R 3.0.0 đã tải lại các gói 2.x không tương thích

Question

Trên Ubuntu 10.04 Tôi đã cập nhật tải của gói R (ubuntu) sáng nay. Sau đó, kịch bản R đầu tiên tôi đã cố gắng nói với tôi sở thú không được xây dựng cho R 3.0.0. Vì vậy, tôi làm sudo R và sau đó update.packages(ask=F) giả sử nó sẽ mang tất cả các gói CRAN mà tôi đã cài đặt trong vài năm qua để đồng bộ hóa.

Nhưng không, và sở thú, Rcpp, v.v. không hoạt động. Trong thực tế, hơn một nửa các gói đã cài đặt của tôi vẫn được xây dựng cho 2.x.x; danh sách dưới đây (x=installed.packages();x[sort.list(x[,'Built']),c('Built','Version','Depends','LinkingTo','NeedsCompilation')])

Điều này có khó khăn, không phải tất cả các gói đã sẵn sàng cho 3.0.0, và tôi nên (trong Ubuntu) trở lại phiên bản trước? Hoặc tôi có cần sử dụng một trang CRAN khác cho 3.x.x không? Sẽ xóa tất cả các gói 2.x và sau đó cài đặt chúng tươi một lần nữa sửa chữa nó? Hoặc là ...?

