Chuyển mã (cơ số 64) thành số 10

Question

Trong ấn bản tháng 7 năm 2012 của "Mensa Bulletin" có một bài viết mang tựa đề "The Brain kỹ thuật số". Trong đó tác giả liên hệ bộ não con người với máy tính base64. Nó là một bài viết khá thú vị và thú vị với một dấu nhắc ở cuối. Lời nhắc được yêu cầu người đọc chuyển đổi Cytosine Guanine Adenine Guanine Adenine Guanine thành số cơ sở 10 bằng cách sử dụng Cytosine Cytosine Guanine Cytosine Adenine Guanine bằng năm 2011 (bộ mã đầu tiên được đề cập là cgagag cho ngắn và thứ hai là ccgcag viết tắt). bạn phải chuyển đổi số cơ sở 64 thành cơ số 10 bằng cách sử dụng một bảng trong bài viết hiển thị tất cả các codon có thể theo thứ tự thích hợp với aug = 0, uuu = 1, uuc = 2, ..., gga == 61, ggg = 62, uag = 63. Tôi đã quyết định cho việc này một lần nữa và quyết định viết một chương trình python để chuyển đổi các số codon thành số 10 và 10 số cơ sở thành các codon. Sau khi viết một thuật toán nhanh cho cả hai, tôi đã chạy nó. Chương trình đã không có lỗi và bật ra codons cho số của tôi và ngược lại. Tuy nhiên, chúng là những con số sai! Tôi không thể nhìn thấy những gì đang xảy ra và sẽ đánh giá rất cao sự giúp đỡ nào.

Nếu không có thêm ado, mã:

codons = ['aug', 'uuu', 'uuc', 'uua', 'uug', 'ucu', 'ucc', 'uca', 'ucg', 'uau', 'uac', 'uaa', 'ugu', 'ugc', 'uga', 'ugg', 'cuu', 'cuc', 'cua', 'cug', 'ccu', 'ccc', 'cca', 'ccg', 'cau', 'cac', 'caa', 'cag', 'cgu', 'cgc', 'cga', 'cgg', 'auu', 'auc', 'aua', 'acu', 'acc', 'aca', 'acg', 'aau', 'aac', 'aaa', 'aag', 'agu', 'agc', 'aga', 'agg', 'guu', 'guc', 'gua', 'gug', 'gcu', 'gcc', 'gca', 'gcg', 'gau', 'gac', 'gaa', 'gag', 'ggu', 'ggc', 'gga', 'ggg', 'uag' ] 

def codonNumToBase10 (codonValue) : 

    numberOfChars = len(codonValue) 

    # check to see if contains sets of threes 
    if len(codonValue) % 3 != 0 : 
     return -1 

    # check to see if it contains the correct characters 
    for i in range(0, numberOfChars) : 
     if codonValue[i] != 'a' : 
      if codonValue[i] != 'u' : 
       if codonValue[i] != 'c' : 
        if codonValue[i] != 'g' : 
         return -2 

    # populate an array with decimal versions of each codon in the input 
    codonNumbers = [] 
    base10Value = 0 
    numberOfCodons = int(numberOfChars/3) 
    for i in range(0, numberOfCodons) : 
     charVal = codonValue[ 0 + (i*3) ] + codonValue[ 1 + (i*3) ] + codonValue[ 2 + (i*3) ] 
     val = 0 
     for j in codons : 
      if j == charVal : 
       codonNumbers.append(val) 
       break 
      val += 1 
     base10Value += (pow(64, numberOfCodons - i - 1)) * codonNumbers[i] 

    return base10Value 

def base10ToCodonNum (number) : 
    codonNumber = '' 
    hitZeroCount = 0 
    while(1==1) : 
     val = number % 64 
     number = int(number/64) 
     codonNumber = codons[val] + codonNumber 
     if number == 0 : 
      if hitZeroCount > 0: 
       break 
      hitZeroCount += 1 
    return codonNumber 

val_2011 = 'ccgcag' 
val_unknown = 'cgagag' 

print(base10ToCodonNum(codonNumToBase10(val_2011)), '::', codonNumToBase10(val_2011)) 
print(base10ToCodonNum(codonNumToBase10(val_unknown)), '::', codonNumToBase10(val_unknown)) 

EDIT 1: Các giá trị tôi nhận được là 1499 cho ccgcag và 1978 cho cgagag.

