Triển khai Python của thuật toán căn chỉnh BLAST?

Question

Có ai biết về việc thực thi python tinh khiết của liên kết BLAST không? Tôi cố gắng để nghiên cứu thuật toán này ...

Answer 1

Cố gắng nhìn vào BioPython:

http://biopython.org/

http://github.com/JoaoRodrigues/biopython/tree/GSOC2010

Answer 2

Trong thực tế, một thực hiện hoàn chỉnh các thuật toán BLAST là một khá khó khăn. Nó có rất nhiều bước và tối ưu hóa. Những gì bạn có thể làm là: hãy xem BLAST Book từ O'Reilly, cho một lời giải thích rất tốt, hãy xem các cơ sở mã NCBI Blast, rằng nó là lớn và khó hiểu tại các glace đầu tiên, hoặc, tôi sugest bạn hãy xem triển khai BLAST khác hoặc có thể, các thuật toán khác như BLAT và Genoogle (http://genoogle.pih.bio.br/)