Kiểm soát vị trí của các nhân vật với knitr :: include_graphics chức năng

Question

tôi sử dụng đoạn mã sau vào tập tin *.Rmd của tôi để tạo đầu ra dưới đây:

```{r gb, echo=F, eval=T, results='asis', cache.rebuild=T, fig.cap='bla', out.width='0.7\\linewidth', fig.subcap=c('bla.', 'Using the \\textit{normalizeChIPToInput} function. THis method doesn not require to compute a enrichment ratio.')} 
p1 <- file.path(FIGDIR, 'correlK27K9me3.png') 
p2 <- file.path(FIGDIR, 'correlK27K9me3.png') 
knitr::include_graphics(c(p1,p2)) 
``` 

Tôi muốn theo chiều dọc chồng hai ô thay vì hiển thị chúng cạnh nhau mà không có các cuộc gọi riêng biệt đến include_graphics (không hoạt động với phụ đề) và không phải đặt chúng vào các chuncks riêng biệt. Điều này có thể thực hiện được nếu không thao tác mã latex?

Nói chung, có thể bằng cách nào đó chỉ định bố cục cho các ô được bao gồm theo cách trên, như: 'Cho tôi một mạng lưới 2x2 cho 4 hình ảnh mà tôi cung cấp cho hàm include_graphics?

Answer 1

Thay vì:

knitr::include_graphics(c(p1,p2)) 

gì về điều này:

cowplot::plot_grid(p1, p2, labels = "AUTO", ncol = 1, align = 'v') 

này sẽ làm việc bên trong {r}, nhưng tôi không chắc chắn làm thế nào nó sẽ làm việc cho đoạn bạn config/setup.

Answer 2

Đây không phải là giải pháp gọn gàng hầu hết các vấn đề nhưng một chút workaround sử dụng gridarrange và text chức năng trong R.

Process luồng: read_images -> chuyển thành lưới -> đọc hình ảnh lưới -> add_text - > final_save

```{r fig.align='center', echo=FALSE, fig.cap="Figure 1 : foo", warning=FALSE, message=FALSE} 
library(png) 
library(grid) 
library(gridExtra) 

#Loading images 
img0 <- readPNG("heatMap.png") 
img1 <- readPNG("heatMap.png") 
img2 <- readPNG("heatMap.png") 
img3 <- readPNG("heatMap.png") 

#Convert images to Grob (graphical objects) 
grob0 <- rasterGrob(img0) 
grob1 <- rasterGrob(img1) 
grob2 <- rasterGrob(img2) 
grob3 <- rasterGrob(img3) 

png(filename = "gridPlot.png", width = 1200, height = 716) 

grid.arrange(grob0, grob1, grob2, grob3, nrow = 2) 

invisible(dev.off()) 

gridplot.0 <- readPNG("gridPlot.png") 
h<-dim(gridplot.0)[1] 
w<-dim(gridplot.0)[2] 

png(filename = "gridPlotFinal.png", width = 1200, height = 716) 

#adding text to image (refer to https://stackoverflow.com/a/23816416/6779509) 

par(mar=c(0,0,0,0), xpd=NA, mgp=c(0,0,0), oma=c(0,0,0,0), ann=F) 
plot.new() 
plot.window(0:1, 0:1) 

#fill plot with image 
usr<-par("usr")  
rasterImage(gridplot.0, usr[1], usr[3], usr[2], usr[4]) 

#add text 
text("plot1", x=0.25, y=0.50) 
text("plot2", x=0.75, y=0.50) 
text("plot3", x=0.23, y=0.0) 
text("plot4", x=0.77, y=0.0) 

invisible(dev.off()) 

gridplot <- file.path("gridPlotFinal.png") 
knitr::include_graphics(gridplot) 
``` 

Output: