R: heatmap.2 thay đổi mã màu

Question

Tôi có câu hỏi về gói gplots. Tôi muốn sử dụng chức năng heatmap.2 và do đó tôi muốn thay đổi quan điểm đối xứng của tôi trong khóa màu từ 0 đến 1. Thông thường khi symkey=TRUE và bạn sử dụng col=redgreen(), một colorbar được tạo ra nơi các màu sắc được quản lý như thế này:

red = -2 to -0.5 
black=-0.5 to 0.5 
green= 0.5 to 2 

Bây giờ tôi muốn tạo một colorbar như thế này:

red= -1 to 0.8 
black= 0.8 to 1.2 
green= 1.2 to 3 

là cái gì đó như thể này?

Cảm ơn bạn!

Answer 1

Nếu bạn xem the heatmap.2 help file, có vẻ như bạn muốn đối số breaks. Từ tệp trợ giúp:

breaks (tùy chọn) Vectơ số cho biết các điểm chia tách thành màu hoặc số điểm ngắt được sử dụng, trong trường hợp đó các điểm ngắt sẽ được đặt cách đều nhau giữa min (x) và max (x)

Vì vậy, bạn sử dụng breaks để chỉ định điểm ngắt cho mỗi màu. ví dụ:

library(gplots) 

# make up a bunch of random data from -1, -.9, -.8, ..., 2.9, 3 
# 10x10 
x = matrix(sample(seq(-1,3,by=.1),100,replace=TRUE),ncol=10) 

# plot. We want -1 to 0.8 being red, 0.8 to 1.2 being black, 1.2 to 3 being green. 
heatmap.2(x, col=redgreen, breaks=c(-1,0.8,1.2,3)) 

Bit quan trọng là số breaks=c(-1,0.8,1.2,3) là điểm ngắt của bạn.