệu trong hầu hết các trang - có phải là một lỗi bảo

Error: package ‘RTCGA’ required by ‘RTCGA.rnaseq’ could not be found

Vì vậy, không ai trong số những ví dụ có thể được chạy. Hơn nữa khi tôi chạy library(RTCGA.rnaseq) sau khi tôi sử dụng build_site Tôi không thể tải phụ thuộc RTCGA gói nữa

> library(RTCGA) 
> library(RTCGA.rnaseq) 
Error: package ‘RTCGA’ required by ‘RTCGA.rnaseq’ could not be found 

Khi tôi chạy library(RTCGA.rnaseq) trong phiên làm việc mới mà không cần gọi pkgdown::build_site người phụ thuộc RTCGA tải gói bình thường không có cảnh báo.

Tôi nghi ngờ điều này là do bất kỳ cài đặt nào thực hiện nhưng tôi không biết cách giải quyết chúng và cách tạo tài liệu tĩnh thích hợp với việc sử dụng gói pkgdown.

Mọi nhận xét?

Answer 1

Dường như tôi đã tìm thấy một công việc khó chịu xung quanh. RTCGA gói phần mềm sử dụng 8 gói dữ liệu trong các ví dụ của nó. Mỗi gói dữ liệu yêu cầu RTCGA sẽ được tải. pkgdown::build_site() sử dụng devtools::load_all() tải các đối tượng lạ từ RTCGA nhưng không cho phép tải gói này trong khi chạy các ví dụ.

Tôi đã gỡ bỏ RTCGA từ Depends của các gói dữ liệu bằng cách thay đổi những gói meta-thông tin như

packages_to_remove_RTCGA_from_Depends <- 
    c("RTCGA.clinical", 
    "RTCGA.mutations", 
    "RTCGA.rnaseq", 
    "RTCGA.RPPA", 
    "RTCGA.mRNA", 
    "RTCGA.miRNASeq", 
    "RTCGA.methylation", 
    "RTCGA.CNV") 

sapply(packages_to_remove_RTCGA_from_Depends, function(data_package){ 
    Meta <- readRDS(file.path(.libPaths()[1], data_package, "Meta", "package.rds")) 
    Meta$Depends <- list() 
    saveRDS(Meta, file.path(.libPaths()[1], data_package, "Meta", "package.rds")) 
})