gọi RMarkdown trên dòng lệnh bằng cách sử dụng a.R được thông qua một tập tin

Question

Tóm lại, tôi đang sử dụng tập lệnh 'Graphs.R' trên 'input_file1.txt' trong RStudio để tạo Rmd mà sau đó tôi đan thành html. Tôi muốn tự động hóa quá trình này để chạy nhiều tập tin hơn trên dòng lệnh.

Cho đến nay, tôi có thể nhận được Rscript để chạy trên dòng lệnh sử dụng:

Rscript Graphs.R input_file1.txt

tôi cũng biết rằng tôi có thể tạo một tập tin .RMD sử dụng:

Rscript -e rmarkdown :: render (Graphs.R)

Tuy nhiên, tôi muốn làm như sau:

Rscript -e rmarkdown :: render ('Graphs.R input_file1.txt', 'output_file.Rmd')

được có bất kỳ ý tưởng như thế nào để làm điều này?

Answer 1

Nó không hoàn toàn rõ ràng những gì bạn đang cố gắng làm. Nó có vẻ như bạn có một tập tin văn bản mà phải được chuyển đổi sang một Rmd bởi một kịch bản R (tại sao nó không phải là chỉ là một Rmd để bắt đầu với?) Và sau đó bạn muốn render Rmd. Bạn có thể làm điều này bằng cách chạy các lệnh trong terminal của bạn:

Rscript Graphs.R 
Rscript -e "rmarkdown::render('output_file.Rmd')" 

Lệnh đầu tiên chạy file Graphs.R mà có lẽ tạo output_file.Rmd. Lệnh thứ hai chạy một lớp lót xếp output_file.Rmd vào output_file.html.

Nếu bạn muốn đọc đối số dòng lệnh trong tệp R, hãy thử? commandArgs.

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) 

Xem thêm điều này Stack Overflow question.