Cách chạy tập lệnh R trên máy chủ không có X11

Question

Tôi muốn chạy tập lệnh R và lưu các ô bằng cách sử dụng png(). X11 không được hỗ trợ trên các máy chủ Unix và tôi nhận được thông báo lỗi sau:

Error in X11(paste("png::", filename, sep = ""), g$width, g$height, pointsize, : 
    unable to start device PNG 
Calls: png 
In addition: Warning message: 
In png("test.png", width = 900, height = 400) : 
    unable to open connection to X11 display '' 
Execution halted 

Thiết biến môi trường

Sys.setenv("DISPLAY"=":0.0") 

hoặc

Sys.setenv("DISPLAY"=":0") 

trong kịch bản R không giải quyết vấn đề.

mã ví dụ này tạo ra các lỗi trên:

library(ggplot2) 
library(grid) 

# Some data 
df = data.frame(x = c(1.2,5,3,5.3,2,9,4,6,8,0), y = c(1.5,6,2.5,5.1,2.3,8.7,4.1,6,8,0)) 


# Base plot 
p <- ggplot(df, aes(x,y)) + geom_point() + 
    scale_x_continuous(limits = c(0, 8), expand = c(0,0)) + 
    scale_y_continuous(limits = c(0, 8), expand = c(0,0)) + 
    geom_smooth(method="lm", se=FALSE, formula=y~x, aes(colour="2"), show_guide=TRUE, fill=NA, size=1.2) + 
    geom_vline(xintercept = 3) + geom_vline(xintercept = 7) + 
    opts(plot.margin = unit(c(1,1,4,1), "lines")) 

# Create the text Grobs 
Text1 = textGrob("Part 1") 
Text2 = textGrob("Part 2") 
Text3 = textGrob("Part 3") 

# Add the annotations 
# Segment 1 
p1 = p + 
    annotation_custom(grob = linesGrob(), xmin = 0, xmax = 0, ymin = 
-1, ymax = -.75) + 
    annotation_custom(grob = linesGrob(), xmin = 0, xmax = 3, ymin = 
-1, ymax = -1) + 
    annotation_custom(grob = linesGrob(), xmin = 3, xmax = 3, ymin = 
-1, ymax = -.75) + 
    annotation_custom(grob = Text1, xmin = 0, xmax = 3, ymin = -1.25, 
ymax = -1.25) 

# Segment 2 
p1 = p1 + 
    annotation_custom(grob = linesGrob(), xmin = 3, xmax = 7, ymin = 
-1, ymax = -1) + 
    annotation_custom(grob = linesGrob(), xmin = 7, xmax = 7, ymin = 
-1, ymax = -.75) + 
    annotation_custom(grob = Text2, xmin = 3, xmax = 7, ymin = -1.25, 
ymax = -1.25) 

# Segment 3 
p1 = p1 + 
    annotation_custom(grob = linesGrob(), xmin = 7, xmax = 8, ymin = 
-1, ymax = -1) + 
    annotation_custom(grob = linesGrob(), xmin = 8, xmax = 8, ymin = 
-1, ymax = -.75) + 
    annotation_custom(grob = Text3, xmin = 7, xmax = 8, ymin = -1.25, 
ymax = -1.25) 

png("test.png", width=900, height=400) 

# Code to override clipping 
gt <- ggplot_gtable(ggplot_build(p1)) 
gt$layout$clip[gt$layout$name=="panel"] <- "off" 
grid.draw(gt) 

dev.off() 

Kết quả của capabilities() là:

jpeg  png  tiff tcltk  X11  aqua http/ftp sockets 
    FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE  TRUE 

    libxml  fifo cledit iconv  NLS profmem cairo 
    TRUE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE 

Tôi đang chạy các kịch bản thông qua một động cơ lưới trời.

Answer 1

Tôi đã trả lời câu hỏi này một lần trước đây - không thể tạo một chương trình mong muốn X11 quên nó, nhưng bạn có thể sử dụng bộ đệm khung ảo để 'giả vờ' X11.

Vì vậy, hãy xem this older SO question để biết chi tiết và ví dụ.

Answer 2

nếu bạn đang sử dụng R 3.0, thử options(bitmapType='cairo') nó làm việc cho tôi