Crontab sẽ không chạy python script

Question

Khi tôi thực hiện kịch bản python của tôi từ dòng lệnh tôi không có vấn đề như vậy:

[rv @ med240-183 db] $ python formatdb.py
[rv @ med240 -183 db] $

Khi tôi cố gắng sử dụng crontab để chạy các script mỗi nửa đêm tôi nhận được một loạt các lỗi:

import: unable to open X server `' @ import.c/ImportImageCommand/367. 
/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/formatdb.py: line 2: from: command not found 
/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/formatdb.py: line 3: from: command not found 
import: unable to open X server `' @ import.c/ImportImageCommand/367. 
/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/formatdb.py: line 6: syntax error near 
unexpected token `(' 
/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/formatdb.py: line 6: `conx = MySQLdb.connect 
(user = 'root', passwd = '******', db = 'vaxijen_antigens')' 

thư mục kịch bản của tôi được như sau:

/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/

Crontab trông giống như:

SHELL=/bin/bash 
PATH=/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/usr/bin/python/:/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/database_backup:/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/ 
MAILTO="******" 
HOME=/ 

# For details see man 4 crontabs 

# Example of job definition: 
# .---------------- minute (0 - 59) 
# | .------------- hour (0 - 23) 
# | | .---------- day of month (1 - 31) 
# | | | .------- month (1 - 12) OR jan,feb,mar,apr ... 
# | | | | .---- day of week (0 - 6) (Sunday=0 or 7) OR sun,mon,tue,wed,thu,fri,sat 
# | | | | | 
# * * * * * command to be executed 
0 0 * * * root /home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/database_backup/backup.py 
0 0 * * * root /home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/formatdb.py 

và kịch bản python của tôi trông giống như:

import MySQLdb 
from subprocess import call 
from subprocess import Popen 
import re 

conx = MySQLdb.connect (user = 'root', passwd = '******', db = 'vaxijen_antigens') 

cursor = conx.cursor() 
cursor.execute('select * from sequence') 
row = cursor.fetchall() 

f = open('vdatabase.fasta', 'w') 

for i in row: 
    f.write('>'+i[0].strip()+'\n') 
    #f.write(i[1].strip().replace(' ','')+'\n') 
    s = re.sub(r'[^\w]','',str(i[1])) 
    s = ''.join(s) 
    for k in range(0, len(s), 60): 
     f.write('%s\n' % (s[k:k+60])) 
    f.write('\n') 

f.close 

Popen(["formatdb", "-p", "T", "-i", "vdatabase.fasta"]).wait() 

Answer 1

Thêm

#!/usr/bin/env python 

vào đầu tập lệnh - ngay bây giờ, nó đang cố gắng thực thi tập lệnh của bạn dưới dạng bash, dòng đó nói "Tôi là tập lệnh python, vui lòng sử dụng trình thông dịch đúng". Nó cũng được gọi là một dòng băm-bang, nhưng nó cần phải là dòng đầu tiên trong kịch bản của bạn.