EDIT 2: base10ToCodonNum chức năng cố định nhờ Ashwini Chaudhary.

Answer 1

Mã của bạn không thực sự chuyển đổi sang và từ cơ sở-64. Tôi nghi ngờ bạn đã không xác định các codon theo thứ tự chính xác mà họ đã làm trong vấn đề.

Với thứ tự bạn đã cung cấp cho các codon:

'ccgcag' = codons.index('ccg') * 64 + codons.index('cag') = 23 * 64 + 27 = 1499

Đó là về mặt toán học chính xác, với sự thay thế mà bạn đã cung cấp. Để có được năm 2011, bạn phải đặt trong số cggcag - vì vậy, bạn có chắc chắn đã sao chép chúng theo đúng thứ tự không?

Answer 2

def codon2dec(x): 
    codons = ['aug', 'uuu', 'uuc', 'uua', 'uug', 'ucu', 'ucc', 'uca', 'ucg', 'uau', 'uac', 'uaa', 'ugu', 'ugc', 'uga', 'ugg', 'uuu', 'cuc', 'cua', 'cug', 'ccu', 'ccc', 'cca', 'ccg', 'cau', 'cac', 'caa', 'cag', 'cgu', 'cgc', 'cga', 'cgg', 'auu', 'auc', 'aua', 'acu', 'acc', 'aca', 'acg', 'aau', 'aac', 'aaa', 'aag', 'agu', 'agc', 'aga', 'agg', 'guu', 'guc', 'gua', 'gug', 'gcu', 'gcc', 'gca', 'gcg', 'gau', 'gac', 'gaa', 'gag', 'ggu', 'ggc', 'gga', 'ggg', 'uag' ] 
    if len(x)%3==0: 
     x=[''.join((x[i],x[i+1],x[i+2])) for i in range(0,len(x),3)] 
     try: 
      return sum(codons.index(y)*(64**(len(x)-1-i)) for i,y in enumerate(x)) 

     except ValueError: 
      return 'invalid input' 


    else: 
     return 'invalid input' 

đầu ra:

>>> codon2dec('cgagag') 
1978 
>>> codon2dec('ccgcag') 
1499 

Answer 3

tôi không thể làm theo mã của bạn, vì vậy tôi đã thực hiện khác, nhưng tôi đã nhận kết quả tương tự:

CODONS = [ 
    'aug', 'uuu', 'uuc', 'uua', 'uug', 'ucu', 'ucc', 'uca', 
    'ucg', 'uau', 'uac', 'uaa', 'ugu', 'ugc', 'uga', 'ugg', 
    'uuu', 'cuc', 'cua', 'cug', 'ccu', 'ccc', 'cca', 'ccg', 
    'cau', 'cac', 'caa', 'cag', 'cgu', 'cgc', 'cga', 'cgg', 
    'auu', 'auc', 'aua', 'acu', 'acc', 'aca', 'acg', 'aau', 
    'aac', 'aaa', 'aag', 'agu', 'agc', 'aga', 'agg', 'guu', 
    'guc', 'gua', 'gug', 'gcu', 'gcc', 'gca', 'gcg', 'gau', 
    'gac', 'gaa', 'gag', 'ggu', 'ggc', 'gga', 'ggg', 'uag', 
] 

def codon2decimal(s): 
    if len(s) % 3 != 0: 
     raise ValueError("%s doesn't look like a codon number." % s) 
    digits = reversed([ s[i*3:i*3+3] for i in range(len(s)/3) ]) 
    val = 0 
    for i, digit in enumerate(digits): 
     if digit not in CODONS: 
      raise ValueError("invalid sequence: %s." % digit) 
     val += CODONS.index(digit) * 64 ** i 
    return val 

def main(): 
    for number in ('cggcag', 'ccgcag', 'cgagag', 'auguuuuuc'): 
     print number, ':', codon2decimal(number) 

if __name__ == '__main__': 
    main() 

kết quả:

cggcag : 2011 
ccgcag : 1499 
cgagag : 1978 
auguuuuuc : 66