Hàm cor() tăng tốc như thế nào?

Question

Câu hỏi nhỏ ngoài chủ đề, nhưng tôi đã tự hỏi liệu có ai có thể cho tôi biết khi nào và cách hàm cor() được cải thiện gần đây? Đó là nhiều, nhanh hơn nhiều so với tôi nhớ và bây giờ có thể so sánh về tốc độ với hàm rcorr trong gói HMisc, đó là hàm tương quan thay thế của tôi cho các ma trận lớn.

Cảm ơn tất cả các đề xuất: Sau khi điều tra, sự khác biệt về tốc độ là do sử dụng cờ sử dụng = "pairwise" thay vì thay đổi thuật toán. Chênh lệch tốc độ gấp 8 lần khi sử dụng tùy chọn này.

Tốc độ cho cor() trên R từ phiên bản 2.4 - 2.13 có thể so sánh được.

Cảm ơn,

Iain

Answer 1

http://cran.r-project.org/src/base/NEWS.html có một bản tóm tắt mức độ cao về những thay đổi gần đây, và giải thích về sự liên quan của họ. Điều này đôi khi hữu ích khi nhận các thay đổi có liên quan trong các chức năng khác có thể ảnh hưởng đến những gì bạn đang làm. Một tìm nhanh chóng cho cor() chỉ cho thấy một vài điều, tuy nhiên:

2.13.0

Các phương pháp cấp bậc tương quan cho cor() và cov() với việc sử dụng = "complete.obs" tính hàng ngũ trước khi tháo thiếu các giá trị, trong khi tài liệu ngụ ý các trường hợp chưa hoàn tất được loại bỏ trước tiên. (Https://bugs.R-project.org/bugzilla3/show_bug.cgi?id=14488PR#14488)

2.11.0

cor() và cov() bây giờ kiểm tra lạm dụng với phi đối số dạng số, chẳng hạn như báo cáo không phải lỗi https://bugs.R-project.org/bugzilla3/show_bug.cgi?id=14207PR#14207.

Answer 2

Khó có thể nói mà không biết những gì phiên bản bạn đang chạy, nhưng có vẻ như có một số thay đổi đáng kể đến trong 2.14 và những thay đổi chỉ nhỏ giữa 2.13 và các phiên bản trước đó trở lại ít nhất là 2.10. Hãy so sánh này để xem các thay đổi hiện tại sắp tới trong 2.14:

2.13 mã: https://svn.r-project.org/R/branches/R-2-13-branch/src/main/cov.c

2,14 mã: https://svn.r-project.org/R/branches/R-2-14-branch/src/main/cov.c