Sử dụng `sourceCpp` để biên dịch` fastLm`

Question

Tôi bắt đầu phát xung quanh với Rcpp và muốn sử dụng chức năng fastLm làm ví dụ (cũng vì nó hữu ích cho công việc sau này). Tôi biết rằng fastLm là một phần của gói RcppArmadillo nhưng tôi muốn biên dịch nó bằng cách sử dụng sourceCpp. Mã này có thể được tìm thấy here và cũng ở dưới đây. Vấn đề đầu tiên tôi gặp phải là tôi không thể chỉ cần chạy sourceCpp("fastLm.cpp") trong R sau khi cài đặt và tải Rcpp và RcppArmadillo. Tôi nhận được lỗi này error: RcppArmadillo.h: No such file or directory và sau đó là tất cả mọi thứ mà tôi đoán theo đó.

Vấn đề thứ hai là tôi nghĩ rằng tôi cần phải thay đổi một số nội dung trong số fastLm.cpp. Những thay đổi của tôi cũng dưới đây nhưng tôi chắc chắn có điều gì đó bị thiếu hoặc sai. Tôi đã bao gồm #include <Rcpp.h> và using namespace Rcpp; và // [[Rcpp::export]] để xuất hàm sang R và tôi đã thay đổi đối số từ SEXP thành NumericVector và NumericMatrix. Tôi không thấy lý do tại sao mà không nên làm việc và điều chỉnh tương tự có lẽ là có thể cho giá trị trả lại?

fastLm.cpp

#include <RcppArmadillo.h> 

extern "C" SEXP fastLm(SEXP ys, SEXP Xs) { 

    Rcpp::NumericVector yr(ys);     // creates Rcpp vector from SEXP 
    Rcpp::NumericMatrix Xr(Xs);     // creates Rcpp matrix from SEXP 
    int n = Xr.nrow(), k = Xr.ncol(); 

    arma::mat X(Xr.begin(), n, k, false);  // reuses memory and avoids extra copy 
    arma::colvec y(yr.begin(), yr.size(), false); 

    arma::colvec coef = arma::solve(X, y);  // fit model y ~ X 
    arma::colvec resid = y - X*coef;   // residuals 

    double sig2 = arma::as_scalar(arma::trans(resid)*resid/(n-k)); 
               // std.error of estimate 
    arma::colvec stderrest = arma::sqrt(sig2 * arma::diagvec(arma::inv(arma::trans(X)*X))); 

    return Rcpp::List::create(
     Rcpp::Named("coefficients") = coef, 
     Rcpp::Named("stderr")  = stderrest 
    ) ; 

} 

fastLm.cpp thay đổi

#include <Rcpp.h> 
#include <RcppArmadillo.h> 
using namespace Rcpp; 

// [[Rcpp::export]] 
extern "C" SEXP fastLm(NumericVector yr, NumericMatrix Xr) { 

    int n = Xr.nrow(), k = Xr.ncol(); 

    arma::mat X(Xr.begin(), n, k, false);  // reuses memory and avoids extra copy 
    arma::colvec y(yr.begin(), yr.size(), false); 

    arma::colvec coef = arma::solve(X, y);  // fit model y ~ X 
    arma::colvec resid = y - X*coef;   // residuals 

    double sig2 = arma::as_scalar(arma::trans(resid)*resid/(n-k)); 
               // std.error of estimate 
    arma::colvec stderrest = arma::sqrt(sig2 * arma::diagvec(arma::inv(arma::trans(X)*X))); 

    return Rcpp::List::create(
     Rcpp::Named("coefficients") = coef, 
     Rcpp::Named("stderr")  = stderrest 
    ) ; 

} 

Answer 1

Bạn cần phải cho thấy sự phụ thuộc vào RcppArmadillo với thuộc tính Rcpp::depends giả. Điều này sẽ chăm sóc của việc tìm kiếm RcppArmadillo tiêu đề và liên kết chống lại blas, lapack vv ...

#include <RcppArmadillo.h> 
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]] 

using namespace Rcpp; 

// [[Rcpp::export]] 
List fastLm(NumericVector yr, NumericMatrix Xr) { 

    int n = Xr.nrow(), k = Xr.ncol(); 

    arma::mat X(Xr.begin(), n, k, false);  // reuses memory and avoids extra copy 
    arma::colvec y(yr.begin(), yr.size(), false); 

    arma::colvec coef = arma::solve(X, y);  // fit model y ~ X 
    arma::colvec resid = y - X*coef;   // residuals 

    double sig2 = arma::as_scalar(arma::trans(resid)*resid/(n-k)); 
               // std.error of estimate 
    arma::colvec stderrest = arma::sqrt(sig2 * arma::diagvec(arma::inv(arma::trans(X)*X))); 

    return Rcpp::List::create(
     Rcpp::Named("coefficients") = coef, 
     Rcpp::Named("stderr")  = stderrest 
    ) ; 

} 

Ngoài ra, nó là rất quan trọng mà bạn sử dụng #include <RcppArmadillo.h> và không #include <Rcpp.h>. RcppArmadillo.h đảm nhiệm bao gồm Rcpp.hvào đúng thời điểm và thứ tự các tệp được bao gồm là rất quan trọng ở đây.

Ngoài ra, bạn có thể trả lại List và thả extern "C".