Kết quả đầu ra của âm mưu fill.contour() trong ggpplot2

Question

Tôi muốn vẽ hình này với fill.contour(), nhưng trong ggplot2, làm cách nào để làm điều này?

Tôi muốn sử dụng ggplot2 vì quy ước đồ thị dễ dàng hơn. Lý do tôi muốn sử dụng hàm fill.contour() là vì tôi đã thử geom_tile() và image.plot() và cả hai đều tạo ra các tile giống như các kết quả đầu ra, và tôi cần một đầu ra tương tự như filled.contour().

Đây là con số của tôi:

Code:

library(akima) 

df <-read.table("Petra_phytoplankton+POM_xydata_minusNAs_noduplicates.txt",header=T) 
attach(df) 
names(df) 
fld <- with(df, interp(x = longitude, y = latitude, z = d13C)) 

filled.contour.ungeoreferenced <- 
    (filled.contour(x = fld$x, 
        y = fld$y, 
        z = fld$z, 
        color.palette = 
        colorRampPalette(c("blue", "green", "yellow", 
             "orange", "red")), 
        xlab = "Longitude", 
        ylab = "Latitude", 
        key.title = title(main = "d13C", 
            cex.main = 1))) 

Snippet dữ liệu:

latitude longitude d13C 
-65 -70 -27.7 
-61 150 -32.2 
-61 150 -28.3 
-60 116 -26.8 
-60 116 -24.7 
-47 38 -24.8 
-38 150 -20.5 
19 -65.7 -19.9 
19 -65.5 -18.5 
18 -60.7 -20 
18 -58.5 -18.2 
18 -57.8 -19 
17 -55.4 -18.6 
17 -50.8 -18 
17 -47.1 -18.3 
17 -45.5 -19.4 
16 -43.3 -17.9 
15 -40.7 -18.5 
14 -39.3 -19.9 
12 -36.7 -19.9 
12 -36.2 -19.9 
11 -34.4 -19.2 
10 -32 -18.5 
9 -30.3 -19.3 
8 -29.2 -19.4 
7 -26.6 -18.2 
7 -25.5 -19.3 
6 23.9 -20 
3 -21.3 -20.4 

Answer 1

tôi lấy ví dụ từ ggplot2 website.

# Generate data 
library(reshape2) # for melt 
volcano3d <- melt(volcano) 
names(volcano3d) <- c("x", "y", "z") 

# Basic plot 
v <- ggplot(volcano3d, aes(x, y, z = z)) + 
    stat_contour(geom="polygon", aes(fill=..level..)) 

Trong đó x và y là bạn Long và Lạt và z là d13C

Answer 2

Bạn có thể tinh chỉnh màu sắc như bạn cần:

gdat <- interp2xyz(fld, data.frame=TRUE) 

ggplot(gdat) + 
    aes(x = x, y = y, z = z, fill = z) + 
    geom_tile() + 
    coord_equal() + 
    geom_contour(color = "white", alpha = 0.5) + 
    scale_fill_distiller(palette="Spectral", na.value="white") + 
    theme_bw() 

Bạn có thể giảm pixelation với chi phí của một số thời gian xử lý bằng cách tăng mật độ nội suy:

fld <- with(df, interp(x = longitude, 
         y = latitude, 
         z = d13C, 
         xo = seq(min(longitude), max(longitude), length=400), 
         duplicate="mean")) 

và cũng làm giảm chiều rộng bin:

ggplot(gdat) + 
    aes(x = x, y = y, z = z) + 
    geom_tile(aes(fill=z)) + 
    coord_equal() + 
    stat_contour(aes(fill=..level..), geom="polygon", binwidth=0.005) + 
    geom_contour(color="white", alpha=0.5) + 
    scale_fill_distiller(palette="Spectral", na.value="white") + 
    theme_bw() 

LƯU Ý: có nghĩa là sẽ crunch trong vài giây đáng chú ý trên một hệ thống máy tính để bàn đàng hoàng. Trên MacBook khá lực lưỡng của tôi Pro đó là:

user system elapsed 
    6.931 0.655 8.153 

Answer 3

Để theo dõi ví dụ tối thiểu @ hrbrmstr, bạn cũng có thể có tính toán ggplot2 "z" cho bạn: snippet

library(ggplot2) 
ggplot(data = faithful, aes(x = eruptions, y = waiting)) + 
    stat_density2d(aes(colour = ..level.., fill = ..level..), geom = "polygon")