Tự động cập nhật các gói cài đặt từ R-giả mạo

Question

Tôi vừa mới cài đặt R-2.12.0 từ R-2.11.1 và tôi đã cập nhật tất cả các gói cran qua:

update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE) 

Bây giờ tôi muốn cập nhật tất cả các gói Tôi đã cài đặt từ R-giả mạo, nhưng chỉ nếu chúng không có sẵn trên CRAN. Nói cách khác, tôi không thể chỉ đơn giản là chạy:

update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE, repos="http://r-forge.r-project.org") 

bởi vì nó sẽ cài đặt phiên bản R-rèn của gói survival so với phiên bản đi kèm với R-2.12.0.

Tôi có thể sử dụng kết hợp thông tin từ old.packages và packageStatus để xác định gói nào chỉ tồn tại trên R-giả mạo, nhưng tôi muốn hỏi xem có cách nào dễ dàng hơn trước khi xây dựng giải pháp tùy chỉnh hay không.

Answer 1

Làm thế nào về điều này:

# 1. Get the list of packages you have installed, 
# use priority to exclude base and recommended packages. 
# that may have been distributed with R. 
pkgList <- installed.packages(priority='NA')[,'Package'] 

# 2. Find out which packages are on CRAN and R-Forge. Because 
# of R-Forge build capacity is currently limiting the number of 
# binaries available, it is queried for source packages only. 
CRANpkgs <- available.packages(
    contriburl=contrib.url('http://cran.r-project.org'))[,'Package'] 
forgePkgs <- available.packages(
    contriburl=contrib.url('http://r-forge.r-project.org', type='source') 
)[,'Package'] 

# 3. Calculate the set of packages which are installed on your machine, 
# not on CRAN but also present on R-Force. 
pkgsToUp <- intersect(setdiff(pkgList, CRANpkgs), forgePkgs) 

# 4. Update the packages, using oldPkgs to restrict the list considered. 
update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE, 
    repos="http://r-forge.r-project.org", 
    oldPkgs=pkgsToUp) 

# 5. Profit?