chuyển đổi tài liệu pandoc thất bại với lỗi 127

Question

Tôi không chắc chắn làm thế nào để tạo ra một ví dụ tái sản xuất này, nhưng tôi tò mò muốn nghe nếu có ai khác đã gặp phải vấn đề này. Tôi có một tập tin R Markdown được lưu trữ thông qua máy chủ sáng bóng trên một cá thể EC2 chạy Ubuntu. Mọi thứ đã được làm việc tốt cho ngày và bây giờ đột nhiên tôi nhận được lỗi sau khi tôi cố gắng để xem tài liệu trong trình duyệt:

pandoc document conversion failed with error 127 

Tôi không chuyển đổi sang pdf, chưa đẩy bất kỳ thay đổi, và đó là làm việc một vài giờ trước. Tôi không tìm thấy bất cứ điều gì trực tuyến về mã lỗi này vì vậy tôi không có ý tưởng làm thế nào để gỡ lỗi vấn đề này. Bất cứ ai đã xảy ra điều này trước đây?

Answer 1

Khó biết một số điều bạn đang hỏi mà không có ví dụ, nhưng tôi gặp lỗi tương tự khi cố gắng "đan thành html" từ phiên bản EC2 của RStudio.

này đã làm việc cho tôi:

library("rmarkdown") 
render("filename.Rmd", "html_document") 

Answer 2

tôi đã có lỗi tương tự khi làm việc với một thể EC2 AWS với Ubuntu 16.04 LTS cài đặt và chạy một ứng dụng sáng bóng.

Sửa lỗi của tôi: Tôi có một số mã bên ngoài các chức năng ui và máy chủ của tệp app.R của tôi. Tôi đã chuyển tất cả mã bên ngoài vào chức năng máy chủ và lỗi không còn xảy ra nữa.

Điều làm tôi bối rối là ứng dụng vẫn hoạt động phần lớn thời gian mặc dù một số mã nằm ngoài hai chức năng này!

Một điều khác bạn có thể thử: Một số nguồn cho biết lỗi này xảy ra do thiếu bộ nhớ. Để hỗ trợ tình trạng bộ nhớ hạn chế trên các trường hợp aws, bạn nên cung cấp không gian hoán đổi mà hệ thống có thể sử dụng để giải phóng bộ nhớ. Ubuntu trên một cá thể EC2 aws theo mặc định có không gian trao đổi không gian! Bạn có thể sử dụng các hướng dẫn này, google cũng hiển thị nhiều: http://www.thegeekstuff.com/2010/08/how-to-add-swap-space/

Answer 3

Điều này xảy ra khi RAM được cấp cho phiên R của bạn được sử dụng hoàn toàn.

Bạn có thể bị rò rỉ bộ nhớ trong mã của mình.

Sửa chữa đơn giản nhất là khởi động lại phiên.

Answer 4

tôi phải đối mặt với một vấn đề tương tự ngày hôm nay (xem dưới đây từ file .log):

Warning in system(command) : system call failed: Cannot allocate memory 
Warning: Error in : pandoc document conversion failed with error 127 
Stack trace (innermost first): 
    105: pandoc_convert 
    104: convert 
    103: render 
    102: discover_rmd_resources 
    101: find_external_resources 
    100: copy_render_intermediates 
    99: output_format$intermediates_generator 
    98: <Anonymous> 
    97: do.call 
    96: contextFunc 
    95: .getReactiveEnvironment()$runWith 
    94: shiny::maskReactiveContext 
    93: <reactive> 
    82: doc 
    81: shiny::renderUI 
    80: func 
    79: origRenderFunc 
    78: output$__reactivedoc__ 
     3: <Anonymous> 
     2: do.call 
     1: rmarkdown::run 

Tôi cũng đang chạy Shiny Server thông qua Ubuntu trên một thể hiện EC2, đặc biệt t2.micro. Tôi giải quyết vấn đề này bằng cách làm theo các câu trả lời trên bình chọn ở đây: How do you add swap to an EC2 instance?

sudo /bin/dd if=/dev/zero of=/var/swap.1 bs=1M count=1024 
sudo /sbin/mkswap /var/swap.1 
sudo chmod 600 /var/swap.1 
sudo /sbin/swapon /var/swap.1 

Thêm vào /etc/fstab:

/var/swap.1 swap swap defaults  0 0 

Nói tóm lại, bạn có thể tạo swap (bộ nhớ) không gian trên EBS (vì t2.micro trường không có bộ nhớ tạm thời) và điều này nên làm giảm bớt vấn đề bộ nhớ của bạn (mà không cần phải chuyển sang phiên bản EC2 lớn hơn).