R EnvironmentError: Không thể tìm thấy Ghostscript trên đường dẫn. RWebLogo

Question

Tôi gặp phải một vấn đề kỳ lạ mà tôi không thể sửa chữa theo bất kỳ cách nào và tôi hy vọng một ai đó ở đây có thể hiểu rõ hơn về những gì sai;

Tôi không thể sử dụng gói RWebLogo - thậm chí chạy các ví dụ đơn giản nhất do lỗi Ghostscript bị thiếu tương tự.

ví dụ: chạy:

library(RWebLogo) 
aln <- c('CCAACCCAA', 'CCAACCCTA', 'AAAGCCTGA', 'TGAACCGGA') 
weblogo(seqs=aln, file.out='mylogo.pdf') 

Ném lỗi này:

Traceback (most recent call last): 
    File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo", line 71, in <module> 
    weblogolib._cli.main() 
    File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/_cli.py", line 82, in main 
    formatter(data, format, opts.fout) 
    File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 757, in pdf_formatter 
    gs = GhostscriptAPI()  
    File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 196, in __init__ 
    raise EnvironmentError("Could not find Ghostscript on path." 
EnvironmentError: Could not find Ghostscript on path. There should be either a gs executable or a gswin32c.exe on your system's path 

Tôi đã cài đặt GhostScript ver 9.15 với cấu hình/làm/cài đặt trong thiết bị đầu cuối và sau đó thêm vào PATH để bash hồ sơ và thực hiện nó. Khi tôi chạy gs trong thiết bị đầu cuối nó hoạt động, xác nhận nó được thiết lập để đường dẫn hệ thống, nhưng vẫn còn lỗi tương tự xảy ra. Ngay cả sau khi khởi động lại.

tôi đã cố gắng thêm gs đối với môi trường trong R trực tiếp:

Sys.setenv(R_GSCMD = "/Applications/ghostscript-9.15/bin/gs") 

mà cũng đã không giúp ... Cung cấp chính xác các lỗi tương tự. Khi tôi tìm kiếm môi trường R nó cho thấy rằng gs là có.

thông tin phiên bản quan trọng:

MAC: OS Yosemite 10.10.1; 
R version 3.1.1 (2014-07-10); 
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit); 
RWebLogo_1.0.3 

Bạn có biết về bất kỳ vấn đề mà có thể có nguyên nhân vấn đề này? Tôi mới lập trình, vì vậy tôi lo lắng tôi có thể thiếu một cái gì đó cơ bản. Tôi rất mong chờ ý kiến ​​đóng góp. Cảm ơn bạn!

Answer 1

Tôi đã liên lạc với Omar, tác giả của RWebLogo và anh ấy thực sự hữu ích trong việc xác định các vấn đề của tôi và giải quyết vấn đề.

Thứ nhất, ông khuyên để chạy RWebLogo trên một chuỗi thử nghiệm trên các thiết bị đầu cuối: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo -f test_seqs .txt -o ~/Desktop/out.pdf -F pdf

Thay đổi thư mục cơ sở (tất cả mọi thứ trước khi extdata/weblogo ...) của kịch bản trên là bất cứ điều gì các lệnh dưới đây mang đến cho bạn trong R:

system.file(package = 'RWebLogo') 

Tôi đã chạy nó và gặp phải một lỗi mới: sự thiếu thốn. Tôi thực sự đã cài đặt gọn gàng nhưng không có đặc quyền người dùng đầy đủ. Sau khi cài đặt lại một lần nữa, RWebLogo đã chạy thành công từ thiết bị đầu cuối.

Tuy nhiên, RStudio đã ném một lỗi GhostScript. Omar đề nghị rằng có một vấn đề với một phiên bản cũ hơn của RStudio chạy trên Yosemite (tôi hiện có 10.10.1), và gửi cho tôi một liên kết đến một phiên bản RStudio cập nhật mà vấn đề đã được khắc phục.

http://www.r-bloggers.com/r-and-rstudio-incompatibility-with-yosemite-mac-os-x-10-10/

Tôi đã cập nhật RStudio và mọi thứ hoạt động tuyệt vời ngay bây giờ. Hy vọng điều này sẽ giúp ai đó với một vấn đề tương tự!