đối số dòng lệnh trong bash tới Rscript

Question

Tôi có tập lệnh bash tạo tệp csv và tệp R tạo biểu đồ từ đó.

Vào cuối của kịch bản bash tôi gọi Rscript Graphs.R 10

Câu trả lời tôi nhận được là như sau:

Error in is.vector(X) : subscript out of bounds 
Calls: print ... <Anonymous> -> lapply -> FUN -> lapply -> is.vector 
Execution halted 

Một vài dòng đầu tiên của Graphs.R của tôi là:

#!/bin/Rscript 
args <- commandArgs(TRUE) 
CorrAns = args[1] 

Không biết tôi đang làm gì sai? Lời khuyên trên mạng xuất hiện với tôi để nói rằng điều này sẽ làm việc. Nó rất khó để làm cho tinh thần của commandArgs

Answer 1

Với sự sau trong args.R

print(commandArgs(TRUE)[1]) 

và sau đây trong args.sh

Rscript args.R 10 

Tôi nhận được kết quả sau từ bash args.sh

[1] "10" 

và không có lỗi. Nếu cần, hãy chuyển sang kiểu số sử dụng as.numeric(commandArgs(TRUE)[1]).

Answer 2

Đọc docs, có vẻ như bạn có thể cần phải loại bỏ các TRUE từ cuộc gọi đến commandArgs() như bạn không gọi kịch bản với --args. Hoặc là, hoặc bạn cần gọi số Rscript Graphs.R --args 10.

Cách sử dụng

commandArgs(trailingOnly = FALSE)

Arguments

trailingOnly logic. Chỉ nên trả lại đối số sau khi trả lại --args?

Answer 3

Chỉ cần một đoán, có lẽ bạn cần phải chuyển đổi CorrAns từ nhân vật để số, kể từ khi phần giá trị gia tăng của ?CommandArgs nói:

Một vector nhân vật chứa tên của thực thi và người dùng cung cấp đối số dòng lệnh.

UPDATE: Nó có thể được dễ dàng như:

#!/bin/Rscript 
args <- commandArgs(TRUE) 
(CorrAns = args[1]) 
(CorrAns = as.numeric(args[1])) 

Answer 4

Rscript args.R 10 trong đó 10 là giá trị số mà chúng tôi muốn chuyển sang tập lệnh R.

print(as.numeric(commandArgs(TRUE)[1]) in giá trị mà sau đó có thể được chỉ định cho một biến.