csv vào ma trận thưa thớt trong python

Question

Tôi có tệp csv lớn liệt kê các kết nối giữa các nút trong biểu đồ. Ví dụ:

0001,95784
0001,98743
0002,00082
0002,00091

Vì vậy, điều này có nghĩa rằng nút id 0001 được kết nối đến nút 95.784 và 98.743 và vân vân. Tôi cần phải đọc điều này vào một ma trận thưa thớt trong numpy. Tôi có thể làm cái này như thế nào? Tôi mới dùng python để hướng dẫn về điều này cũng sẽ hữu ích.

Answer 1

Ví dụ sử dụng lil_matrix (danh sách các ma trận list) của scipy.

Ma trận danh sách liên kết dựa trên hàng.

Điều này chứa danh sách (self.rows) của các hàng, mỗi hàng là một danh sách được sắp xếp các chỉ mục cột của các phần tử khác 0. Nó cũng chứa một danh sách (self.data) của danh sách các yếu tố này.

$ cat 1938894-simplified.csv 
0,32 
1,21 
1,23 
1,32 
2,23 
2,53 
2,82 
3,82 
4,46 
5,75 
7,86 
8,28 

Code:

#!/usr/bin/env python 

import csv 
from scipy import sparse 

rows, columns = 10, 100 
matrix = sparse.lil_matrix((rows, columns)) 

csvreader = csv.reader(open('1938894-simplified.csv')) 
for line in csvreader: 
    row, column = map(int, line) 
    matrix.data[row].append(column) 

print matrix.data 

Output:

[[32] [21, 23, 32] [23, 53, 82] [82] [46] [75] [] [86] [28] []] 

Answer 2

Nếu bạn muốn một ma trận kề, bạn có thể làm điều gì đó như:

from scipy.sparse import * 
from scipy import * 
from numpy import * 
import csv 
S = dok_matrix((10000,10000), dtype=bool) 
f = open("your_file_name") 
reader = csv.reader(f) 
for line in reader: 
    S[int(line[0]),int(line[1])] = True 

Answer 3

Bạn cũng có thể quan tâm Networkx, một mạng lưới trăn tinh khiết/gói đồ họa.

Từ trang web:

NetworkX là một gói Python cho việc tạo ra, thao tác, và nghiên cứu về cấu trúc, năng động, và chức năng của mạng phức tạp.

>>> import networkx as nx 
>>> G=nx.Graph() 
>>> G.add_edge(1,2) 
>>> G.add_node("spam") 
>>> print G.nodes() 
[1, 2, 'spam'] 
>>> print G.edges() 
[(1, 2)]