    Built Version  Depends               LinkingTo    NeedsCompilation 
Defaults   "2.13.1" "1.1-1"  NA                 NA     NA    
itertools   "2.13.1" "0.1-1"  "R (>= 2.5.0), iterators(>= 1.0.0)"        NA     NA    
openNLP    "2.13.1" "0.0-8"  NA                 NA     NA    
reshape    "2.13.1" "0.8.4"  "R (>= 2.6.1), plyr"            NA     NA    
RUnit    "2.13.1" "0.4.26" "R (>= 2.5.0), utils (>= 2.5.0), methods (>= 2.5.0)"    NA     NA    
multicore   "2.14.1" "0.1-7"  "R (>= 2.0.0)"              NA     NA    
RMySQL    "2.15.0" "0.9-3"  "R (>= 2.8.0), methods, DBI (>= 0.2-2), utils"      NA     NA    
foreach    "2.15.1" "1.4.0"  "R (>= 2.5.0)"              NA     NA    
iterators   "2.15.1" "1.0.6"  "R (>= 2.5.0), utils"            NA     NA    
labeling   "2.15.1" "0.1"  NA                 NA     NA    
memoise    "2.15.1" "0.1"  NA                 NA     NA    
RColorBrewer  "2.15.1" "1.0-5"  "R (>= 2.0.0)"              NA     NA    
bitops    "2.15.2" "1.0-5"  NA                 NA     NA    
e1071    "2.15.2" "1.6-1"  "class"               NA     NA    
IBrokers   "2.15.2" "0.9-10" "xts"                NA     NA    
mgcv    "2.15.2" "1.7-22" "R (>= 2.14.0), stats, graphics"         NA     NA    
munsell    "2.15.2" "0.4"  NA                 NA     NA    
randomForest  "2.15.2" "4.6-7"  "R (>= 2.5.0), stats"            NA     NA    
rbenchmark   "2.15.2" "1.0.0"  NA                 NA     NA    
tree    "2.15.2" "1.0-33" "R (>= 2.15.0), grDevices, graphics, stats"      NA     NA    
tseries    "2.15.2" "0.10-30" "R (>= 2.10.0)"             NA     NA    
zoo     "2.15.2" "1.7-9"  "R (>= 2.10.0), stats"            NA     NA    
Cairo    "2.15.3" "1.5-2"  "R (>= 2.4.0)"              NA     NA    
dichromat   "2.15.3" "2.0-0"  "R (>= 2.10), stats"            NA     NA    
digest    "2.15.3" "0.6.3"  "R (>= 2.4.1)"              NA     "yes"    
doMC    "2.15.3" "1.3.0"  "R (>= 2.14.0), foreach(>= 1.2.0), iterators(>= 1.0.0),\nparallel" NA     "no"    
FastRWeb   "2.15.3" "1.1-0"  "R (>= 2.0.0), Cairo"            NA     NA    
forecast   "2.15.3" "4.03"  "R (>= 2.14.0), stats, graphics"         "Rcpp, RcppArmadillo" "yes"    
fracdiff   "2.15.3" "1.4-2"  NA                 NA     NA    
ggplot2    "2.15.3" "0.9.3.1" "R (>= 2.14), stats, methods"          NA     "no"    
gtable    "2.15.3" "0.1.2"  "R (>= 2.14), grid"            NA     NA    
inline    "2.15.3" "0.3.11" "R (>= 2.4.0), methods"           NA     "no"    
microbenchmark  "2.15.3" "1.3-0"  NA                 NA     "yes"    
nnet    "2.15.3" "7.3-6"  "R (>= 2.14.0), stats, utils"          NA     "yes"    
PerformanceAnalytics"2.15.3" "1.1.0"  "R (>= 2.14.0), zoo, xts (>= 0.8-9)"        NA     NA    
plyr    "2.15.3" "1.8"  "R (>= 2.11.0)"             NA     NA    
proto    "2.15.3" "0.3-10" NA                 NA     NA    
quantmod   "2.15.3" "0.4-0"  "Defaults, xts(>= 0.9-0), zoo, TTR(>= 0.2), methods"    NA     NA    
Rcpp    "2.15.3" "0.10.3" "R (>= 2.15.1)"             NA     "yes"    
RcppArmadillo  "2.15.3" "0.3.800.1" "R (>= 2.14.0), Rcpp (>= 0.10.2)"         "Rcpp"    "yes"    
RCurl    "2.15.3" "1.95-4.1" "R (>= 2.7.0), methods, bitops"         NA     "yes"    
reshape2   "2.15.3" "1.2.2"  NA                 NA     NA    
RInside    "2.15.3" "0.2.10" "R (>= 2.10.0), Rcpp (>= 0.8.5)"         "Rcpp"    NA    
rJava    "2.15.3" "0.9-4"  "R (>= 2.5.0), methods"           NA     "yes"    
rjson    "2.15.3" "0.2.12" "R (>= 2.12.0)"             NA     NA    
Rserve    "2.15.3" "1.7-0"  "R (>= 1.5.0)"              NA     NA    
RWeka    "2.15.3" "0.4-16" "R (>= 2.6.0)"              NA     "no"    
RWekajars   "2.15.3" "3.7.9-1" NA                 NA     "no"    
scales    "2.15.3" "0.2.3"  "R (>= 2.12), methods"            NA     NA    
slam    "2.15.3" "0.1-28" "R (>= 2.8.0)"              NA     NA    
stringr    "2.15.3" "0.6.2"  "R (>= 2.14)"              NA     NA    
tm     "2.15.3" "0.5-8.3" "R (>= 2.14.0), methods"           NA     NA    
TTR     "2.15.3" "0.22-0" "xts (>= 0.9-3)"             "xts"     "yes"    
XML     "2.15.3" "3.96-1.1" "R (>= 1.2.0), methods, utils"          NA     "yes"    
xts     "2.15.3" "0.9-3"  "zoo (>= 1.7-2)"             "zoo (>= 1.7.2)"  NA    
xtsExtra   "2.15.3" "0.0-1"  "zoo, xts"               NA     NA    
colorspace   "3.0.0" "1.2-2"  "R (>= 2.13.0), methods"           NA     "yes"    
DBI     "3.0.0" "0.2-7"  "R (>= 2.15.0), methods"           NA     "no"    
Hmisc    "3.0.0" "3.10-1.1" "R (>= 2.4.0), methods, survival"         NA     "yes"    
quadprog   "3.0.0" "1.5-5"  "R (>= 2.15.0)"             NA     "yes"    
RSQLite    "3.0.0" "0.11.3" "R (>= 2.10.0), methods, DBI (>= 0.2-5)"       NA     "yes"    
base    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
boot    "3.0.0" "1.3-9"  "R (>= 3.0.0), graphics, stats"         NA     NA    
class    "3.0.0" "7.3-7"  "R (>= 3.0.0), stats, utils"          NA     "yes"    
cluster    "3.0.0" "1.14.4" "R (>= 2.10.0), stats, graphics, utils"       NA     "yes"    
codetools   "3.0.0" "0.2-8"  "R (>= 2.1)"              NA     NA    
compiler   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
datasets   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
foreign    "3.0.0" "0.8-53" "R (>= 2.14.0), stats"            NA     "yes"    
graphics   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
grDevices   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
grid    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
KernSmooth   "3.0.0" "2.23-10" "R (>= 2.5.0), stats"            NA     "yes"    
lattice    "3.0.0" "0.20-15" "R (>= 2.15.1)"             NA     "yes"    
MASS    "3.0.0" "7.3-26" "R (>= 3.0.0), grDevices, graphics, stats, utils"     NA     "yes"    
Matrix    "3.0.0" "1.0-12" "R (>= 2.15.0), stats, methods, utils, lattice"     NA     "yes"    
methods    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
mgcv    "3.0.0" "1.7-22" "R (>= 2.14.0), stats, graphics"         NA     NA    
nlme    "3.0.0" "3.1-109" "graphics, stats, R (>= 3.0.0)"         NA     NA    
nnet    "3.0.0" "7.3-6"  "R (>= 2.14.0), stats, utils"          NA     "yes"    
parallel   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
rpart    "3.0.0" "4.1-1"  "R (>= 2.14.0), graphics, stats, grDevices"      NA     "yes"    
spatial    "3.0.0" "7.3-6"  "R (>= 3.0.0), graphics, stats, utils"        NA     NA    
splines    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
stats    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
stats4    "3.0.0" "3.0.0"  "methods, graphics, stats"           NA     NA    
survival   "3.0.0" "2.37-4" "stats, utils, graphics, splines, R (>= 2.13.0)"     NA     "yes"    
tcltk    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
tools    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
utils    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    

Answer 1

Lệnh yêu cầu là không những gì bạn trạng thái: update.packages(ask=F) nhưng đúng hơn là sau update.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE).

Hãy thử điều đó và tất cả các gói CRAN vẫn được duy trì và có sẵn sẽ được chăm sóc. Những thứ bạn cài đặt từ github, hẻm núi của Simon, r-giả mạo, hoặc repo ngẫu nhiên khác sẽ cần trợ giúp bằng tay.

Vấn đề này đã được thảo luận tại các địa điểm khác nhau kể từ khi R 3.0.0 xuất hiện.

Answer 2

Câu trả lời của Dirk cho tôi hầu hết mọi thứ, chỉ để lại xtsExtra, được cài đặt từ R-Forge. Tôi khuyên bạn nên đối vớiupdate.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE, repos="http://R-Forge.R-project.org") vì dường như cập nhật một số gói CRAN với phiên bản R-Forge của họ; điều đó có nghĩa là nó cài đặt nhiều phiên bản thử nghiệm hơn (?).

Vì vậy, tôi đã làm điều này thay vì:

remove.packages('xtsExtra') 
install.packages("xtsExtra", repos="http://R-Forge.R-project.org")