sử dụng rpy2 với máy tính xách tay IPython?

Question

Có thể sử dụng rpy2 (gọi ggplot2) với sổ ghi chép IPython không, và sau đó lưu chúng (và chia sẻ trên NBViewer như các sổ tay khác http://nbviewer.ipython.org/)? Có bất kỳ thách thức nào trong việc có các ggplots rpy2 xuất hiện trong sổ ghi chép và/hoặc tương tác không? Sẽ rất hữu ích nếu ai đó có thể cung cấp một phiên ví dụ và đầu ra của nó tạo ra một hình ggplot2 trong một sổ ghi chép bằng cách sử dụng rpy2 trong IPython.

Answer 1

Có thể với phần mở rộng rmagic, sử dụng rpy2. Bạn dường như cần phải print() con số để hiển thị nó, mặc dù. Dưới đây là phiên ví dụ: http://nbviewer.ipython.org/5029692

Nếu bạn muốn sử dụng trực tiếp rpy2, bạn phải thực hiện điều này. Hãy xem qua số rpy2 documentation for ggplot2. Để đưa nó vào sổ ghi chép, bạn có thể vẽ đến một thiết bị PNG/SVG, sau đó đọc nó từ phía Python (đây là những gì rmagic làm).

Answer 2

Điều này được viết mà không cần tìm mã trong rmagic. Họ có một cách thông minh hơn để làm điều đó (tôi có 11 dòng mã).

import uuid 
from rpy2.robjects.packages import importr 
from IPython.core.display import Image 

grdevices = importr('grDevices') 
def ggplot_notebook(gg, width = 800, height = 600): 
    fn = '{uuid}.png'.format(uuid = uuid.uuid4()) 
    grdevices.png(fn, width = width, height = height) 
    gg.plot() 
    grdevices.dev_off() 
    return Image(filename=fn) 

Để thử nó:

from rpy2.robjects.lib import ggplot2 
from rpy2.robjects import Formula 
datasets = importr('datasets') 
mtcars = datasets.__rdata__.fetch('mtcars')['mtcars'] 
p = ggplot2.ggplot(mtcars) + \ 
    ggplot2.aes_string(x='mpg', y='cyl') + \ 
    ggplot2.geom_point() + \ 
    ggplot2.geom_smooth() + \ 
    ggplot2.facet_wrap(Formula('~ am')) 

ggplot_notebook(p, height=300)